Les métabolites secondaires d’origine bactérienne sont une source de molécules bioactives présentant un large spectre d’activités prometteuses pour des applications dans de nombreux domaines industriels (antimicrobien, antioxydant, antitumoral, biosurfactant, etc…). Parmi ceux‐ci, deux classes se distinguent par la richesse de leur structure et de leurs activités, les lipopeptides et les bactériocines. C’est dans ce contexte que l’UMRt BioEcoAgro de l’Université de Lille poursuit, depuis des années, des activités de recherche sur l’optimisation de la production des lipopeptides de Bacillus et des peptides actifs produits par Lactobacillus ou Lactococcus. Les travaux présentés ici porteront plus particulièrement : Sur les stratégies de génie génétique et métabolique, assistées par bio‐informatique, pour l’optimisation de la production spécifique des lipopeptides de Bacillus subtilis ayant des activités biosurfactantes et antimicrobiennes. Sur l’élaboration de bioprocédés innovants de fermentation continus et couplés permettant de lever les contraintes de production de ces lipopeptides et d’en augmenter leur productivité. Sur l’étude de la montée en échelle industrielle de la production d’un lipopeptide antifongique et ses activités en santé des plantes. Sur la production et la purification de peptides actifs lors d’un bioprocédé membranaire couplé et leurs activités en santé humaine. Sur la production de la nisine par Lactococcus et sa purification par ultrafiltration pour des applications en biopréservation. L’ensemble des résultats présentés mettront en lumière l’importance de l’approche multidisciplinaire des biotechnologies et particulièrement de la microbiologie appliquée et industrielle pour la production à grande échelle de métabolites microbiens d’intérêt.