Dans cet article, nous présentons une stratégie de segmentation de cartes de disparités calculées à partir de paires d'images stéréoscopiques dans le but d'extraire les têtes des personnes. La stratégie proposée se décompose en deux étapes. La première étape consiste à prétraiter les cartes de disparités par une méthode de segmentation/simplification hiérarchique intitulée Ligne de Partage des Eaux hiérarchique non paramétrique. Dans une deuxième étape, nous cherchons à extraire les régions correspondant aux têtes des personnes en utilisant une méthode basée sur des seuillages multiples avec disparition de régions. La stratégie proposée est évaluée sur une séquence vidéo de 500 images tournée en laboratoire et simulant le passage de plusieurs personnes sous une caméra de type stéréoscope. Nous affichons un taux de têtes des personnes correctement extraites de 82% avec l'utilisation de notre stratégie contre 68% avec une méthode existante. Nous montrons aussi à travers les résultats produits l'influence de la taille de la fenêtre de corrélation utilisée dans le calcul de la carte de disparités ainsi que le niveau de hiérarchie dans l'étape de pré-traitement de l'image. L'objectif du système global pour lequel nous proposons une nouvelle stratégie de segmentation consiste à effectuer un comptage des passagers entrant et sortant d'un environnement transport (bus, métro, train).