Effets des pratiques d'agriculture de conservation des sols sur les maladies cryptogamiques
Résumé
Une maladie s'exprime sur une plante cultivée dès lors qu'il y a présence concomitante d'un agent pathogène virulent et d'un génotype végétal sensible, et que l'environnement est propice à l'infection (Krupinsky et al., 2002). Il est pertinent d'adjoindre à ce classique « triangle épidémique » (Zadoks et Schein, 1979) la composante anthropique que sont les pratiques culturales et de mettre en avant le microbiote (composante biotique de l'environnement ; Hanson et Weinstock, 2016), associé notamment au sol (rhizosphère) et aux résidus de culture (résidusphère ; Kerdraon et al., 2019). De nombreux champignons et oomycètes phytopathogènes, à l'origine de maladies cryptogamiques, survivent à proximité ou sur les résidus de plantes cultivées grâce à des structures de conservation spécifiques (par exemple, cléistothèces des oïdiums ou périthèces d'ascomycètes) ou peu différenciées (par exemple, sclérotes des sclérotinias, mycélium d'ascomycètes saprophytes, etc.) en attente de conditions favorables à l'infection d'un nouvel hôte. La survie peut également se faire sur des hôtes secondaires (cas de nombreux virus et de champignons pathogènes polyphages), sur des hôtes alternants (cas des rouilles hétéroïques nécessitant deux espèces végétales non apparentées pour terminer leur cycle de vie), mais aussi sur les repousses de la culture précédente, qui jouent le rôle de green bridge (« pont vert ») et dont la présence est potentiellement favorisée par le non-travail du sol. Plusieurs éléments des systèmes de culture ont un impact sur la capacité de survie des agents pathogènes d'une saison à l'autre. La récurrence pluriannuelle des épidémies est directement influencée par la façon dont les pratiques agricoles modifient les capacités de survie, d'infection, de reproduction et de dispersion de ces agents pathogènes, ainsi que la sensibilité de leurs cultures hôtes. De manière plus générale, cette récurrence est aussi influencée par la nature des épidémies