L'étude des quelques éléments anatomiques des chiroptères provenant des ensembles stratigraphiques CIII et CII de l'entrée de la grotte a permis d'identifier huit espèces (Rhinolophus hipposideros, Rhinolophus ferrumequinum, Miniopterus schreibersii, Myotis cf. myotis, Myotis nattereri, Pipistrellus pipistrellus, Nyctalus lasiopterus et Barbastella barbastellus). Ces espèces sont globalement représentatives d'un climat tempéré et suggèrent une réduction des espaces boisés au sommet du remplissage. La rareté des éléments anatomiques et l'absence de jeune laisse supposer, malgré l'absence de trace de digestion, qu'un prédateur (préférentiellement un rapace nocturne) est susceptible d'être à l'origine du dépôt des chauves-souris dans le site.