Si les sciences humaines et sciences sociales posent un certain nombre de problèmes conceptuels, épistémologiques, institutionnels, elles posent également de fortes interrogations scientifiques quant à leurs histoires, leurs fonctions et la nature des connaissances et des savoirs disciplinaires qu’elles recouvrent. À leur décharge, les sciences et les discours scientifiques comme théories et pratiques intellectuelles posent également une multiplicité d’interrogations fondamentales parmi les suivantes : qu’est-ce qui caractérise foncièrement le concept de « pensées scientifiques » ? À quels degrés de certitude, la connaissance, les savoirs et les champs disciplinaires peuvent-ils accéder, étant donné les moyens dont nous disposons ? Quelle(s) sorte(s) de vérité(s) proposent-ils ? À partir de quelles caractéristiques et selon quels critères conférons-nous le qualificatif de « sciences(s) » ? L’enjeu de l’article est de souligner le crucial débat au cœur même des sciences humaines et des sciences sociales sous-jacent à leurs prétentions épistémologiques, celui d’une possible ou non articulation entre Sciences Humaines et sciences « non humaines » qui puisse dépasser l’alternative suivante : d’une part, l’existence dans les sciences de l’homme de mode d’explications pluriels et différenciés ; d’autre part , le fait qu’il n’y ait pas de ligne de démarcation définitive entre les différents modes d’explication à l’œuvre dans les S.H.S. et ceux mobilisés par les sciences de la nature ne conduit pas nécessairement à une reconnaissance implicite à une perméabilité méthodologique qui impliquerait alors un réductionnisme, à savoir : le naturalisme ou le physicalisme intégral comme seul horizon univoque de la scientificité.