The genome and population genomics of allopolyploid Coffea arabica reveal the diversification history of modern coffee cultivars - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Nature Genetics Année : 2024

The genome and population genomics of allopolyploid Coffea arabica reveal the diversification history of modern coffee cultivars

Z. Yu
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M. Lepelley
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P. Rastas
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C. F. Zheng
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Résumé

Coffea arabica, an allotetraploid hybrid of Coffea eugenioides and Coffea canephora, is the source of approximately 60% of coffee products worldwide, and its cultivated accessions have undergone several population bottlenecks. We present chromosome-level assemblies of a di-haploid C. arabica accession and modern representatives of its diploid progenitors, C. eugenioides and C. canephora. The three species exhibit largely conserved genome structures between diploid parents and descendant subgenomes, with no obvious global subgenome dominance. We find evidence for a founding polyploidy event 350,000-610,000 years ago, followed by several pre-domestication bottlenecks, resulting in narrow genetic variation. A split between wild accessions and cultivar progenitors occurred similar to 30.5 thousand years ago, followed by a period of migration between the two populations. Analysis of modern varieties, including lines historically introgressed with C. canephora, highlights their breeding histories and loci that may contribute to pathogen resistance, laying the groundwork for future genomics-based breeding of C. arabica.

Mots clés

Dates et versions

hal-04611385 , version 1 (13-06-2024)

Licence

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Citer

J. Salojaervi, A. Rambani, Z. Yu, Romain Guyot, S. Strickler, et al.. The genome and population genomics of allopolyploid Coffea arabica reveal the diversification history of modern coffee cultivars. Nature Genetics, 2024, 56 (4), pp.721-731. ⟨10.1038/s41588-024-01695-w⟩. ⟨hal-04611385⟩
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