ModelOmics : approches en génomique environnementale pour la modélisation du métabolisme de communautés microbiennes et l’étude de son évolution dans les écosystèmes
Résumé
Le projet proposé permettra de comprendre les déterminants de ces communautés microbiennes complexes (symbioses/holobiontes), par des approches de reconstruction de réseaux métaboliques à l’échelle de chacun des organismes mais également à l’échelle des communautés, avec un focus dans un premier temps aux communautés des écosystèmes marins.
Ce projet sera réalisé selon 3 axes complémentaires
1- Réseaux métaboliques à l’échelle des génomes et des pangénomes.
Cette première partie aura pour but la reconstruction des réseaux métaboliques à l’échelle des génomes de microorganismes mais également des pangénomes d’espèces pour lesquelles nous disposons de plusieurs dizaines, voire milliers de génomes. Accéder au métabolisme microbien à partir de l’information génomique permet ainsi de mieux cerner le rôle des microorganismes qui sont des acteurs majeurs des cycles biogéochimiques et du recyclage (C,N, S, H), notamment dans les écosystèmes marins et océaniques de surface et profonds
2- Diversité et ´évolution des voies métaboliques à l'échelle de l’arbre du vivant
Cette seconde partie aura pour but d’étudier la diversité et l’évolution de voies métaboliques à l’échelle de l’arbre du vivant. Nous pourrons ainsi distinguer les convergences évolutives des évolutions parallèles, et le rô!e des transferts horizontaux, dans l’évolution de ces voies métaboliques.
3- Voies métaboliques à l’échelle des écosystèmes
Cette troisième partie aura pour but d’identifier et de quantifier des voies métaboliques
d’importance pour des écosystèmes et, également, de déterminer si les espèces impliquées
dans ces voies métaboliques d’intérêt sont toujours les mêmes au sein d’écosystèmes similaires (provenant de différentes régions géographiques)