Au XVIe siècle, dans l’ensemble de l’Europe, la peste est un fléau récurrent, face auquel les sociétés sont de plus en plus habituées. Épiphénomène de ce processus d’habituation, on voit apparaître peu à peu dans les villes des lieux de lutte contre la peste, sanitas ou lazarets situés à l’extérieur des murs pour suppléer les Hôtels-Dieu. Dans la ville moyenne du nord-ouest du royaume de France qu’est Chartres, le conseil des échevins réalise les premières tentatives de mettre en place un tel sanitas dès le début des années 1560, notamment car l’Hôtel-Dieu était situé en plein centre urbain et était donc considéré comme dangereux. Cependant, la création de cet hôpital de peste s’accompagna de conflits entre les autorités municipales et les autorités ecclésiastiques de la ville car le site de l’hôpital de peste appartenait à ces dernières. Ainsi, les archives de police et les registres des échevins de la ville témoignent de la virulence des débats mais aussi des négociations qui furent menées au plus fort du conflit, entre 1580 et 1585. Il nous semblerait alors intéressant de nous demander, grâce à un tel conflit, dans quelle mesure une partie de l’étiologie de la peste était acquise par les populations (situation et orientation du lieu, qualité de l’eau par exemple), permettant ainsi de nous interroger sur la réception des ouvrages médicaux au XVIe siècle. En outre, il conviendrait ensuite d’analyser en quoi la prise de Beaurepaire est un marqueur important de la montée en expertise des pouvoirs municipaux à la fois sur des questions de bien public et d’hygiène urbaine, à défaut d’employer le terme anachronique de santé publique. De fait, se déploie, au cours de la première modernité, un discours administratif mêlant des préoccupations tant vis-à-vis de la salubrité de la ville qu’à propos de la santé des habitants. Enfin, un tel conflit permettrait aussi de nuancer le topos historiographique de l’entente entre les pouvoirs municipaux et les autorités religieuses, fréquent dans l’historiographie de la peste.