Le dossier intitulé par Flaubert “Sources et méthode” est conservé dans le manuscrit des plans et scénarios (BnF, N.a.fr. 32662, f° 146 à 177). Flaubert a rédigé ce dossier après la publication du roman pour répondre à ses détracteurs, Sainte-Beuve et Guillaume Froehner (rédacteur de la Revue contemporaine et conservateur au musée du Louvre). Il y consigne une partie de ses lectures en indiquant certains éléments qu’il a utilisés dans son roman. Grâce à ce dossier, il rédige deux longues lettres à Sainte-Beuve le 23 décembre 1862, et à Froehner le 21 janvier 1863. La transcription annotée de ce dossier éclaire la genèse du roman à partir d’une documentation importante.