Article Dans Une Revue IEEE Transactions on Biomedical Engineering Année : 2016

Toward Community Standards and Software for Whole-Cell Modeling

Pedro Mendes
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Chris Myers
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Pinar Pir
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Begum Alaybeyoglu
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Kambiz Baghalian
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Arne Bittig
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Paulo Burke
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Matteo Cantarelli
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Joseph Cursons
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Leandro Watanabe
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Florian Wendland
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Markus Wolfien
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James Yurkovich
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Yan Zhu
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Argyris Zardilis
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Résumé

Objective: Whole-cell (WC) modeling is a promising tool for biological research, bioengineering, and medicine. However, substantial work remains to create accurate comprehensive models of complex cells. Methods: We organized the 2015 Whole-Cell Modeling Summer School to teach WC modeling and evaluate the need for new WC modeling standards and software by recoding a recently published WC model in the Systems Biology Markup Language. Results: Our analysis revealed several challenges to representing WC models using the current standards. Conclusion: We, therefore, propose several new WC modeling standards, software, and databases. Significance: We anticipate that these new standards and software will enable more comprehensive models.

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Citer

Dagmar Waltemath, Jonathan Karr, Frank Bergmann, Vijayalakshmi Chelliah, Michael Hucka, et al.. Toward Community Standards and Software for Whole-Cell Modeling. IEEE Transactions on Biomedical Engineering, 2016, 63 (10), pp.2007-2014. ⟨10.1109/TBME.2016.2560762⟩. ⟨hal-04361601⟩
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