The European Reference Genome Atlas: piloting a decentralised approach to equitable biodiversity genomics
Ann Mc Cartney
,
Giulio Formenti
(1)
,
Alice Mouton
(2)
,
Diego de Panis
,
Luísa Marins
,
Henrique Leitão
,
Genevieve Diedericks
,
Joseph Kirangwa
,
Marco Morselli
(3)
,
Judit Salces-Ortiz
(4)
,
Nuria Escudero
,
Alessio Iannucci
(5)
,
Chiara Natali
,
Hannes Svardal
(6)
,
Rosa Fernández
(7)
,
Tim de Pooter
(8, 9)
,
Geert Joris
(10, 11)
,
Mojca Strazisar
(8, 9)
,
Jonathan Wood
(12)
,
Katie Herron
,
Ole Seehausen
(13, 14)
,
Phillip Watts
(15)
,
Felix Shaw
(16)
,
Robert Davey
(16)
,
Alice Minotto
(16)
,
José Fernández
(17)
,
Astrid Böhne
(18)
,
Carla Alegria
,
Tyler Alioto
(19)
,
Paulo Alves
(20, 21)
,
Isabel Amorim
(22)
,
Jean-Marc Aury
(23)
,
Niclas Backstrom
,
Petr Baldrian
,
Laima Baltrunaite
,
Endre Barta
,
Bertrand Bed'Hom
(24)
,
Caroline Belser
(23)
,
Johannes Bergsten
,
Laurie Bertrand
(23)
,
Helena Bilandija
,
Mahesh Binzer-Panchal
,
Iliana Bista
,
Mark Blaxter
,
Paulo Borges
,
Guilherme Borges Dias
,
Mirte Bosse
,
Tom Brown
,
Rémy Bruggmann
,
Elena Buena-Atienza
,
Josephine Burgin
,
Elena Buzan
,
Alessia Cariani
,
Nicolas Casadei
,
Matteo Chiara
,
Sergio Chozas
,
Fedor Čiampor
,
Angelica Crottini
,
Corinne Cruaud
(23)
,
Fernando Cruz
,
Love Dalen
,
Alessio de Biase
,
Javier del Campo
,
Teo Delic
,
Alice Dennis
,
Martijn Derks
,
Maria Angela Diroma
,
Mihajla Djan
,
Simone Duprat
,
Klara Eleftheriadi
,
Philine Feulner
,
Jean-François Flot
,
Giobbe Forni
,
Bruno Fosso
,
Pascal Fournier
(25)
,
Christine Fournier-Chambrillon
(25)
,
Toni Gabaldon
,
Shilpa Garg
,
Carmela Gissi
,
Luca Giupponi
,
Jessica Gomez-Garrido
,
Josefa González
,
Miguel Grilo
,
Björn Grüning
,
Thomas Guerin
,
Nadege Guiglielmoni
,
Marta Gut
,
Marcel Haesler
,
Christoph Hahn
,
Balint Halpern
,
Peter Harrison
,
Julia Heintz
,
Maris Hindrikson
,
Jacob Höglund
,
Kerstin Howe
,
Graham Hughes
,
Benjamin Istace
,
Mark Cock
,
Franc Janžekovič
,
Zophonias Jonsson
,
Sagane Joye-Dind
,
Janne Koskimäki
,
Boris Krystufek
,
Justyna Kubacka
,
Heiner Kuhl
,
Szilvia Kusza
,
Karine Labadie
(23)
,
Meri Lähteenaro
,
Henrik Lantz
,
Anton Lavrinienko
,
Lucas Leclère
,
Ricardo Jorge Lopes
,
Ole Madsen
,
Ghislaine Magdelenat
,
Giulia Magoga
,
Tereza Manousaki
,
Tapio Mappes
,
Joao Pedro Marques
,
Gemma Redondo
,
Florian Maumus
,
Shane McCarthy
,
Hendrik-Jan Megens
,
Jose Melo-Ferreira
,
Sofia Mendes
,
Matteo Montagna
,
Joao Moreno
,
Mai-Britt Mosbech
,
Mónica Moura
,
Zuzana Musilova
,
Eugene Myers
,
Will Nash
,
Alexander Nater
,
Pamela Nicholson
,
Manuel Niell
,
Reindert Nijland
,
Benjamin Noel
,
Karin Noren
,
Pedro Oliveira
(23)
,
Remi-Andre Olsen
,
Lino Ometto
,
Rebekah Oomen
,
Stephan Ossowski
,
Vaidas Palinauskas
,
Snaebjorn Palsson
,
Jerome Panibe
,
Joana Pauperio
,
Martina Pavlek
,
Emilie Payen
,
Julia Pawlowska
,
Jaume Pellicer
,
Graziano Pesole
,
Joao Pimenta
,
Martin Pippel
,
Anna Maria Pirttilä
,
Nikos Poulakakis
,
Jeena Rajan
,
Rúben M.C. Rego
,
Roberto Resendes
,
Philipp Resl
,
Ana Riesgo
,
Patrik Rodin-Morch
,
Andre Soares
,
Carlos Rodriguez Fernandes
,
Maria Romeiras
,
Guilherme Roxo
,
Lukas Rüber
,
Maria Jose Ruiz-Lopez
,
Urmas Saarma
,
Luis da Silva
,
Manuela Sim-Sim
,
Lucile Soler
,
Vitor Sousa
,
Carla Sousa Santos
,
Alberto Spada
,
Milomir Stefanovic
,
Viktor Steger
,
Josefin Stiller
,
Matthias Stöck
,
Torsten Struck
,
Hiranya Sudasinghe
,
Riikka Tapanainen
,
Christian Tellgren-Roth
,
Helena Trindade
,
Yevhen Tukalenko
,
Ilenia Urso
,
Benoit Vacherie
(23)
,
Steven van Belleghem
,
Kees van Oers
,
Carlos Vargas-Chavez
,
Nevena Velickovic
,
Noel Vella
,
Adriana Vella
,
Cristiano Vernesi
,
Sara Vicente
,
Sara Villa
,
Olga Vinnere Pettersson
,
Filip Volckaert
,
Judit Voros
,
Patrick Wincker
(23)
,
Sylke Winkler
,
Claudio Ciofi
,
Robert Waterhouse
,
Camila Mazzoni
1
Rockefeller University [New York]
2 OM-MS - Équipe Mondes sémitiques
3 UNIPR - Università degli studi di Parma = University of Parma
4 LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558
5 Eberhard Karls Universität Tübingen = University of Tübingen
6 GMI - Gregor Mendel Institute of Molecular Plant Biology
7 IBE - Animal Biodiversity and Evolution, Institute of Evolutionary Biology
8 Department of Biomedical Sciences [Antwerp]
9 UA - University of Antwerp
10 VIB-UAntwerp - Center for Molecular Neurology
11 VIB [Belgium]
12 The Wellcome Trust Genome Campus
13 UNIBE - Universität Bern = University of Bern = Université de Berne
14 EAWAG - Swiss Federal Insitute of Aquatic Science and Technology [Dübendorf]
15 Northern Michigan University
16 Earlham Institute [Norwich]
17 IEM - Instituto de Estructura de la Materia
18 ENS Cachan - École normale supérieure - Cachan
19 CRG - Centro de Regulación Genómica
20 Universidade do Porto = University of Porto
21 University of Montana
22 cE3c - Centre for Ecology - Evolution and Environmental Changes
23 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
24 ISYEB - Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité
25 GREGE - Groupe de Recherche et d’Etude pour la Gestion de l’Environnement
2 OM-MS - Équipe Mondes sémitiques
3 UNIPR - Università degli studi di Parma = University of Parma
4 LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558
5 Eberhard Karls Universität Tübingen = University of Tübingen
6 GMI - Gregor Mendel Institute of Molecular Plant Biology
7 IBE - Animal Biodiversity and Evolution, Institute of Evolutionary Biology
8 Department of Biomedical Sciences [Antwerp]
9 UA - University of Antwerp
10 VIB-UAntwerp - Center for Molecular Neurology
11 VIB [Belgium]
12 The Wellcome Trust Genome Campus
13 UNIBE - Universität Bern = University of Bern = Université de Berne
14 EAWAG - Swiss Federal Insitute of Aquatic Science and Technology [Dübendorf]
15 Northern Michigan University
16 Earlham Institute [Norwich]
17 IEM - Instituto de Estructura de la Materia
18 ENS Cachan - École normale supérieure - Cachan
19 CRG - Centro de Regulación Genómica
20 Universidade do Porto = University of Porto
21 University of Montana
22 cE3c - Centre for Ecology - Evolution and Environmental Changes
23 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
24 ISYEB - Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité
25 GREGE - Groupe de Recherche et d’Etude pour la Gestion de l’Environnement
Ann Mc Cartney
- Fonction : Auteur
Diego de Panis
- Fonction : Auteur
Luísa Marins
- Fonction : Auteur
Henrique Leitão
- Fonction : Auteur
Genevieve Diedericks
- Fonction : Auteur
Joseph Kirangwa
- Fonction : Auteur
Nuria Escudero
- Fonction : Auteur
Chiara Natali
- Fonction : Auteur
Katie Herron
- Fonction : Auteur
Carla Alegria
- Fonction : Auteur
Niclas Backstrom
- Fonction : Auteur
Petr Baldrian
- Fonction : Auteur
Laima Baltrunaite
- Fonction : Auteur
Endre Barta
- Fonction : Auteur
Johannes Bergsten
- Fonction : Auteur
Helena Bilandija
- Fonction : Auteur
Mahesh Binzer-Panchal
- Fonction : Auteur
Iliana Bista
- Fonction : Auteur
Mark Blaxter
- Fonction : Auteur
Paulo Borges
- Fonction : Auteur
Guilherme Borges Dias
- Fonction : Auteur
Mirte Bosse
- Fonction : Auteur
Tom Brown
- Fonction : Auteur
Rémy Bruggmann
- Fonction : Auteur
Elena Buena-Atienza
- Fonction : Auteur
Josephine Burgin
- Fonction : Auteur
Elena Buzan
- Fonction : Auteur
Alessia Cariani
- Fonction : Auteur
Nicolas Casadei
- Fonction : Auteur
Matteo Chiara
- Fonction : Auteur
Sergio Chozas
- Fonction : Auteur
Fedor Čiampor
- Fonction : Auteur
Angelica Crottini
- Fonction : Auteur
Fernando Cruz
- Fonction : Auteur
Love Dalen
- Fonction : Auteur
Alessio de Biase
- Fonction : Auteur
Javier del Campo
- Fonction : Auteur
Teo Delic
- Fonction : Auteur
Alice Dennis
- Fonction : Auteur
Martijn Derks
- Fonction : Auteur
Maria Angela Diroma
- Fonction : Auteur
Mihajla Djan
- Fonction : Auteur
Simone Duprat
- Fonction : Auteur
Klara Eleftheriadi
- Fonction : Auteur
Philine Feulner
- Fonction : Auteur
Jean-François Flot
- Fonction : Auteur
Giobbe Forni
- Fonction : Auteur
Bruno Fosso
- Fonction : Auteur
Toni Gabaldon
- Fonction : Auteur
Shilpa Garg
- Fonction : Auteur
Carmela Gissi
- Fonction : Auteur
Luca Giupponi
- Fonction : Auteur
Jessica Gomez-Garrido
- Fonction : Auteur
Josefa González
- Fonction : Auteur
Miguel Grilo
- Fonction : Auteur
Björn Grüning
- Fonction : Auteur
Thomas Guerin
- Fonction : Auteur
Nadege Guiglielmoni
- Fonction : Auteur
Marta Gut
- Fonction : Auteur
Marcel Haesler
- Fonction : Auteur
Christoph Hahn
- Fonction : Auteur
Balint Halpern
- Fonction : Auteur
Peter Harrison
- Fonction : Auteur
Julia Heintz
- Fonction : Auteur
Maris Hindrikson
- Fonction : Auteur
Jacob Höglund
- Fonction : Auteur
Kerstin Howe
- Fonction : Auteur
Graham Hughes
- Fonction : Auteur
Benjamin Istace
- Fonction : Auteur
Mark Cock
- Fonction : Auteur
Franc Janžekovič
- Fonction : Auteur
Zophonias Jonsson
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Sagane Joye-Dind
- Fonction : Auteur
Janne Koskimäki
- Fonction : Auteur
Boris Krystufek
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Justyna Kubacka
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Heiner Kuhl
- Fonction : Auteur
Szilvia Kusza
- Fonction : Auteur
Meri Lähteenaro
- Fonction : Auteur
Henrik Lantz
- Fonction : Auteur
Anton Lavrinienko
- Fonction : Auteur
Lucas Leclère
- Fonction : Auteur
Ricardo Jorge Lopes
- Fonction : Auteur
Ole Madsen
- Fonction : Auteur
Ghislaine Magdelenat
- Fonction : Auteur
Giulia Magoga
- Fonction : Auteur
Tereza Manousaki
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Tapio Mappes
- Fonction : Auteur
Joao Pedro Marques
- Fonction : Auteur
Gemma Redondo
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Florian Maumus
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Shane McCarthy
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Hendrik-Jan Megens
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Jose Melo-Ferreira
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Sofia Mendes
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Matteo Montagna
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Joao Moreno
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Mai-Britt Mosbech
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Mónica Moura
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Zuzana Musilova
- Fonction : Auteur
Eugene Myers
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Will Nash
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Alexander Nater
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Pamela Nicholson
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Manuel Niell
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Reindert Nijland
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Benjamin Noel
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Karin Noren
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Remi-Andre Olsen
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Lino Ometto
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Rebekah Oomen
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Stephan Ossowski
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Vaidas Palinauskas
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Snaebjorn Palsson
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Jerome Panibe
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Joana Pauperio
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Martina Pavlek
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Emilie Payen
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Julia Pawlowska
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Jaume Pellicer
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Graziano Pesole
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Joao Pimenta
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Martin Pippel
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Anna Maria Pirttilä
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Nikos Poulakakis
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Jeena Rajan
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Rúben M.C. Rego
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Roberto Resendes
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Philipp Resl
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Ana Riesgo
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Patrik Rodin-Morch
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Andre Soares
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Carlos Rodriguez Fernandes
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Maria Romeiras
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Guilherme Roxo
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Lukas Rüber
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Urmas Saarma
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Luis da Silva
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Manuela Sim-Sim
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Alberto Spada
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Milomir Stefanovic
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Viktor Steger
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Josefin Stiller
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Matthias Stöck
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Torsten Struck
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Hiranya Sudasinghe
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Riikka Tapanainen
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Christian Tellgren-Roth
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Helena Trindade
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Yevhen Tukalenko
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Steven van Belleghem
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Kees van Oers
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Carlos Vargas-Chavez
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Nevena Velickovic
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Noel Vella
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Adriana Vella
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Cristiano Vernesi
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Sara Vicente
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Sara Villa
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Olga Vinnere Pettersson
- Fonction : Auteur
Filip Volckaert
- Fonction : Auteur
Judit Voros
- Fonction : Auteur
Sylke Winkler
- Fonction : Auteur
Claudio Ciofi
- Fonction : Auteur
Robert Waterhouse
- Fonction : Auteur
Camila Mazzoni
- Fonction : Auteur
Résumé
Abstract A genomic database of all Earth’s eukaryotic species could contribute to many scientific discoveries; however, only a tiny fraction of species have genomic information available. In 2018, scientists across the world united under the Earth BioGenome Project (EBP), aiming to produce a database of high-quality reference genomes containing all ~1.5 million recognized eukaryotic species. As the European node of the EBP, the European Reference Genome Atlas (ERGA) sought to implement a new decentralised, equitable and inclusive model for producing reference genomes. For this, ERGA launched a Pilot Project establishing the first distributed reference genome production infrastructure and testing it on 98 eukaryotic species from 33 European countries. Here we outline the infrastructure and explore its effectiveness for scaling high-quality reference genome production, whilst considering equity and inclusion. The outcomes and lessons learned provide a solid foundation for ERGA while offering key learnings to other transnational, national genomic resource projects and the EBP.