Simuscale est une plateforme de modélisation multi-échelles et individu-centrée pour réaliser des simulations numériques de populations hétérogènes de cellules individuelles évoluant en temps et interagissant physiquement et biochimiquement. Les modèles sont décrits à deux niveaux : cellulaire et populationnel. Le niveau cellulaire décrit la dynamique de la cellule individuelle. Les cellules possèdent un état interne qui comprend notamment des propriétés par défaut comme la taille de la cellule et sa position, et peut aussi inclure d'autres états spécifiques à la cellule, comme l'expression de gènes ou de protéines. Le niveau populationnel décrit les contraintes mécaniques et les interactions biochimiques entre les cellules. Les cellules évoluent dans un domaine 3D borné, et peuvent se diviser ou mourir. Simuscale implémente le simulateur physique qui gère les simulations au niveau populationnel. Elle délègue les détails de la dynamique cellulaire à chacune des cellules. Cette délégation des tâches permet de rendre Simuscale modulaire, en ce qu'elle peut prendre en charge différents formalismes de modélisation. Les interactions biochimiques se produisent entre cellules en contact entre elles, au travers de signaux inter-cellulaires. Les signaux inter-cellulaires peuvent être reconnus en tout ou en partie par un sous-groupe de cellules donné. Simuscale prend en entrée un fichier spécifiant les populations cellulaires initiales et des options de simulation numérique. La simulation met à jour les populations cellulaires à pas de temps discrets sur un intervalle de temps fini, et génère en sortie les trajectoires cellulaires de chaque cellule, ainsi que l'arbre des divisions cellulaire et des morts.