Au début des années 2000, alors que démarre le rapprochement des travaux de recherche dans le bassin de la Loire, devant aboutir à la création de la Zone Atelier Loire (réseau CNRS), une démarche pluridisciplinaire a émergé afin de suivre les premiers travaux de restauration du lit de la Loire dans le cadre du Plan Loire Grandeur Nature, en Loire moyenne, à la demande de la Direction Régionale de l’Environnement. Il s’agit d’appréhender différentes composantes de l’hydrosystème, la végétation (Cornier 2001), la faune, le paysage (Cossin M., Piegay 1998) et leurs inter actions . Dix portions de la vallée de la Loire sont identifiées, constituant autant de « sites de référence », qui s’échelonnent de Digoin en amont, à Ingrandes en aval. Peu touchés par des travaux de restauration, à l’époque, certains ont fait l’objet de recherche comme le Bec d’Allier, avec le Programme National de Recherche sur les Zones Humides (Gautier E., Bacchi M & al 1999). L’approche proposée aborde les différentes dimensions de l’hydrosystème (longitudinale amont-aval, transversale et altitudinale, temps) en couplant dynamiques abiotique, biotique et anthropique dans l’objectif de proposer des pistes de gestion raisonnée. Les travaux menés, même s’ils n’ont pas abouti à une analyse de la totalité des sites et que les suivis n’ont pas pu tous être poursuivis, ont permis de développer des méthodes et de mettre en œuvre des concepts qui bien s’inscrivent dans la trajectoire des travaux menés actuellement dans le réseau des Zones Ateliers du CNRS, à savoir l’instrumentation de sites, en lien avec les gestionnaires (ici la DIREN Centre) par une approche mobilisant la notion de socio-écosystème. Nous présenterons ici l’intérêt de cette démarche et des résultats obtenus pour des sites de référence localisés en Indre-et-Loire.