Introduction Le nombre d'entrepôts de données de santé (EDS) est en nette augmentation, permettant la réutilisation des données de soins pour la recherche. Cependant, des difficultés d'exploitation persistent. Nous explorons les défis rencontrés par les utilisateurs de ces infrastructures. Méthodes Entretiens semi-structurés auprès d'experts de l'utilisation secondaire des données de santé générées dans le cadre de soin. Recrutement par échantillonnage délibéré, afin de varier profils et institutions. Entretiens enregistrés, retranscrits et anonymisés. Codage inductif des transcrits et regroupement des codes en thèmes. Résultats Nous avons interrogé 21 professionnels de 14 institutions. Plusieurs thèmes communs ont émergé. D'abord, l'infrastructure informatique. Les logiciels source du SI hospitalier jouent un rôle majeur dans la réutilisation des données. Tout changement à leur niveau impacte les données et leur intégration dans un EDS. La difficulté d'extraction et de standardisation des données du dossier patient, et le lien difficile avec les fournisseurs de SI ont été mentionné comme limites. De plus, les recherches sur données de santé sont au croisement de trois disciplines et « cultures » distinctes : le soin, la recherche clinique, l'informatique. Traduire une question de recherche cliniquement pertinente en langage informatique appliqué au caractère parcellaire des données est un défi, accentué par le caractère évolutif des données, qui suivent les évolutions du monde hospitalier. Ceci induit la question de l'obsolescence des algorithmes et vocabulaires développés. Finalement, certains principes de gestion de projet permettent d'aller au bout des projets malgré les difficultés rencontrées, comme prévoir la collaboration étroite entre corps de métier et l'intégration claire des contraintes de ressources (questions simples pour un périmètre temporel limité). Le besoin de recommandations de bonnes pratiques inter-institution a été suggéré. Conclusion Cette étude met en avant les défis actuels d'exploitation des données d'EDS. Plusieurs perspectives émergent : considérer les résultats des études avec précaution ; tempérer les attentes vis-à-vis de ces infrastructures de recherche ; créer des formations croisées entre soignants, chercheurs et spécialistes des données ; partager les expériences pour arriver à des recommandations de bonnes pratiques.