Les autorités gouvernementales béninoises prônent désormais comme une réponse efficace, durable et résiliente à la congestion routière et à l'insécurité alimentaire, l'amélioration de l'exploitation des plans d'eau intérieurs. Cette vision se décline en de nombreux projets dont le réaménagement de la cité lacustre de Ganvié dans la commune de So-Ava, le dragage du lac Ahémé afin de lui donner une meilleure profondeur pour la sécurisation des ressources halieutiques, l'organisation du transport de passagers entre Abomey-Calavi, Cotonou et Porto-Novo. Cette contribution évalue les enjeux, défis et perspectives du développement du transport par voies d'eau. La démarche méthodologique est mixte : quantitative et qualitative. Elle se base d'une part sur la collecte de données grâce à des entretiens semi-directifs auprès des différentes parties prenantes (40 personnes) : autorités et associations de développement communales, populations vivantes sur ces plans d'eau, les acteurs du transport fluvial (piroguiers, barreurs, guides et commerçants). D'autre part, elle s'intéresse à l'analyse des statistiques des institutions gouvernementales et internationales, les rapports des missions d'études et une enquête par questionnaire auprès de 87 acteurs choisis de façon raisonnée. Les résultats montrent que les aménagements sur les plans d'eau au Sud du Bénin améliorent le transport de passagers et de marchandises par voies d'eau, relance les activités des unités artisanales de fabrication de pirogues et barques motorisées. Ces aménagements pourraient aussi améliorer la quantité des produits de la pêche, favoriser la projection portuaire à travers des terminaux secondaires et des gares fluviales de passagers vers l'intérieur du pays.