Cette étude aborde l'exploitation des descriptions en texte libre dans les dossiers médicaux électroniques (DME) pour la recherche clinique et l'amélioration des soins de santé. Malgré le potentiel de ces données, leur interprétation directe par les ordinateurs est limitée. L'annotation sémantique apparaît comme une méthode permettant de rendre le texte libre des DME interprétable par les machines, mais elle se heurte à des ontologies spécifiques et à des difficultés accrues dans le domaine de la psychiatrie. Pour relever ces défis, cette étude propose un système fondé sur des techniques d'apprentissage non supervisé pour extraire les entités et leurs relations, en les alignant sur une ontologie de domaine. L'efficacité de ce système a été validée dans le cadre du projet PsyCARE par l'analyse de 60 résumés de sortie de patients.