Shifting the limits in wheat research and breeding using a fully annotated reference genome
Rudi Appels
,
Kellye Eversole
,
Nils Stein
,
Catherine Feuillet
,
Beat Keller
,
Jane Rogers
,
Curtis Pozniak
,
Frédéric Choulet
,
Assaf Distelfeld
,
Jesse Poland
,
Gil Ronen
,
Andrew Sharpe
,
Omer Barad
,
Kobi Baruch
,
Gabriel Keeble-Gagnère
,
Martin Mascher
,
Gil Ben-Zvi
,
Ambre-Aurore Josselin
,
Axel Himmelbach
,
François Balfourier
,
Juan Gutierrez-Gonzalez
,
Matthew Hayden
,
Chushin Koh
,
Gary Muehlbauer
,
Raj Pasam
,
Etienne Paux
,
Philippe Rigault
,
Josquin Tibbits
,
Vijay Tiwari
,
Manuel Spannagl
,
Daniel Lang
,
Heidrun Gundlach
,
Georg Haberer
,
Klaus Mayer
,
Danara Ormanbekova
,
Verena Prade
,
Hana Šimková
,
Thomas Wicker
,
David Swarbreck
,
Hélène Rimbert
,
Marius Felder
,
Nicolas Guilhot
,
Gemy Kaithakottil
,
Jens Keilwagen
,
Philippe Leroy
,
Thomas Lux
,
Sven Twardziok
,
Luca Venturini
,
Angéla Juhász
,
Michael Abrouk
,
Iris Fischer
,
Cristobal Uauy
,
Philippa Borrill
,
Ricardo Ramirez-Gonzalez
,
Dominique Arnaud
,
Smahane Chalabi
,
Boulos Chalhoub
,
Aron Cory
,
Raju Datla
,
Mark Davey
,
John Jacobs
,
Stephen Robinson
,
Burkhard Steuernagel
,
Fred van Ex
,
Brande Wulff
,
Moussa Benhamed
,
Abdelhafid Bendahmane
,
Lorenzo Concia
,
David Latrasse
,
Jan Bartoš
,
Arnaud Bellec
,
Hélène Berges
,
Jaroslav Doležel
,
Zeev Frenkel
,
Bikram Gill
,
Abraham Korol
,
Thomas Letellier
,
Odd-Arne Olsen
,
Kuldeep Singh
,
Miroslav Valárik
,
Edwin van der Vossen
,
Sonia Vautrin
,
Song Weining
,
Tzion Fahima
,
Vladimir Glikson
,
Dina Raats
,
Jarmila Číhalíková
,
Helena Toegelová
,
Jan Vrána
,
Pierre Sourdille
,
Benoit Darrier
,
Delfina Barabaschi
,
Luigi Cattivelli
,
Pilar Hernandez
,
Sergio Galvez
,
Hikmet Budak
,
Jonathan Jones
,
Kamil Witek
,
Guotai Yu
,
Ian Small
,
Joanna Melonek
,
Ruonan Zhou
,
Tatiana Belova
,
Kostya Kanyuka
,
Robert King
,
Kirby Nilsen
,
Sean Walkowiak
,
Richard Cuthbert
,
Ron Knox
,
Krysta Wiebe
,
Daoquan Xiang
,
Antje Rohde
,
Timothy Golds
,
Jana Čížková
,
Bala Ani Akpinar
,
Sezgi Biyiklioglu
,
Liangliang Gao
,
Amidou N’daiye
,
Marie Kubaláková
,
Jan Šafář
,
Françoise Alfama
,
Anne-Françoise Adam-Blondon
,
Raphael Flores
,
Claire Guerche
,
Mikaël Loaec
,
Hadi Quesneville
,
Janet Condie
,
Jennifer Ens
,
Ron Maclachlan
,
Yifang Tan
,
Adriana Alberti
,
Jean-Marc Aury
,
Valérie Barbe
(1)
,
Arnaud Couloux
,
Corinne Cruaud
,
Karine Labadie
,
Sophie Mangenot
,
Patrick Wincker
,
Gaganpreet Kaur
,
Mingcheng Luo
,
Sunish Sehgal
,
Parveen Chhuneja
,
Om Prakash Gupta
,
Suruchi Jindal
,
Parampreet Kaur
,
Palvi Malik
,
Priti Sharma
,
Bharat Yadav
,
Nagendra Singh
,
Jitendra Khurana
,
Chanderkant Chaudhary
,
Paramjit Khurana
,
Vinod Kumar
,
Ajay Mahato
,
Saloni Mathur
,
Amitha Sevanthi
,
Naveen Sharma
,
Ram Sewak Tomar
,
Kateřina Holušová
,
Ondřej Plíhal
,
Matthew Clark
,
Darren Heavens
,
George Kettleborough
,
Jon Wright
,
Barbora Balcárková
,
Yuqin Hu
,
Elena Salina
,
Nikolai Ravin
,
Konstantin Skryabin
,
Alexey Beletsky
,
Vitaly Kadnikov
,
Andrey Mardanov
,
Michail Nesterov
,
Andrey Rakitin
,
Ekaterina Sergeeva
,
Hirokazu Handa
,
Hiroyuki Kanamori
,
Satoshi Katagiri
,
Fuminori Kobayashi
,
Shuhei Nasuda
,
Tsuyoshi Tanaka
,
Jianzhong Wu
,
Federica Cattonaro
,
Min Jiumeng
,
Karl Kugler
,
Matthias Pfeifer
,
Simen Sandve
,
Xu Xun
,
Bujie Zhan
,
Jacqueline Batley
,
Philipp Bayer
,
David Edwards
,
Satomi Hayashi
,
Zuzana Tulpová
,
Paul Visendi
,
Licao Cui
,
Xianghong Du
,
Kewei Feng
,
Xiaojun Nie
,
Wei Tong
,
Le Wang
Rudi Appels
- Fonction : Auteur
Kellye Eversole
- Fonction : Auteur
Nils Stein
- Fonction : Auteur
Catherine Feuillet
- Fonction : Auteur
Beat Keller
- Fonction : Auteur
Jane Rogers
- Fonction : Auteur
Curtis Pozniak
- Fonction : Auteur
Frédéric Choulet
- Fonction : Auteur
- PersonId : 746269
- IdHAL : frederic-choulet
- ORCID : 0000-0003-1788-7288
- IdRef : 111370639
Assaf Distelfeld
- Fonction : Auteur
Jesse Poland
- Fonction : Auteur
Gil Ronen
- Fonction : Auteur
Andrew Sharpe
- Fonction : Auteur
Omer Barad
- Fonction : Auteur
Kobi Baruch
- Fonction : Auteur
Gabriel Keeble-Gagnère
- Fonction : Auteur
Martin Mascher
- Fonction : Auteur
Gil Ben-Zvi
- Fonction : Auteur
Ambre-Aurore Josselin
- Fonction : Auteur
Axel Himmelbach
- Fonction : Auteur
François Balfourier
- Fonction : Auteur
Juan Gutierrez-Gonzalez
- Fonction : Auteur
Matthew Hayden
- Fonction : Auteur
Chushin Koh
- Fonction : Auteur
Gary Muehlbauer
- Fonction : Auteur
Raj Pasam
- Fonction : Auteur
Etienne Paux
- Fonction : Auteur
Philippe Rigault
- Fonction : Auteur
Josquin Tibbits
- Fonction : Auteur
Vijay Tiwari
- Fonction : Auteur
Manuel Spannagl
- Fonction : Auteur
Daniel Lang
- Fonction : Auteur
Heidrun Gundlach
- Fonction : Auteur
Georg Haberer
- Fonction : Auteur
Klaus Mayer
- Fonction : Auteur
Danara Ormanbekova
- Fonction : Auteur
Verena Prade
- Fonction : Auteur
Hana Šimková
- Fonction : Auteur
Thomas Wicker
- Fonction : Auteur
David Swarbreck
- Fonction : Auteur
Hélène Rimbert
- Fonction : Auteur
- PersonId : 746285
- IdHAL : helene-rimbert
- ORCID : 0000-0002-2288-6864
Marius Felder
- Fonction : Auteur
Nicolas Guilhot
- Fonction : Auteur
Gemy Kaithakottil
- Fonction : Auteur
Jens Keilwagen
- Fonction : Auteur
Philippe Leroy
- Fonction : Auteur
Thomas Lux
- Fonction : Auteur
Sven Twardziok
- Fonction : Auteur
Luca Venturini
- Fonction : Auteur
Angéla Juhász
- Fonction : Auteur
Michael Abrouk
- Fonction : Auteur
Iris Fischer
- Fonction : Auteur
Cristobal Uauy
- Fonction : Auteur
Philippa Borrill
- Fonction : Auteur
Ricardo Ramirez-Gonzalez
- Fonction : Auteur
Dominique Arnaud
- Fonction : Auteur
Smahane Chalabi
- Fonction : Auteur
- PersonId : 179720
- IdHAL : smahane-chalabi
- IdRef : 234815027
Boulos Chalhoub
- Fonction : Auteur
Aron Cory
- Fonction : Auteur
Raju Datla
- Fonction : Auteur
Mark Davey
- Fonction : Auteur
John Jacobs
- Fonction : Auteur
Stephen Robinson
- Fonction : Auteur
Burkhard Steuernagel
- Fonction : Auteur
Fred van Ex
- Fonction : Auteur
Brande Wulff
- Fonction : Auteur
Moussa Benhamed
- Fonction : Auteur
- PersonId : 769129
- ORCID : 0000-0002-2716-748X
Abdelhafid Bendahmane
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1168177
- IdHAL : abdelhafid-bendahmane
- ORCID : 0000-0003-3246-868X
- IdRef : 095974199
Lorenzo Concia
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1281182
- ORCID : 0000-0002-7401-7214
David Latrasse
- Fonction : Auteur
Jan Bartoš
- Fonction : Auteur
Arnaud Bellec
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1204910
- IdHAL : bellec-arnaud
- ORCID : 0000-0002-7608-9537
Hélène Berges
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1203296
- ORCID : 0000-0002-5492-1062
Jaroslav Doležel
- Fonction : Auteur
Zeev Frenkel
- Fonction : Auteur
Bikram Gill
- Fonction : Auteur
Abraham Korol
- Fonction : Auteur
Thomas Letellier
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1203739
Odd-Arne Olsen
- Fonction : Auteur
Kuldeep Singh
- Fonction : Auteur
Miroslav Valárik
- Fonction : Auteur
Edwin van der Vossen
- Fonction : Auteur
Sonia Vautrin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1206514
- ORCID : 0000-0003-4446-1426
Song Weining
- Fonction : Auteur
Tzion Fahima
- Fonction : Auteur
Vladimir Glikson
- Fonction : Auteur
Dina Raats
- Fonction : Auteur
Jarmila Číhalíková
- Fonction : Auteur
Helena Toegelová
- Fonction : Auteur
Jan Vrána
- Fonction : Auteur
Pierre Sourdille
- Fonction : Auteur
- PersonId : 749552
- IdHAL : pierre-sourdille
- ORCID : 0000-0002-1027-2224
- IdRef : 139291075
Benoit Darrier
- Fonction : Auteur
Delfina Barabaschi
- Fonction : Auteur
Luigi Cattivelli
- Fonction : Auteur
Pilar Hernandez
- Fonction : Auteur
Sergio Galvez
- Fonction : Auteur
Hikmet Budak
- Fonction : Auteur
Jonathan Jones
- Fonction : Auteur
Kamil Witek
- Fonction : Auteur
Guotai Yu
- Fonction : Auteur
Ian Small
- Fonction : Auteur
Joanna Melonek
- Fonction : Auteur
Ruonan Zhou
- Fonction : Auteur
Tatiana Belova
- Fonction : Auteur
Kostya Kanyuka
- Fonction : Auteur
Robert King
- Fonction : Auteur
Kirby Nilsen
- Fonction : Auteur
Sean Walkowiak
- Fonction : Auteur
Richard Cuthbert
- Fonction : Auteur
Ron Knox
- Fonction : Auteur
Krysta Wiebe
- Fonction : Auteur
Daoquan Xiang
- Fonction : Auteur
Antje Rohde
- Fonction : Auteur
Timothy Golds
- Fonction : Auteur
Jana Čížková
- Fonction : Auteur
Bala Ani Akpinar
- Fonction : Auteur
Sezgi Biyiklioglu
- Fonction : Auteur
Liangliang Gao
- Fonction : Auteur
Amidou N’daiye
- Fonction : Auteur
Marie Kubaláková
- Fonction : Auteur
Jan Šafář
- Fonction : Auteur
Françoise Alfama
- Fonction : Auteur
Anne-Françoise Adam-Blondon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 744113
- IdHAL : anne-francoise-adam-blondon
- ORCID : 0000-0002-3412-9086
- IdRef : 165063173
Raphael Flores
- Fonction : Auteur
- PersonId : 735847
- IdHAL : raphael-gauthier-flores
- ORCID : 0000-0002-0278-5441
Claire Guerche
- Fonction : Auteur
Mikaël Loaec
- Fonction : Auteur
Hadi Quesneville
- Fonction : Auteur
- PersonId : 736048
- IdHAL : hadi-quesneville
- ORCID : 0000-0003-3001-4908
- IdRef : 137542860
Janet Condie
- Fonction : Auteur
Jennifer Ens
- Fonction : Auteur
Ron Maclachlan
- Fonction : Auteur
Yifang Tan
- Fonction : Auteur
Adriana Alberti
- Fonction : Auteur
- PersonId : 183113
- IdHAL : adriana-alberti
- ORCID : 0000-0003-3372-9423
Jean-Marc Aury
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756899
- IdHAL : jean-marc-aury
- ORCID : 0000-0003-1718-3010
Valérie Barbe
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1187196
- IdHAL : valerie-barbe
- ORCID : 0000-0002-8162-3343
Arnaud Couloux
- Fonction : Auteur
- PersonId : 908635
Corinne Cruaud
- Fonction : Auteur
- PersonId : 768749
- ORCID : 0000-0002-4752-7278
Karine Labadie
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757912
- ORCID : 0000-0001-7467-8509
- IdRef : 089020235
Sophie Mangenot
- Fonction : Auteur
Patrick Wincker
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757160
- IdHAL : patrick-wincker
- ORCID : 0000-0001-7562-3454
Gaganpreet Kaur
- Fonction : Auteur
Mingcheng Luo
- Fonction : Auteur
Sunish Sehgal
- Fonction : Auteur
Parveen Chhuneja
- Fonction : Auteur
Om Prakash Gupta
- Fonction : Auteur
Suruchi Jindal
- Fonction : Auteur
Parampreet Kaur
- Fonction : Auteur
Palvi Malik
- Fonction : Auteur
Priti Sharma
- Fonction : Auteur
Bharat Yadav
- Fonction : Auteur
Nagendra Singh
- Fonction : Auteur
Jitendra Khurana
- Fonction : Auteur
Chanderkant Chaudhary
- Fonction : Auteur
Paramjit Khurana
- Fonction : Auteur
Vinod Kumar
- Fonction : Auteur
Ajay Mahato
- Fonction : Auteur
Saloni Mathur
- Fonction : Auteur
Amitha Sevanthi
- Fonction : Auteur
Naveen Sharma
- Fonction : Auteur
Ram Sewak Tomar
- Fonction : Auteur
Kateřina Holušová
- Fonction : Auteur
Ondřej Plíhal
- Fonction : Auteur
Matthew Clark
- Fonction : Auteur
Darren Heavens
- Fonction : Auteur
George Kettleborough
- Fonction : Auteur
Jon Wright
- Fonction : Auteur
Barbora Balcárková
- Fonction : Auteur
Yuqin Hu
- Fonction : Auteur
Elena Salina
- Fonction : Auteur
Nikolai Ravin
- Fonction : Auteur
Konstantin Skryabin
- Fonction : Auteur
Alexey Beletsky
- Fonction : Auteur
Vitaly Kadnikov
- Fonction : Auteur
Andrey Mardanov
- Fonction : Auteur
Michail Nesterov
- Fonction : Auteur
Andrey Rakitin
- Fonction : Auteur
Ekaterina Sergeeva
- Fonction : Auteur
Hirokazu Handa
- Fonction : Auteur
Hiroyuki Kanamori
- Fonction : Auteur
Satoshi Katagiri
- Fonction : Auteur
Fuminori Kobayashi
- Fonction : Auteur
Shuhei Nasuda
- Fonction : Auteur
Tsuyoshi Tanaka
- Fonction : Auteur
Jianzhong Wu
- Fonction : Auteur
Federica Cattonaro
- Fonction : Auteur
Min Jiumeng
- Fonction : Auteur
Karl Kugler
- Fonction : Auteur
Matthias Pfeifer
- Fonction : Auteur
Simen Sandve
- Fonction : Auteur
Xu Xun
- Fonction : Auteur
Bujie Zhan
- Fonction : Auteur
Jacqueline Batley
- Fonction : Auteur
Philipp Bayer
- Fonction : Auteur
David Edwards
- Fonction : Auteur
Satomi Hayashi
- Fonction : Auteur
Zuzana Tulpová
- Fonction : Auteur
Paul Visendi
- Fonction : Auteur
Licao Cui
- Fonction : Auteur
Xianghong Du
- Fonction : Auteur
Kewei Feng
- Fonction : Auteur
Xiaojun Nie
- Fonction : Auteur
Wei Tong
- Fonction : Auteur
Le Wang
- Fonction : Auteur
Résumé
Insights from the annotated wheat genome Wheat is one of the major sources of food for much of the world. However, because bread wheat's genome is a large hybrid mix of three separate subgenomes, it has been difficult to produce a high-quality reference sequence. Using recent advances in sequencing, the International Wheat Genome Sequencing Consortium presents an annotated reference genome with a detailed analysis of gene content among subgenomes and the structural organization for all the chromosomes. Examples of quantitative trait mapping and CRISPR-based genome modification show the potential for using this genome in agricultural research and breeding. Ramírez-González et al. exploited the fruits of this endeavor to identify tissue-specific biased gene expression and coexpression networks during development and exposure to stress. These resources will accelerate our understanding of the genetic basis of bread wheat. Science , this issue p. eaar7191 ; see also p. eaar6089