Guidance framework to apply good practices in ecological data analysis: Lessons learned from building Galaxy-Ecology
Coline Royaux
(1, 2)
,
Jean-Baptiste Mihoub
(3)
,
Marie Jossé
(4)
,
Dominique Pelletier
(5)
,
Olivier Norvez
(2)
,
Yves Reecht
(6)
,
Anne Fouilloux
(7)
,
Helena Rasche
(8)
,
Saskia Hiltemann
(9)
,
Bérénice Batut
(10, 11)
,
Marc Eléaume
(12)
,
Pauline Seguineau
(12)
,
Guillaume Massé
(13)
,
Alan Amossé
(14)
,
Claire Bissery
(15)
,
Romain Lorrilliere
(3)
,
Alexis Martin
(1)
,
Yves Bas
(3, 16)
,
Thimothée Virgoulay
(3, 17)
,
Valentin Chambon
(14)
,
Elie Arnaud
(2)
,
Elisa Michon
(18)
,
Clara Urfer
(2, 19)
,
Eloïse Trigodet
(3)
,
Marie Delannoy
(3)
,
Gregoire Loïs
(3)
,
Romain Julliard
(3)
,
Björn Grüning
(20)
,
Yvan Le Bras
(2)
1
BOREA -
Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques
2 PNDB - Pôle National des Données de Biodiversité
3 CESCO - Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation
4 Data Terra - Unité Mixte Data Terra
5 DECOD - Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan
6 IMR - Institute of Marine Research [Bergen]
7 Simula Research Laboratory [OSLO]
8 Department of Pathology and Clinical Bioinformatics
9 Institute of Pharmaceutical Sciences
10 IFB-CORE - Institut Français de Bioinformatique
11 AuBi - Plateforme Auvergne Bioinformatique
12 ISYEB - Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité
13 VOG - Variabilité de l'Océan et de la Glace de mer
14 Muséum National d'Histoire Naturelle [Concarneau]
15 UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1
16 PatriNat - Patrimoine naturel
17 UM - Université de Montpellier
18 ISMER - Institut des Sciences de la MER de Rimouski
19 UBO - Université de Brest
20 University of Freiburg [Freiburg]
2 PNDB - Pôle National des Données de Biodiversité
3 CESCO - Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation
4 Data Terra - Unité Mixte Data Terra
5 DECOD - Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan
6 IMR - Institute of Marine Research [Bergen]
7 Simula Research Laboratory [OSLO]
8 Department of Pathology and Clinical Bioinformatics
9 Institute of Pharmaceutical Sciences
10 IFB-CORE - Institut Français de Bioinformatique
11 AuBi - Plateforme Auvergne Bioinformatique
12 ISYEB - Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité
13 VOG - Variabilité de l'Océan et de la Glace de mer
14 Muséum National d'Histoire Naturelle [Concarneau]
15 UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1
16 PatriNat - Patrimoine naturel
17 UM - Université de Montpellier
18 ISMER - Institut des Sciences de la MER de Rimouski
19 UBO - Université de Brest
20 University of Freiburg [Freiburg]
Bérénice Batut
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1602
- IdHAL : berenice-batut
- ORCID : 0000-0001-9852-1987
- IdRef : 184297370
Résumé
Numerous conceptual frameworks exist for good practices in research data and analysis (e.g. Open Science and FAIR principles). In practice, there is a need for further progress to improve transparency, reproducibility, and confidence in ecology. Here, we propose a practical and operational framework to achieve good practices for building analytical procedures based on atomisation and generalisation. We introduce the concept of atomisation to identify analytical steps which support generalisation by allowing us to go beyond single analyses. These guidelines were established during the development of the Galaxy-Ecology initiative, a web platform dedicated to data analysis in ecology. Galaxy-Ecology allows us to demonstrate a way to reach higher levels of reproducibility in ecological sciences by increasing the accessibility and reusability of analytical workflows once atomised and generalised.