Dans un contexte d’écologisation de l’action publique, la gouvernance des métropoles fait aujourd’hui l’objet de tensions entre des politiques et des savoirs contradictoires relatifs aux enjeux de développement urbain et de conservation de la biodiversité. À partir d’une démarche de prospective participative menée à Bordeaux Métropole, cet article traite du rôle de la transdisciplinarité dans l’exploration de trajectoires socioécologiques métropolitaines futures pour tenter de concilier ces deux enjeux. C’est de l’articulation de savoirs hétérogènes venant des sciences et des sociétés que peuvent émerger les instruments d’une gouvernance anticipative cohérente et d’un investissement écologique des futurs urbains. La réflexivité de cette démarche permet également d’interroger la confrontation des temporalités propres à la science, celles de l’action publique et celles de la nature.