The European Reference Genome Atlas: piloting a decentralised approach to equitable biodiversity genomics - Archive ouverte HAL
Article Dans Une Revue npj Biodiversity Année : 2024

The European Reference Genome Atlas: piloting a decentralised approach to equitable biodiversity genomics

Ann Mc Cartney , Giulio Formenti (1) , Alice Mouton (2) , Diego de Panis , Luísa Marins , Henrique Leitão , Genevieve Diedericks , Joseph Kirangwa , Marco Morselli (3) , Judit Salces-Ortiz (4) , Nuria Escudero , Alessio Iannucci (5) , Chiara Natali , Hannes Svardal (6) , Rosa Fernández (7) , Tim de Pooter (8, 9) , Geert Joris (10, 11) , Mojca Strazisar (8, 9) , Jonathan Wood (12) , Katie Herron , Ole Seehausen (13, 14) , Phillip Watts (15) , Felix Shaw (16) , Robert Davey (16) , Alice Minotto (16) , José Fernández (17) , Astrid Böhne (18) , Carla Alegria , Tyler Alioto (19) , Paulo Alves (20, 21) , Isabel Amorim (22) , Jean-Marc Aury (23) , Niclas Backstrom , Petr Baldrian , Laima Baltrunaite , Endre Barta , Bertrand Bed'Hom (24) , Caroline Belser (23) , Johannes Bergsten , Laurie Bertrand (23) , Helena Bilandija , Mahesh Binzer-Panchal , Iliana Bista , Mark Blaxter , Paulo Borges , Guilherme Borges Dias , Mirte Bosse , Tom Brown , Rémy Bruggmann , Elena Buena-Atienza , Josephine Burgin , Elena Buzan , Alessia Cariani , Nicolas Casadei , Matteo Chiara , Sergio Chozas , Fedor Čiampor , Angelica Crottini , Corinne Cruaud (23) , Fernando Cruz , Love Dalen , Alessio de Biase , Javier del Campo , Teo Delic , Alice Dennis , Martijn Derks , Maria Angela Diroma , Mihajla Djan , Simone Duprat , Klara Eleftheriadi , Philine Feulner , Jean-François Flot , Giobbe Forni , Bruno Fosso , Pascal Fournier (25) , Christine Fournier-Chambrillon (25) , Toni Gabaldon , Shilpa Garg , Carmela Gissi , Luca Giupponi , Jessica Gomez-Garrido , Josefa González , Miguel Grilo , Björn Grüning , Thomas Guerin , Nadege Guiglielmoni , Marta Gut , Marcel Haesler , Christoph Hahn , Balint Halpern , Peter Harrison , Julia Heintz , Maris Hindrikson , Jacob Höglund , Kerstin Howe , Graham Hughes , Benjamin Istace , Mark Cock , Franc Janžekovič , Zophonias Jonsson , Sagane Joye-Dind , Janne Koskimäki , Boris Krystufek , Justyna Kubacka , Heiner Kuhl , Szilvia Kusza , Karine Labadie (23) , Meri Lähteenaro , Henrik Lantz , Anton Lavrinienko , Lucas Leclère , Ricardo Jorge Lopes , Ole Madsen , Ghislaine Magdelenat , Giulia Magoga , Tereza Manousaki , Tapio Mappes , Joao Pedro Marques , Gemma Redondo , Florian Maumus , Shane McCarthy , Hendrik-Jan Megens , Jose Melo-Ferreira , Sofia Mendes , Matteo Montagna , Joao Moreno , Mai-Britt Mosbech , Mónica Moura , Zuzana Musilova , Eugene Myers , Will Nash , Alexander Nater , Pamela Nicholson , Manuel Niell , Reindert Nijland , Benjamin Noel , Karin Noren , Pedro Oliveira (23) , Remi-Andre Olsen , Lino Ometto , Rebekah Oomen , Stephan Ossowski , Vaidas Palinauskas , Snaebjorn Palsson , Jerome Panibe , Joana Pauperio , Martina Pavlek , Emilie Payen , Julia Pawlowska , Jaume Pellicer , Graziano Pesole , Joao Pimenta , Martin Pippel , Anna Maria Pirttilä , Nikos Poulakakis , Jeena Rajan , Rúben M.C. Rego , Roberto Resendes , Philipp Resl , Ana Riesgo , Patrik Rodin-Morch , Andre Soares , Carlos Rodriguez Fernandes , Maria Romeiras , Guilherme Roxo , Lukas Rüber , Maria Jose Ruiz-Lopez , Urmas Saarma , Luis da Silva , Manuela Sim-Sim , Lucile Soler , Vitor Sousa , Carla Sousa Santos , Alberto Spada , Milomir Stefanovic , Viktor Steger , Josefin Stiller , Matthias Stöck , Torsten Struck , Hiranya Sudasinghe , Riikka Tapanainen , Christian Tellgren-Roth , Helena Trindade , Yevhen Tukalenko , Ilenia Urso , Benoit Vacherie (23) , Steven van Belleghem , Kees van Oers , Carlos Vargas-Chavez , Nevena Velickovic , Noel Vella , Adriana Vella , Cristiano Vernesi , Sara Vicente , Sara Villa , Olga Vinnere Pettersson , Filip Volckaert , Judit Voros , Patrick Wincker (23) , Sylke Winkler , Claudio Ciofi , Robert Waterhouse , Camila Mazzoni
Ann Mc Cartney
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Diego de Panis
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Luísa Marins
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Filip Volckaert
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Judit Voros
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Sylke Winkler
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Claudio Ciofi
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Robert Waterhouse
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Camila Mazzoni
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Résumé

Abstract A genomic database of all Earth’s eukaryotic species could contribute to many scientific discoveries; however, only a tiny fraction of species have genomic information available. In 2018, scientists across the world united under the Earth BioGenome Project (EBP), aiming to produce a database of high-quality reference genomes containing all ~1.5 million recognized eukaryotic species. As the European node of the EBP, the European Reference Genome Atlas (ERGA) sought to implement a new decentralised, equitable and inclusive model for producing reference genomes. For this, ERGA launched a Pilot Project establishing the first distributed reference genome production infrastructure and testing it on 98 eukaryotic species from 33 European countries. Here we outline the infrastructure and explore its effectiveness for scaling high-quality reference genome production, whilst considering equity and inclusion. The outcomes and lessons learned provide a solid foundation for ERGA while offering key learnings to other transnational, national genomic resource projects and the EBP.

Dates et versions

hal-04733220 , version 1 (11-10-2024)

Identifiants

Citer

Ann Mc Cartney, Giulio Formenti, Alice Mouton, Diego de Panis, Luísa Marins, et al.. The European Reference Genome Atlas: piloting a decentralised approach to equitable biodiversity genomics. npj Biodiversity, 2024, 3 (1), pp.28. ⟨10.1038/s44185-024-00054-6⟩. ⟨hal-04733220⟩
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