Integration of multi-omics data reveals cis-regulatory variants that are associated with phenotypic differentiation of eastern from western pigs - Archive ouverte HAL
Article Dans Une Revue Genetics Selection Evolution Année : 2022

Integration of multi-omics data reveals cis-regulatory variants that are associated with phenotypic differentiation of eastern from western pigs

Yuwen Liu
  • Fonction : Auteur correspondant
  • PersonId : 1367032

Connectez-vous pour contacter l'auteur
Yang Fu
  • Fonction : Auteur
Yalan Yang
  • Fonction : Auteur
Guoqiang Yi
  • Fonction : Auteur
Jinmin Lian
  • Fonction : Auteur
Bingkun Xie
  • Fonction : Auteur
Yilong Yao
  • Fonction : Auteur
Muya Chen
  • Fonction : Auteur
Yongchao Niu
  • Fonction : Auteur
Lei Liu
  • Fonction : Auteur
Liyuan Wang
  • Fonction : Auteur
Yongsheng Zhang
  • Fonction : Auteur
Xinhao Fan
  • Fonction : Auteur
Yijie Tang
  • Fonction : Auteur
Pengxiang Yuan
  • Fonction : Auteur
Min Zhu
  • Fonction : Auteur
Qiaowei Li
  • Fonction : Auteur
Song Zhang
  • Fonction : Auteur
Yun Chen
  • Fonction : Auteur
Binhu Wang
  • Fonction : Auteur
Jieyu He
  • Fonction : Auteur
Dan Lu
  • Fonction : Auteur
Ivan Liachko
  • Fonction : Auteur
Shawn T. Sullivan
  • Fonction : Auteur
Bin Pang
  • Fonction : Auteur
Yaoqing Chen
  • Fonction : Auteur
Xin He
  • Fonction : Auteur
Kui Li
  • Fonction : Auteur
Zhonglin Tang
  • Fonction : Auteur correspondant
  • PersonId : 1367033

Connectez-vous pour contacter l'auteur

Résumé

AbstractBackgroundThe genetic mechanisms that underlie phenotypic differentiation in breeding animals have important implications in evolutionary biology and agriculture. However, the contribution of cis-regulatory variants to pig phenotypes is poorly understood. Therefore, our aim was to elucidate the molecular mechanisms by which non-coding variants cause phenotypic differences in pigs by combining evolutionary biology analyses and functional genomics.ResultsWe obtained a high-resolution phased chromosome-scale reference genome with a contig N50 of 18.03 Mb for the Luchuan pig breed (a representative eastern breed) and profiled potential selective sweeps in eastern and western pigs by resequencing the genomes of 234 pigs. Multi-tissue transcriptome and chromatin accessibility analyses of these regions suggest that tissue-specific selection pressure is mediated by promoters and distal cis-regulatory elements. Promoter variants that are associated with increased expression of the lysozyme (LYZ) gene in the small intestine might enhance the immunity of the gastrointestinal tract and roughage tolerance in pigs. In skeletal muscle, an enhancer-modulating single-nucleotide polymorphism that is associated with up-regulation of the expression of the troponin C1, slow skeletal and cardiac type (TNNC1) gene might increase the proportion of slow muscle fibers and affect meat quality.ConclusionsOur work sheds light on the molecular mechanisms by which non-coding variants shape phenotypic differences in pigs and provides valuable resources and novel perspectives to dissect the role of gene regulatory evolution in animal domestication and breeding.
Fichier principal
Vignette du fichier
12711_2022_Article_754.pdf (4.36 Mo) Télécharger le fichier
12711_2022_754_MOESM3_ESM.pdf (52.43 Mo) Télécharger le fichier
Origine Publication financée par une institution
Origine Publication financée par une institution

Dates et versions

hal-04519177 , version 1 (25-03-2024)

Identifiants

Citer

Yuwen Liu, Yang Fu, Yalan Yang, Guoqiang Yi, Jinmin Lian, et al.. Integration of multi-omics data reveals cis-regulatory variants that are associated with phenotypic differentiation of eastern from western pigs. Genetics Selection Evolution, 2022, 54 (1), pp.62. ⟨10.1186/s12711-022-00754-2⟩. ⟨hal-04519177⟩
7 Consultations
15 Téléchargements

Altmetric

Partager

More