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Article dans une revue Nucleic Acids Research Année : 2023

CAID prediction portal: a comprehensive service for predicting intrinsic disorder and binding regions in proteins

Alexander Miguel Monzon
Alex S Holehouse
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Daniel Griffith
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Ryan J Emenecker
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Ashwini Patil
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Ronesh Sharma
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Tatsuhiko Tsunoda
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Alok Sharma
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Yi Jun Tang
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Bin Liu
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Claudio Mirabello
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Björn Wallner
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Burkhard Rost
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Dagmar Ilzhöfer
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Maria Littmann
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Michael Heinzinger
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Lea I M Krautheimer
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Michael Bernhofer
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Liam J Mcguffin
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Jian Liu
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Jianlin Cheng
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Zhiye Guo
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Jinbo Xu
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Nawar Malhis
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Jörg Gsponer
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Myong-Chol Ma
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Lukasz Kurgan
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Sina Ghadermarzi
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Akila Katuwawala
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Bi Zhao
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Zhenling Peng
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Zhonghua Wu
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Gang Hu
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Md Tamjidul Hoque
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Michele Vendruscolo
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Pietro Sormanni
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Fuhao Zhang
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Pengzhen Jia
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Yida Wang
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Adrián Díaz
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Thomas Litfin
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Yaoqi Zhou
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Jack Hanson
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Kuldip Paliwal
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Zsuzsanna Dosztányi
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Gábor Erdős
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Résumé

Intrinsic disorder (ID) in proteins is well-established in structural biology, with increasing evidence for its involvement in essential biological processes. As measuring d ynamic ID beha vior e xperimentall y on a large scale remains difficult, scores of published ID predictor s ha ve tried to fill this gap. Unfortunatel y, their heterogeneity makes it difficult to compare perf ormance, conf ounding biologists wanting to make an informed choice. To address this issue, the Critical Assessment of protein Intrinsic Disorder (CAID) benchmarks predictors for ID and binding regions as a community blind-test in a standardized computing environment. Here we present the CAID Prediction Portal, a web server executing all CAID methods on user-defined sequences. The server generates standardized output and facilitates comparison between methods, producing a consensus prediction highlighting high-confidence ID regions. The website contains extensive documentation explaining the meaning of different CAID statistics and providing a brief description of all methods. Predictor output is visualized in an interactive feature viewer and made available for download in a single table, with the option to recover previous sessions via a priv ate dashboar d. The CAID Prediction Portal is a valuable resource for researchers interested in studying ID in proteins. The server is available at the URL: https://caid.idpcentral.org .
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Citer

Alessio del Conte, Adel Bouhraoua, Mahta Mehdiabadi, Damiano Clementel, Alexander Miguel Monzon, et al.. CAID prediction portal: a comprehensive service for predicting intrinsic disorder and binding regions in proteins. Nucleic Acids Research, 2023, 51 (W1), pp.W62 - W69. ⟨10.1093/nar/gkad430⟩. ⟨hal-04240607⟩
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Dernière date de mise à jour le 26/06/2024
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