Azithromycin resistance in Escherichia coli and Salmonella from food-producing animals and meat in Europe - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Journal of Antimicrobial Chemotherapy Année : 2024

Azithromycin resistance in Escherichia coli and Salmonella from food-producing animals and meat in Europe

Mirena Ivanova
  • Fonction : Auteur
Armen Ovsepian
Pimlapas Leekitcharoenphon
Anne Mette Seyfarth
  • Fonction : Auteur
Hanne Mordhorst
  • Fonction : Auteur
Saria Otani
  • Fonction : Auteur
Sandra Koeberl-Jelovcan
  • Fonction : Auteur
Mihail Milanov
  • Fonction : Auteur
Gordan Kompes
  • Fonction : Auteur
Maria Liapi
  • Fonction : Auteur
Tomáš Černý
  • Fonction : Auteur
Camilla Thougaard Vester
  • Fonction : Auteur
Jens Hammerl
Mirjam Grobbel
  • Fonction : Auteur
Eleni Valkanou
  • Fonction : Auteur
Szilárd Jánosi
  • Fonction : Auteur
Rosemarie Slowey
  • Fonction : Auteur
Patricia Alba
Virginia Carfora
Jelena Avsejenko
  • Fonction : Auteur
Asta Pereckiene
  • Fonction : Auteur
Dominique Claude
  • Fonction : Auteur
Renato Zerafa
  • Fonction : Auteur
Kees Veldman
  • Fonction : Auteur
Cécile Boland
  • Fonction : Auteur
Cristina Garcia-Graells
  • Fonction : Auteur
Pierre Wattiau
  • Fonction : Auteur
Patrick Butaye
Magdalena Zając
Ana Amaro
  • Fonction : Auteur
Lurdes Clemente
  • Fonction : Auteur
Angela Vaduva
  • Fonction : Auteur
Luminita-Maria Romascu
  • Fonction : Auteur
Nicoleta-Manuela Milita
  • Fonction : Auteur
Andrea Mojžišová
  • Fonction : Auteur
Irena Zdovc
  • Fonction : Auteur
Maria Jesús Zamora Escribano
  • Fonction : Auteur
Cristina de Frutos Escobar
  • Fonction : Auteur
Gudrun Overesch
  • Fonction : Auteur
Christopher Teale
  • Fonction : Auteur
Guy Loneragan
  • Fonction : Auteur
Beatriz Guerra
  • Fonction : Auteur
Pierre Alexandre Beloeil
  • Fonction : Auteur
Amanda Brown
  • Fonction : Auteur
Rene Hendriksen
  • Fonction : Auteur
Valeria Bortolaia
  • Fonction : Auteur
Jette Sejer Kjeldgaard
  • Fonction : Auteur

Résumé

Abstract Objectives To characterize the genetic basis of azithromycin resistance in Escherichia coli and Salmonella collected within the EU harmonized antimicrobial resistance (AMR) surveillance programme in 2014–18 and the Danish AMR surveillance programme in 2016–19. Methods WGS data of 1007 E. coli [165 azithromycin resistant (MIC > 16 mg/L)] and 269 Salmonella [29 azithromycin resistant (MIC > 16 mg/L)] were screened for acquired macrolide resistance genes and mutations in rplDV, 23S rRNA and acrB genes using ResFinder v4.0, AMRFinder Plus and custom scripts. Genotype–phenotype concordance was determined for all isolates. Transferability of mef(C)-mph(G)-carrying plasmids was assessed by conjugation experiments. Results mph(A), mph(B), mef(B), erm(B) and mef(C)-mph(G) were detected in E. coli and Salmonella, whereas erm(C), erm(42), ere(A) and mph(E)-msr(E) were detected in E. coli only. The presence of macrolide resistance genes, alone or in combination, was concordant with the azithromycin-resistant phenotype in 69% of isolates. Distinct mph(A) operon structures were observed in azithromycin-susceptible (n = 50) and -resistant (n = 136) isolates. mef(C)-mph(G) were detected in porcine and bovine E. coli and in porcine Salmonella enterica serovar Derby and Salmonella enterica 1,4, [5],12:i:-, flanked downstream by ISCR2 or TnAs1 and associated with IncIγ and IncFII plasmids. Conclusions Diverse azithromycin resistance genes were detected in E. coli and Salmonella from food-producing animals and meat in Europe. Azithromycin resistance genes mef(C)-mph(G) and erm(42) appear to be emerging primarily in porcine E. coli isolates. The identification of distinct mph(A) operon structures in susceptible and resistant isolates increases the predictive power of WGS-based methods for in silico detection of azithromycin resistance in Enterobacterales.

Dates et versions

hal-04590044 , version 1 (28-05-2024)

Identifiants

Citer

Mirena Ivanova, Armen Ovsepian, Pimlapas Leekitcharoenphon, Anne Mette Seyfarth, Hanne Mordhorst, et al.. Azithromycin resistance in Escherichia coli and Salmonella from food-producing animals and meat in Europe. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 2024, ⟨10.1093/jac/dkae161⟩. ⟨hal-04590044⟩

Collections

ANSES
7 Consultations
0 Téléchargements

Altmetric

Partager

Gmail Mastodon Facebook X LinkedIn More