La forteresse de Mirgissa/Iqen, probablement construite sous Sésostris Ier, est un élément essentiel de la défense de la frontière sud de l'Egypte. Edifiée sur un piton rocheux d'où on surveille les voies fluviales et terrestres, elle contrôle les enceintes et protège les installations portuaires et la ville civile. C'est un modèle d'architecture militaire à la XIIe dynastie. C'est le siège de l'administration locale, de la résidence du gouverneur et un poste commercial de première importance ; de vastes espaces sont occupés par les habitats, les entrepôts, les ateliers, dont on peut suivre les transformations dans les trois niveaux principaux, jusqu'au Nouvel Empire. Construite au sud des rapides de la deuxième cataracte, la forteresse haute de Mirgissa/Iqen protège ce site de la frontière méridionale de l'Egypte et contrôle les voies fluviales et terrestres ; liée aux enceintes qui entourent les habitats de la plaine, les ateliers et les installations portuaires, elle fut probablement édifiée sous le règne de Sésostris Ier, comme Bouhen plus au nord. C'est un modèle d'architecture militaire du Moyen Empire avec sa double enceinte fortifiée, les fossés, les glacis ; elle abrite aussi la résidence du gouverneur, l'armurerie, des bâtiments affectés aux grandes institutions égyptiennes, des sanctuaires, des ateliers, ainsi que différents habitats. Quatre niveaux principaux ont été reconnus ; la première enceinte fut très vite remplacée à la XIIe dynastie par un établissement complexe dont le plan intérieur ne varia guère ; on y accédait via une porte monumentale. A la fin du Moyen Empire, les habitats se diversifient, avec la construction de résidences de tailles diverses. Au Nouvel Empire, le site perd sa fonction première et les bâtiments sont divisés ou reconstruits. Le mobilier mis au jour est varié, dont une remarquable collection d'armes lithiques du Moyen Empire ; les centaines de céramiques ont permis l'établissement d'une typologie.