Empowering Bioinformatics Communities with nf-core: The success of an open-source bioinformatics ecosystem
Björn E Langer
(1)
,
Andreia Amaral
,
Marie-Odile Baudement
,
Franziska Bonath
,
Mathieu Charles
(2, 3)
,
Praveen Krishna Chitneedi
(4)
,
Emily Clark
(5)
,
Paolo Di Tommaso
,
Sarah Djebali
(6)
,
Philip A Ewels
,
Sonia E Eynard
(7)
,
James A Fellows Yates
(8, 9)
,
Daniel Fischer
(10)
,
Evan W Floden
,
Sylvain Foissac
(7)
,
Gisela Gabernet
,
Maxime U Garcia
,
Gareth Gillard
,
Manu Kumar Gundappa
,
Cervin Guyomar
(7)
,
Christopher Hakkaart
,
Friederike Hanssen
,
Peter W Harrison
(11)
,
Matthias Hörtenhuber
,
Cyril Kurylo
(7)
,
Christa Kühn
(12, 13, 14)
,
Sandrine Lagarrigue
(15)
,
Delphine Lallias
(16)
,
Daniel J Macqueen
,
Edmund Miller
,
Júlia Mir-Pedrol
,
Gabriel Costa Monteiro Moreira
(17, 18)
,
Sven Nahnsen
,
Harshil Patel
,
Alexander Peltzer
,
Frédérique Pitel
(7)
,
Yuliaxis Ramayo-Caldas
(19)
,
Marcel da Câmara Ribeiro-Dantas
(20, 21)
,
Dominique Rocha
(16)
,
Mazdak Salavati
(22, 5, 23)
,
Alexey Sokolov
,
Jose Espinosa-Carrasco
(24)
,
Cedric Notredame
(25)
1
Centre for Genomic Regulation (CRG), The Barcelona Institute of Science and Technology
2 SIGENAE - Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage
3 GABI - Génétique Animale et Biologie Intégrative
4 FBN - Leibniz Institute for Farm Animal Biology
5 The Roslin Institute
6 GenPhySE - Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage
7 GenPhySE - Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage
8 DAG - Department of Archaeogenetics [Jena]
9 Institut für Vor- und Frühgeschichtliche Archäologie und Provinzialrömische Archäologie, Ludwig-Maximilians University, Munich, 80799, Germany
10 LUKE - Natural Resources Institute Finland
11 EMBL-EBI - European Bioinformatics Institute [Hinxton]
12 University of Rostock = Universität Rostock
13 FLI - Friedrich-Loeffler-Institut
14 FBN - Research Institute for Farm Animal Biology
15 PEGASE - Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes]
16 GABI - Génétique Animale et Biologie Intégrative
17 BREED - Biologie de la Reproduction, Environnement, Epigénétique & Développement
18 GIGA-Research - Groupe Interdisciplinaire de Génoprotéomique Appliquée
19 IRTA - Animal Breeding and Genetics Program, IRTA, Torre Marimon, Caldes de Montbui (08140), Spain
20 SU - Sorbonne Université
21 Institut Curie [Paris]
22 The University of Edinburgh
23 CTLGH - Centre for Tropical Livestock Genetics and Health [Edimburgh]
24 EMBL-CRG - EMBL-CRG
25 CRG - Centro de Regulación Genómica
2 SIGENAE - Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage
3 GABI - Génétique Animale et Biologie Intégrative
4 FBN - Leibniz Institute for Farm Animal Biology
5 The Roslin Institute
6 GenPhySE - Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage
7 GenPhySE - Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage
8 DAG - Department of Archaeogenetics [Jena]
9 Institut für Vor- und Frühgeschichtliche Archäologie und Provinzialrömische Archäologie, Ludwig-Maximilians University, Munich, 80799, Germany
10 LUKE - Natural Resources Institute Finland
11 EMBL-EBI - European Bioinformatics Institute [Hinxton]
12 University of Rostock = Universität Rostock
13 FLI - Friedrich-Loeffler-Institut
14 FBN - Research Institute for Farm Animal Biology
15 PEGASE - Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes]
16 GABI - Génétique Animale et Biologie Intégrative
17 BREED - Biologie de la Reproduction, Environnement, Epigénétique & Développement
18 GIGA-Research - Groupe Interdisciplinaire de Génoprotéomique Appliquée
19 IRTA - Animal Breeding and Genetics Program, IRTA, Torre Marimon, Caldes de Montbui (08140), Spain
20 SU - Sorbonne Université
21 Institut Curie [Paris]
22 The University of Edinburgh
23 CTLGH - Centre for Tropical Livestock Genetics and Health [Edimburgh]
24 EMBL-CRG - EMBL-CRG
25 CRG - Centro de Regulación Genómica
Björn E Langer
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1437544
- ORCID : 0000-0002-9655-3480
Andreia Amaral
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1437545
- ORCID : 0000-0003-0958-5570
Marie-Odile Baudement
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1437546
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Franziska Bonath
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1437547
- ORCID : 0000-0002-1270-1504
Mathieu Charles
- Fonction : Auteur
- PersonId : 744394
- IdHAL : mathieu-charles
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Praveen Krishna Chitneedi
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1419715
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Paolo Di Tommaso
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1437548
- ORCID : 0000-0003-3220-0253
Sarah Djebali
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1306035
- IdHAL : sarah-djebali
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Philip A Ewels
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1437549
- ORCID : 0000-0003-4101-2502
Sonia E Eynard
- Fonction : Auteur
- PersonId : 807531
- IdHAL : sonia-eynard
- ORCID : 0000-0002-8609-5869
Daniel Fischer
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1125761
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Evan W Floden
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1437551
- ORCID : 0000-0002-5431-190X
Sylvain Foissac
- Fonction : Auteur
- PersonId : 744914
- IdHAL : sylvainfoissac
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Gisela Gabernet
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1437552
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Maxime U Garcia
- Fonction : Auteur
- PersonId : 14808
- IdHAL : maxime-garcia
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Gareth Gillard
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1437553
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Manu Kumar Gundappa
- Fonction : Auteur
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Cervin Guyomar
- Fonction : Auteur
- PersonId : 745075
- IdHAL : cervin-guyomar
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Christopher Hakkaart
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1437554
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Friederike Hanssen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1437555
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Peter W Harrison
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338607
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Matthias Hörtenhuber
- Fonction : Auteur
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Cyril Kurylo
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1214803
Christa Kühn
- Fonction : Auteur
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Sandrine Lagarrigue
- Fonction : Auteur
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Delphine Lallias
- Fonction : Auteur
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Daniel J Macqueen
- Fonction : Auteur
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Edmund Miller
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1437558
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Júlia Mir-Pedrol
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1437559
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Gabriel Costa Monteiro Moreira
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : gabriel-costa-monteiro-moreira
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Sven Nahnsen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1437560
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Harshil Patel
- Fonction : Auteur
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Alexander Peltzer
- Fonction : Auteur
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Frédérique Pitel
- Fonction : Auteur
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Yuliaxis Ramayo-Caldas
- Fonction : Auteur
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Marcel da Câmara Ribeiro-Dantas
- Fonction : Auteur
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Dominique Rocha
- Fonction : Auteur
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Mazdak Salavati
- Fonction : Auteur
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Alexey Sokolov
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1437563
- ORCID : 0000-0002-3387-0649
Jose Espinosa-Carrasco
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1419716
- ORCID : 0000-0002-1541-042X
Cedric Notredame
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1437564
- ORCID : 0000-0003-1461-0988