La structure géologique donne au karst franc-comtois une variété de contextes : karst de plateau ou karst de faisceaux plissés. On observe des sources jurassiennes et des sources vauclusiennes, des systèmes unaires drainés par une exsurgence et binaires drainés par une résurgence. De vastes systèmes comme le Grandvaux en zone plissée s'étirent sur 30 km de long, D'autres plus trapus comme celui du Maine drainent de vastes surfaces de plateau. Des curiosités hydrogéologiques comme les estavelles, les sources artésiennes ou les sources intermittentes s'observent dans toute la Franche-Comté.