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Article Dans Une Revue iScience Année : 2023

Improving the extraction of ancient Yersinia pestis genomes from the dental pulp

Pierre Clavel
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Lexane Louis
  • Fonction : Auteur
Clio Der Sarkissian
Catherine Thèves
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Claudia Gillet
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Lorelei Chauvey
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Gaétan Tressières
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Stéphanie Schiavinato
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Laure Calvière-Tonasso
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Norbert Telmon
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Richard Jonvel
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Stéfan Tzortzis
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Laetitia Bouniol
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Jean-Marc Fémolant
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Jennifer Klunk
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Hendrik Poinar
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Caroline Costedoat
Maria Spyrou
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Andaine Seguin-Orlando
  • Fonction : Auteur

Résumé

Ancient DNA preserved in the dental pulp offers the opportunity to characterize the genome of some of the deadliest pathogens in human history. However, while DNA capture technologies help, focus sequencing efforts, and therefore, reduce experimental costs, the recovery of ancient pathogen DNA remains challenging. Here, we tracked the kinetics of ancient Yersinia pestis DNA release in solution during a pre-digestion of the dental pulp. We found that most of the ancient Y. pestis DNA is released within 60 min at 37°C in our experimental conditions. We recommend a simple pre-digestion as an economical procedure to obtain extracts enriched in ancient pathogen DNA, as longer digestion times release other types of templates, including host DNA. Combining this procedure with DNA capture, we characterized the genome sequences of 12 ancient Y. pestis bacteria from France dating to the second pandemic outbreaks of the 17th and 18th centuries Common Era.
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Dates et versions

hal-04242136 , version 1 (14-10-2023)

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Citer

Pierre Clavel, Lexane Louis, Clio Der Sarkissian, Catherine Thèves, Claudia Gillet, et al.. Improving the extraction of ancient Yersinia pestis genomes from the dental pulp. iScience, 2023, 26 (5), pp.106787. ⟨10.1016/j.isci.2023.106787⟩. ⟨hal-04242136⟩
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