La réplication de l'ADN est un processus hautement régulé dont la dynamique peut être analysée par des expériences en molécule unique. La vitesse de réplication i.e. le taux de synthèse local, un paramètre clé de cette dynamique, est alors estimée par la détection de motifs le long de profil d'incorporation de nucléotides marqués. Dans ce travail, nous explorons des méthodes issues du codage parcimonieux pour cette estimation : le LASSO, une des formulations les plus utilisées, et deux méthodes visant à augmenter la précision de cette estimation dans le cadre d'un bruit non gaussien. En particulier, nous proposons une méthode hybride discrète-continue dont les performances surpassent une approche discrète basée sur la divergence de Kullback-Leibler pourtant spécifiquement adaptée à ce type de bruit.