Genetics for the epidemiology of the oyster herpes virus OsHV-1 in Magallana gigas
La génétique au service de l'épidémiologie du virus herpétique de l'huître OsHV-1 chez Magallana gigas
Résumé
Oyster farming is a major socio-economic activity worldwide, and particularly in France. It is a sector that is always exposed to environmental risks, since cultivation occure in an open environment. Since the end of the 90s, the oyster industry has been affected by a number of mortalities oyster spat (Magallana gigas), the agent responsible for which has been identified as the herpes virus OsHV-1 (Nicolas et al. 1992). Since 2008, the industry is experiencing a major crisis, with an increase in the phenomenon of massive mortalities reaching 80 to 100%. This phenomenon was initially associated with the appearance of a variant of the reference virus, OsHV-1 μVar (Segarra et al. 2010).Our team has developed tools to study the genetic diversity of OsHV-1 : real-time quantitative PCR of the virus adopted by the DGAL and subsequently recognized by OMSA (Martenot et al. 2010), a predictive tool (detection threshold) to anticipate the onset of the disease (Oden et al. 2011), a batch certification method for improved prophylaxis (Martenot. 2013) as well as the complete sequencing of a μVar (Burioli et al 2017). The interest of this work led to the extension of polymorphism analysis to Europe (Burioli et al. 2016, 2017) and then to Australia (Trancart et al. 2023).Despite recurrent outbreaks in Australian livestock, little data had been acquired on the genetic diversity of this virus. This geographical area is interesting because the health regulations are very strict and imports are prohibited.The study was only carried out on six regions of the genome, and it is planned to go further by extend it to the whole genome. This will enable us to identify the level of distribution of the virus on a global scale, to help management authorities better monitor health risks. In addition, genes that may be involved in virulence will be identified by the study of viruses present in sites with contrasting profiles in terms of mortality rates.
L’ostréiculture représente une forte activité socio-économique dans le monde etnotamment en France. C’est une filière toujours exposée aux risques environnementaux puisquela culture se fait en milieu ouvert. Depuis la fin des années 90, la filière ostréicole est touchée pardes mortalités notamment sur le naissain d’huître creuses (Magallana gigas) dont l’agentresponsable a été identifié comme étant le virus herpétique OsHV-1 (Nicolas et al. 1992). Depuis2008, la filière connaît une crise majeure avec une augmentation du phénomène où desmortalités massives atteignent 80 à 100%. Ce phénomène a été associé initialement àl’apparition d’un variant du virus de référence l’OsHV-1 μVar (Segarra et al. 2010).Notre équipe a développé différents outils afin d’étudier la diversité génétique de l’OsHV-1 : Une PCR quantitative en temps réel du virus adoptée par la DGAL et reconnue par la suite parl’OMSA (Martenot et al. 2010), un outil prédictif (seuil de détection) pour anticiper l’apparition dela maladie (Oden et al. 2011), une méthode de certification des lots pour une meilleureprophylaxie (Martenot. 2013) ainsi que le séquençage complet d’un μVar (Burioli et al 2017).L’intérêt de ces travaux a conduit à élargir l’analyse du polymorphisme à l’Europe (Burioli et al.2016, 2017) puis à l’Australie (Trancart et al. 2023).En effet malgré des épisodes récurrents sur les cheptels australiens, peu de donnéesavait été acquises sur la diversité génétique de ce virus. Ce secteur géographique est intéressantcar la règlementation sanitaire est très stricte et les importations sont interdites.L’étude n’a été réalisée que sur six régions du génome et il est envisagé d’aller plus loinen l’élargissant à l’échelle du génome complet. Cela permettra d’identifier le niveau dedistribution du virus au niveau mondial pour aider les autorités de gestion à une meilleuresurveillance du risque sanitaire. De plus il sera identifié des gènes pouvant être impliqués dansla virulence par l’étude de virus présents sur des sites ayant des profils contrastés en termes detaux de mortalité.