The Silene latifolia genome and its giant Y chromosome
Carol Moraga
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Catarina Branco
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Quentin Rougemont
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Paris Veltsos
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Pavel Jedlička
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Aline Muyle
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Melissa Hanique
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Eric Tannier
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Xiaodong Liu
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Eddy Mendoza-Galindo
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Claire Lemaitre
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Peter Fields
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Corinne Cruaud
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Karine Labadie
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Caroline Belser
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Jerome Briolay
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Sylvain Santoni
,
Radim Cegan
,
Raquel Linheiro
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Ricardo de la Vega
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Gabriele Adam
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Adil El Filali
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Vinciane Mossion
,
Adnane Boualem
,
Raquel Tavares
,
Amine Chebbi
,
Richard Cordaux
,
Cécile Fruchard
,
Djivan Prentout
,
Amandine Velt
,
Bruno Spataro
,
Stephane Delmotte
,
Laura Weingartner
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Helena Toegelová
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Zuzana Tulpová
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Petr Cápal
,
Hana Šimková
,
Helena Štorchová
,
Manuela Krüger
,
Oushadee Abeyawardana
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Douglas Taylor
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Matthew Olson
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Daniel Sloan
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Sophie Karrenberg
,
Lynda Delph
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Deborah Charlesworth
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Tatiana Giraud
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Abdelhafid Bendahmane
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Alex Di Genova
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Amin Madoui
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Roman Hobza
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Gabriel Marais
Carol Moraga
- Fonction : Auteur
Catarina Branco
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Quentin Rougemont
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Paris Veltsos
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Pavel Jedlička
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Aline Muyle
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Melissa Hanique
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Eric Tannier
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Xiaodong Liu
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Eddy Mendoza-Galindo
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Claire Lemaitre
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Peter Fields
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Corinne Cruaud
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Karine Labadie
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Caroline Belser
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Jerome Briolay
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Sylvain Santoni
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Radim Cegan
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Raquel Linheiro
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Ricardo de la Vega
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Gabriele Adam
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Adnane Boualem
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Raquel Tavares
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Djivan Prentout
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Amandine Velt
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Laura Weingartner
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Helena Toegelová
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Zuzana Tulpová
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Hana Šimková
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Helena Štorchová
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Manuela Krüger
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Douglas Taylor
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Matthew Olson
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Daniel Sloan
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Tatiana Giraud
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Abdelhafid Bendahmane
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Alex Di Genova
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Roman Hobza
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Gabriel Marais
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Résumé
Abstract In some species, the Y is a tiny chromosome but the dioecious plant Silene latifolia has a giant ∼550 Mb Y chromosome, which has remained unsequenced so far. Here we used a hybrid approach to obtain a high-quality male S. latifolia genome. Using mutants for sexual phenotype, we identified candidate sex-determining genes on the Y. Comparative analysis of the sex chromosomes with outgroups showed the Y is surprisingly rearranged and degenerated for a ∼11 MY-old system. Recombination suppression between X and Y extended in a stepwise process, and triggered a massive accumulation of repeats on the Y, as well as in the non-recombining pericentromeric region of the X, leading to giant sex chromosomes. One-Sentence Summary This work uncovers the structure, function, and evolution of one of the largest giant Y chromosomes, that of the model plant Silene latifolia , which is almost 10 times larger than the human Y, despite similar genome sizes.