The Silene latifolia genome and its giant Y chromosome - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Pré-Publication, Document De Travail Année : 2023

The Silene latifolia genome and its giant Y chromosome

Carol Moraga
  • Fonction : Auteur
Catarina Branco
  • Fonction : Auteur
Quentin Rougemont
  • Fonction : Auteur
Paris Veltsos
Pavel Jedlička
Aline Muyle
  • Fonction : Auteur
Melissa Hanique
  • Fonction : Auteur
Eric Tannier
  • Fonction : Auteur
Xiaodong Liu
Eddy Mendoza-Galindo
Claire Lemaitre
Peter Fields
Corinne Cruaud
  • Fonction : Auteur
Karine Labadie
Caroline Belser
Jerome Briolay
  • Fonction : Auteur
Sylvain Santoni
  • Fonction : Auteur
Radim Cegan
Raquel Linheiro
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Ricardo de la Vega
Gabriele Adam
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Vinciane Mossion
Adnane Boualem
Raquel Tavares
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Amine Chebbi
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Richard Cordaux
  • Fonction : Auteur
Cécile Fruchard
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Djivan Prentout
Amandine Velt
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Bruno Spataro
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Stephane Delmotte
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Laura Weingartner
Helena Toegelová
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Zuzana Tulpová
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Petr Cápal
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Hana Šimková
Helena Štorchová
Manuela Krüger
  • Fonction : Auteur
Oushadee Abeyawardana
  • Fonction : Auteur
Douglas Taylor
  • Fonction : Auteur
Matthew Olson
Daniel Sloan
Sophie Karrenberg
Lynda Delph
Deborah Charlesworth
Tatiana Giraud
Abdelhafid Bendahmane
Alex Di Genova
Amin Madoui
Roman Hobza
  • Fonction : Auteur
Gabriel Marais

Résumé

Abstract In some species, the Y is a tiny chromosome but the dioecious plant Silene latifolia has a giant ∼550 Mb Y chromosome, which has remained unsequenced so far. Here we used a hybrid approach to obtain a high-quality male S. latifolia genome. Using mutants for sexual phenotype, we identified candidate sex-determining genes on the Y. Comparative analysis of the sex chromosomes with outgroups showed the Y is surprisingly rearranged and degenerated for a ∼11 MY-old system. Recombination suppression between X and Y extended in a stepwise process, and triggered a massive accumulation of repeats on the Y, as well as in the non-recombining pericentromeric region of the X, leading to giant sex chromosomes. One-Sentence Summary This work uncovers the structure, function, and evolution of one of the largest giant Y chromosomes, that of the model plant Silene latifolia , which is almost 10 times larger than the human Y, despite similar genome sizes.

Dates et versions

hal-04515245 , version 1 (21-03-2024)

Identifiants

Citer

Carol Moraga, Catarina Branco, Quentin Rougemont, Paris Veltsos, Pavel Jedlička, et al.. The Silene latifolia genome and its giant Y chromosome. 2024. ⟨hal-04515245⟩
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