IFB-Biosphere, Cloud services for the Analysis of Life Science Data
IFB-Biosphère, Services Cloud pour l'Analyse des Données des Sciences de la Vie
Résumé
The **French Institute of Bioinformatics** (IFB) offers different services for the processing of life sciences data, in part based on a **federation of academic clouds**. The Biosphère portal (https://biosphere.france-bioinformatique.fr) provides several interfaces to simplify the use of the IFB cloud: the **RAINBio catalogue** of model environments (appliances), a dashboard to manage deployments and a register of available public data.
The **IFB-Biosphere federation**, initiated at the end of 2016, includes 5,200 cores and 26 terabytes of memory, divided between five sites based on **Openstack**, federated with the Nuvla system. In addition to the basic components, more specific components such as Manila for file-mode shared volume delivery are required for the majority of bioinformatics applications. User management is based on the institutional credentials of the eduGAIN identity federation, with a keycloak proxy and OpenID Connect clients.
The **bioinformatics appliances** offer many common tools for the analysis of biological data, 32 of which are currently published in the RAINBio catalogue. These environments provide tools such as ‘Conda’, ‘Docker’ or ‘Ansible’; **high-level scientific interfaces** (Rstudio or Jupyter Notebook web portals), or a remote graphic desktop. Some environments include several components that rely on virtual machines or containers. The basic extendable quota enables the deployment of VMs, with up to 128 cores and 3 TB of RAM.
The IFB-Biosphere Cloud is used for **scientific analyses** that can be intensive (4,000 cores), and by many **training sessions**, scientific schools, university Master degrees, workshops or hackathons.
L'**Institut Français de Bioinformatique** (IFB) propose différents services pour le traitement des données des sciences de la vie, en partie basés sur une **fédération de clouds académiques**. Le portail Biosphère (https://biosphere.france-bioinformatique.fr) fournit plusieurs interfaces pour simplifier l’usage du cloud de l’IFB : le **catalogue RAINBio** des environnements modèles (//appliances//), un tableau de bord pour gérer les déploiements et un registre des données publiques disponibles.
La **fédération IFB-Biosphère**, initiée fin 2016, comporte 5 200 cœurs et 26 téraoctets de mémoire, répartis entre 5 sites basés sur **Openstack**, fédérés avec le système Nuvla. En plus des composants de base, d'autres plus spécifiques comme Manila pour la fourniture de volumes partagés en mode fichier, sont requis pour la majorité des applications bioinformatiques. La gestion des utilisateurs repose sur les identifiants institutionnels de la fédération d’identités eduGAIN, avec un proxy ‘keycloack’ et des clients OpenID Connect.
Les **//appliances// bioinformatiques** proposent de nombreux outils courants pour l’analyse de données biologiques, 32 sont actuellement publiées dans le catalogue RAINBio. Ces environnements fournissent des outils comme ‘conda’, ‘docker’ ou ‘ansible’; des **interfaces scientifiques de haut-niveau** (portails web Rstudio ou Jupyter Notebook), ou un bureau graphique à distance. Certains environnements comprennent plusieurs composants reposant sur autant de machines virtuelles ou conteneurs. Le quota de base, extensible, permet de déployer des VMs, avec jusqu’à 128 cœurs et 3 To de RAM.
Le cloud IFB-Biosphère est utilisé pour des **analyses scientifiques** pouvant être intensives (4 000 cœurs), et par de nombreuses sessions de **formation**, écoles scientifiques, cursus de masters universitaires, workshops ou hackathons.
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