Les capsules ou cages moléculaires ou supramoléculaires font partie des objets fonctionnels qui suscitent actuellement beaucoup d’attention pour leurs fonctions fondamentales générant une nouvelle chimie dans des milieux confinés et pour leurs applications multiples, notamment dans le domaine de la santé. Les travaux présentés ici illustrent des avancées très récentes sur le confinement par des assemblages supramoléculaires encapsulant des composés biogéniques en milieux aqueux, très proche des conditions biologiques. En effet, grâce à une conception judicieuse, de nouvelles architectures programmées se constituent de façon spontanée et réversible pour générer des cages à la fois robustes, dynamiques et capables de s’adapter pour répondre à différentes fonctions. Plusieurs études approfondies ont permis de mettre en lumière des applications variées (compression, catalyse, sélection) en utilisant un outil unique, la « boite-pyrène », une sorte de pince multiprise dans le domaine de l’encapsulation supramoléculaire fonctionnelle. Les techniques de caractérisation à l’état solide (cristallographie) et en solution ont été utilisées pour mettre en évidence la stabilisation par confinement d’espèces hautement instables ainsi que la détermination de la structure tridimensionnelle d’espèces non cristallines ou polymorphes.