Article Dans Une Revue Scientific Reports Année : 2024

Impact of essential genes on the success of genome editing experiments generating 3313 new genetically engineered mouse lines

Hillary Elrick , Kevin A Peterson , Brandon J Willis , Denise G Lanza , Elif F Acar , Edward J Ryder , Lydia Teboul , Petr Kasparek , Marie-Christine Birling (1) , David J Adams , Allan Bradley , Robert E Braun , Steve D Brown , Adam Caulder , Gemma F Codner , Francesco J Demayo , Mary E Dickinson , Brendan Doe , Graham Duddy , Marina Gertsenstein , Leslie O Goodwin , Yann Hérault (1) , Lauri G Lintott , K C Kent Lloyd , Isabel Lorenzo , Matthew Mackenzie , Ann-Marie Mallon , Colin Mckerlie , Helen Parkinson , Ramiro Ramirez-Solis , John R Seavitt , Radislav Sedlacek , William C Skarnes , Damien Smedley , Sara Wells , Jacqueline K White , Joshua A Wood , Shaheen Akhtar , Alasdair J Allan , Susan Allen , Philippe André (1) , Daniel Archer , Sarah Atkins , Ruth Avery , Abdel Ayadi (1) , Daniel Barrett , Tanya Beyetinova , Toni Bell , Melissa Berry , Katharina Boroviak , Joanna Bottomley , Tim Brendler-Spaeth , Ellen Brown , Jonathan Burvill , James Bussell , Charis Cardeno , Rebecca V Carter , Patricia Castellanos-Penton , Skevoulla Christou , Greg Clark , Shannon Clarke , James Cleak , Ronnie Crawford , Amie Creighton , Maribelle Cruz , Ozge Danisment , Charlotte Davis , Joanne Doran , Valérie Erbs (1) , Qing Fan-Lan , Rachel Fell , He Feng , Jean-Victor Fougerolle (1) , Alex Fower , Gemma Frake , Martin D Fray , Antonella Galli , David Gannon , Wendy J Gardiner , Angelina Gaspero , Diane Gleeson , Chris Godbehere , Evelyn Grau , Mark Griffiths , Nicola Griggs , Kristin Grimsrud , Sarah Hazeltine , Marie Hutchison , Catherine Ingle , Vivek Iyer , Kayla Jager , Joanna Joeng , Susan Kales , Perminder Kaur , Janet Kenyon , Jana Kopkanova , Christelle Kujath (1) , Helen Kundi , Peter Kutny , Valerie Laurin , Sandrine Lejeay (1) , Christopher Lelliott , Jorik Loeffler , Romain Lorentz (1) , Christopher V Mccabe , Elke Malzer , Peter Matthews , Ryea Maswood , Matthew Mckay , Terrence Meehan , David Melvin , Alison Murphy , Asif Nakhuda , Amit Patel , Ilya Paulavets , Guillaume Pavlovic (1) , Ashley Pawelka , Fran J Pike , Radka Platte , Peter D Price , Kiran Rajaya , Shalini Reddy , Whitney Rich , Barry Rosen , Victoria Ross , Mark Ruhe , Luis Santos , Laurence Schaeffer (1) , Alix Schwiening , Mohammed Selloum (1) , Debarati Sethi , Jan R Sidiangco , Caroline Sinclair , Elodie Sins , Gillian Sleep , Tania Sorg (1) , Becky Starbuck , Michelle Stewart , Holly Swash , Mark Thomas , Sandra Tondat , Rachel Urban , Jana Urbanova , Susan Varley , Dominque von Schiller , Hannah Wardle-Jones , Lauren Weavers , Michael Woods , Stephen A Murray , Jason D Heaney , Lauryl M J Nutter
Hillary Elrick
  • Fonction : Auteur
Kevin A Peterson
  • Fonction : Auteur
Brandon J Willis
  • Fonction : Auteur
Denise G Lanza
  • Fonction : Auteur
Elif F Acar
  • Fonction : Auteur
Edward J Ryder
  • Fonction : Auteur
Lydia Teboul
  • Fonction : Auteur
Petr Kasparek
  • Fonction : Auteur
David J Adams
  • Fonction : Auteur
Allan Bradley
  • Fonction : Auteur
Robert E Braun
  • Fonction : Auteur
Steve D Brown
  • Fonction : Auteur
Adam Caulder
  • Fonction : Auteur
Gemma F Codner
  • Fonction : Auteur
Francesco J Demayo
  • Fonction : Auteur
Mary E Dickinson
  • Fonction : Auteur
Brendan Doe
  • Fonction : Auteur
Graham Duddy
  • Fonction : Auteur
Marina Gertsenstein
  • Fonction : Auteur
Leslie O Goodwin
  • Fonction : Auteur
Lauri G Lintott
  • Fonction : Auteur
K C Kent Lloyd
  • Fonction : Auteur
Isabel Lorenzo
  • Fonction : Auteur
Matthew Mackenzie
  • Fonction : Auteur
Ann-Marie Mallon
  • Fonction : Auteur
Colin Mckerlie
  • Fonction : Auteur
Helen Parkinson
  • Fonction : Auteur
Ramiro Ramirez-Solis
  • Fonction : Auteur
John R Seavitt
  • Fonction : Auteur
Radislav Sedlacek
  • Fonction : Auteur
William C Skarnes
  • Fonction : Auteur
Damien Smedley
  • Fonction : Auteur
Sara Wells
  • Fonction : Auteur
Jacqueline K White
  • Fonction : Auteur
Joshua A Wood
  • Fonction : Auteur
Shaheen Akhtar
  • Fonction : Auteur
Alasdair J Allan
  • Fonction : Auteur
Susan Allen
  • Fonction : Auteur
Daniel Archer
  • Fonction : Auteur
Sarah Atkins
  • Fonction : Auteur
Ruth Avery
  • Fonction : Auteur
Daniel Barrett
  • Fonction : Auteur
Tanya Beyetinova
  • Fonction : Auteur
Toni Bell
  • Fonction : Auteur
Melissa Berry
  • Fonction : Auteur
Katharina Boroviak
  • Fonction : Auteur
Joanna Bottomley
  • Fonction : Auteur
Tim Brendler-Spaeth
  • Fonction : Auteur
Ellen Brown
  • Fonction : Auteur
Jonathan Burvill
  • Fonction : Auteur
James Bussell
  • Fonction : Auteur
Charis Cardeno
  • Fonction : Auteur
Rebecca V Carter
  • Fonction : Auteur
Patricia Castellanos-Penton
  • Fonction : Auteur
Skevoulla Christou
  • Fonction : Auteur
Greg Clark
  • Fonction : Auteur
Shannon Clarke
  • Fonction : Auteur
James Cleak
  • Fonction : Auteur
Ronnie Crawford
  • Fonction : Auteur
Amie Creighton
  • Fonction : Auteur
Maribelle Cruz
  • Fonction : Auteur
Ozge Danisment
  • Fonction : Auteur
Charlotte Davis
  • Fonction : Auteur
Joanne Doran
  • Fonction : Auteur
Qing Fan-Lan
  • Fonction : Auteur
Rachel Fell
  • Fonction : Auteur
He Feng
  • Fonction : Auteur
Alex Fower
  • Fonction : Auteur
Gemma Frake
  • Fonction : Auteur
Martin D Fray
  • Fonction : Auteur
Antonella Galli
  • Fonction : Auteur
David Gannon
  • Fonction : Auteur
Wendy J Gardiner
  • Fonction : Auteur
Angelina Gaspero
  • Fonction : Auteur
Diane Gleeson
  • Fonction : Auteur
Chris Godbehere
  • Fonction : Auteur
Evelyn Grau
  • Fonction : Auteur
Mark Griffiths
  • Fonction : Auteur
Nicola Griggs
  • Fonction : Auteur
Kristin Grimsrud
  • Fonction : Auteur
Sarah Hazeltine
  • Fonction : Auteur
Marie Hutchison
  • Fonction : Auteur
Catherine Ingle
  • Fonction : Auteur
Vivek Iyer
  • Fonction : Auteur
Kayla Jager
  • Fonction : Auteur
Joanna Joeng
  • Fonction : Auteur
Susan Kales
  • Fonction : Auteur
Perminder Kaur
  • Fonction : Auteur
Janet Kenyon
  • Fonction : Auteur
Jana Kopkanova
  • Fonction : Auteur
Helen Kundi
  • Fonction : Auteur
Peter Kutny
  • Fonction : Auteur
Valerie Laurin
  • Fonction : Auteur
Christopher Lelliott
  • Fonction : Auteur
Jorik Loeffler
  • Fonction : Auteur
Christopher V Mccabe
  • Fonction : Auteur
Elke Malzer
  • Fonction : Auteur
Peter Matthews
  • Fonction : Auteur
Ryea Maswood
  • Fonction : Auteur
Matthew Mckay
  • Fonction : Auteur
Terrence Meehan
  • Fonction : Auteur
David Melvin
  • Fonction : Auteur
Alison Murphy
  • Fonction : Auteur
Asif Nakhuda
  • Fonction : Auteur
Amit Patel
  • Fonction : Auteur
Ilya Paulavets
  • Fonction : Auteur
Ashley Pawelka
  • Fonction : Auteur
Fran J Pike
  • Fonction : Auteur
Radka Platte
  • Fonction : Auteur
Peter D Price
  • Fonction : Auteur
Kiran Rajaya
  • Fonction : Auteur
Shalini Reddy
  • Fonction : Auteur
Whitney Rich
  • Fonction : Auteur
Barry Rosen
  • Fonction : Auteur
Victoria Ross
  • Fonction : Auteur
Mark Ruhe
  • Fonction : Auteur
Luis Santos
  • Fonction : Auteur
Alix Schwiening
  • Fonction : Auteur
Debarati Sethi
  • Fonction : Auteur
Jan R Sidiangco
  • Fonction : Auteur
Caroline Sinclair
  • Fonction : Auteur
Elodie Sins
  • Fonction : Auteur
Gillian Sleep
  • Fonction : Auteur
Becky Starbuck
  • Fonction : Auteur
Michelle Stewart
  • Fonction : Auteur
Holly Swash
  • Fonction : Auteur
Mark Thomas
  • Fonction : Auteur
Sandra Tondat
  • Fonction : Auteur
Rachel Urban
  • Fonction : Auteur
Jana Urbanova
  • Fonction : Auteur
Susan Varley
  • Fonction : Auteur
Dominque von Schiller
  • Fonction : Auteur
Hannah Wardle-Jones
  • Fonction : Auteur
Lauren Weavers
  • Fonction : Auteur
Michael Woods
  • Fonction : Auteur
Stephen A Murray
  • Fonction : Auteur
Jason D Heaney
  • Fonction : Auteur
Lauryl M J Nutter
  • Fonction : Auteur

Résumé

The International Mouse Phenotyping Consortium (IMPC) systematically produces and phenotypes mouse lines with presumptive null mutations to provide insight into gene function. The IMPC now uses the programmable RNA-guided nuclease Cas9 for its increased capacity and flexibility to efficiently generate null alleles in the C57BL/6N strain. In addition to being a valuable novel and accessible research resource, the production of 3313 knockout mouse lines using comparable protocols provides a rich dataset to analyze experimental and biological variables affecting in vivo gene engineering with Cas9. Mouse line production has two critical steps – generation of founders with the desired allele and germline transmission (GLT) of that allele from founders to offspring. A systematic evaluation of the variables impacting success rates identified gene essentiality as the primary factor influencing successful production of null alleles. Collectively, our findings provide best practice recommendations for using Cas9 to generate alleles in mouse essential genes, many of which are orthologs of genes linked to human disease.

Domaines

Fichier principal
Vignette du fichier
s41598-024-72418-8.pdf (1.21 Mo) Télécharger le fichier
Origine Publication financée par une institution
Licence

Dates et versions

hal-04985940 , version 1 (11-03-2025)

Licence

Identifiants

Citer

Hillary Elrick, Kevin A Peterson, Brandon J Willis, Denise G Lanza, Elif F Acar, et al.. Impact of essential genes on the success of genome editing experiments generating 3313 new genetically engineered mouse lines. Scientific Reports, 2024, 14 (1), pp.22626. ⟨10.1038/s41598-024-72418-8⟩. ⟨hal-04985940⟩
102 Consultations
151 Téléchargements

Altmetric

Partager

  • More