CAID prediction portal: a comprehensive service for predicting intrinsic disorder and binding regions in proteins
Alessio del Conte
(1)
,
Adel Bouhraoua
(1)
,
Mahta Mehdiabadi
(1)
,
Damiano Clementel
(1)
,
Alexander Miguel Monzon
,
Alex S Holehouse
,
Daniel Griffith
,
Ryan J Emenecker
,
Ashwini Patil
,
Ronesh Sharma
,
Tatsuhiko Tsunoda
,
Alok Sharma
,
Yi Jun Tang
,
Bin Liu
,
Claudio Mirabello
,
Björn Wallner
,
Burkhard Rost
,
Dagmar Ilzhöfer
,
Maria Littmann
,
Michael Heinzinger
,
Lea I M Krautheimer
,
Michael Bernhofer
,
Liam J Mcguffin
,
Isabelle Callebaut
(2)
,
Tristan Bitard Feildel
(3)
,
Jian Liu
,
Jianlin Cheng
,
Zhiye Guo
,
Jinbo Xu
,
Sheng Wang
,
Nawar Malhis
,
Jörg Gsponer
,
Chol-Song Kim
,
Kun-Sop Han
,
Myong-Chol Ma
,
Lukasz Kurgan
,
Sina Ghadermarzi
,
Akila Katuwawala
,
Bi Zhao
,
Zhenling Peng
,
Zhonghua Wu
,
Gang Hu
,
Kui Wang
,
Md Tamjidul Hoque
,
Md Wasi Ul Kabir
,
Michele Vendruscolo
,
Pietro Sormanni
,
Min Li
,
Fuhao Zhang
,
Pengzhen Jia
,
Yida Wang
,
Michail Yu Lobanov
,
Oxana V Galzitskaya
,
Wim Vranken
,
Adrián Díaz
,
Thomas Litfin
,
Yaoqi Zhou
,
Jack Hanson
,
Kuldip Paliwal
,
Zsuzsanna Dosztányi
,
Gábor Erdős
,
Silvio C E Tosatto
(1)
,
Damiano Piovesan
(1)
Alessio del Conte
- Fonction : Auteur
- PersonId : 791668
- ORCID : 0000-0003-4525-7793
Alexander Miguel Monzon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 806068
- ORCID : 0000-0003-0362-8218
Alex S Holehouse
- Fonction : Auteur
Daniel Griffith
- Fonction : Auteur
Ryan J Emenecker
- Fonction : Auteur
Ashwini Patil
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Ronesh Sharma
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Tatsuhiko Tsunoda
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Alok Sharma
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Yi Jun Tang
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Bin Liu
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Claudio Mirabello
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Björn Wallner
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Burkhard Rost
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Dagmar Ilzhöfer
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Maria Littmann
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Michael Heinzinger
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Lea I M Krautheimer
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Michael Bernhofer
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Liam J Mcguffin
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Jian Liu
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Jianlin Cheng
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Zhiye Guo
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Jinbo Xu
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Sheng Wang
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Nawar Malhis
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Jörg Gsponer
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Chol-Song Kim
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Kun-Sop Han
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Myong-Chol Ma
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Lukasz Kurgan
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Sina Ghadermarzi
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Akila Katuwawala
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Bi Zhao
- Fonction : Auteur
Zhenling Peng
- Fonction : Auteur
Zhonghua Wu
- Fonction : Auteur
Gang Hu
- Fonction : Auteur
Kui Wang
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Md Tamjidul Hoque
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Md Wasi Ul Kabir
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Michele Vendruscolo
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Pietro Sormanni
- Fonction : Auteur
Min Li
- Fonction : Auteur
Fuhao Zhang
- Fonction : Auteur
Pengzhen Jia
- Fonction : Auteur
Yida Wang
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Michail Yu Lobanov
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Oxana V Galzitskaya
- Fonction : Auteur
Wim Vranken
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Adrián Díaz
- Fonction : Auteur
Thomas Litfin
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Yaoqi Zhou
- Fonction : Auteur
Jack Hanson
- Fonction : Auteur
Kuldip Paliwal
- Fonction : Auteur
Zsuzsanna Dosztányi
- Fonction : Auteur
Gábor Erdős
- Fonction : Auteur
Damiano Piovesan
- Fonction : Auteur
- PersonId : 791665
- ORCID : 0000-0001-8210-2390
Résumé
Intrinsic disorder (ID) in proteins is well-established in structural biology, with increasing evidence for its involvement in essential biological processes. As measuring d ynamic ID beha vior e xperimentall y on a large scale remains difficult, scores of published ID predictor s ha ve tried to fill this gap. Unfortunatel y, their heterogeneity makes it difficult to compare perf ormance, conf ounding biologists wanting to make an informed choice. To address this issue, the Critical Assessment of protein Intrinsic Disorder (CAID) benchmarks predictors for ID and binding regions as a community blind-test in a standardized computing environment. Here we present the CAID Prediction Portal, a web server executing all CAID methods on user-defined sequences. The server generates standardized output and facilitates comparison between methods, producing a consensus prediction highlighting high-confidence ID regions. The website contains extensive documentation explaining the meaning of different CAID statistics and providing a brief description of all methods. Predictor output is visualized in an interactive feature viewer and made available for download in a single table, with the option to recover previous sessions via a priv ate dashboar d. The CAID Prediction Portal is a valuable resource for researchers interested in studying ID in proteins. The server is available at the URL: https://caid.idpcentral.org .
Format du dépôt | Fichier |
---|---|
Type de dépôt | Article dans une revue |
Titre |
en
CAID prediction portal: a comprehensive service for predicting intrinsic disorder and binding regions in proteins
|
Résumé |
en
Intrinsic disorder (ID) in proteins is well-established in structural biology, with increasing evidence for its involvement in essential biological processes. As measuring d ynamic ID beha vior e xperimentall y on a large scale remains difficult, scores of published ID predictor s ha ve tried to fill this gap. Unfortunatel y, their heterogeneity makes it difficult to compare perf ormance, conf ounding biologists wanting to make an informed choice. To address this issue, the Critical Assessment of protein Intrinsic Disorder (CAID) benchmarks predictors for ID and binding regions as a community blind-test in a standardized computing environment. Here we present the CAID Prediction Portal, a web server executing all CAID methods on user-defined sequences. The server generates standardized output and facilitates comparison between methods, producing a consensus prediction highlighting high-confidence ID regions. The website contains extensive documentation explaining the meaning of different CAID statistics and providing a brief description of all methods. Predictor output is visualized in an interactive feature viewer and made available for download in a single table, with the option to recover previous sessions via a priv ate dashboar d. The CAID Prediction Portal is a valuable resource for researchers interested in studying ID in proteins. The server is available at the URL: https://caid.idpcentral.org .
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Auteur(s) |
Alessio del Conte
1
, Adel Bouhraoua
1
, Mahta Mehdiabadi
1
, Damiano Clementel
1
, Alexander Miguel Monzon
, Alex S Holehouse
, Daniel Griffith
, Ryan J Emenecker
, Ashwini Patil
, Ronesh Sharma
, Tatsuhiko Tsunoda
, Alok Sharma
, Yi Jun Tang
, Bin Liu
, Claudio Mirabello
, Björn Wallner
, Burkhard Rost
, Dagmar Ilzhöfer
, Maria Littmann
, Michael Heinzinger
, Lea I M Krautheimer
, Michael Bernhofer
, Liam J Mcguffin
, Isabelle Callebaut
2
, Tristan Bitard Feildel
3
, Jian Liu
, Jianlin Cheng
, Zhiye Guo
, Jinbo Xu
, Sheng Wang
, Nawar Malhis
, Jörg Gsponer
, Chol-Song Kim
, Kun-Sop Han
, Myong-Chol Ma
, Lukasz Kurgan
, Sina Ghadermarzi
, Akila Katuwawala
, Bi Zhao
, Zhenling Peng
, Zhonghua Wu
, Gang Hu
, Kui Wang
, Md Tamjidul Hoque
, Md Wasi Ul Kabir
, Michele Vendruscolo
, Pietro Sormanni
, Min Li
, Fuhao Zhang
, Pengzhen Jia
, Yida Wang
, Michail Yu Lobanov
, Oxana V Galzitskaya
, Wim Vranken
, Adrián Díaz
, Thomas Litfin
, Yaoqi Zhou
, Jack Hanson
, Kuldip Paliwal
, Zsuzsanna Dosztányi
, Gábor Erdős
, Silvio C E Tosatto
1
, Damiano Piovesan
1
1
Unipd -
Università degli Studi di Padova = University of Padua
( 301093 )
- Via 8 Febbraio 2, 35122 Padova
- Italie
2
IMPMC_BIBIP -
Bioinformatique et BioPhysique [IMPMC]
( 1085167 )
- 4, place Jussieu - BC 115 - 75252 Paris Cedex 5
- France
3
DGA.MI -
DGA Maîtrise de l'information
( 139851 )
- Route de Laillé. La Roche Marguerite - 35170 - Bruz
- France
|
Langue du document |
Anglais
|
Nom de la revue |
|
Date de publication |
2023
|
Volume |
51
|
Numéro |
W1
|
Page/Identifiant |
W62 - W69
|
Vulgarisation |
Non
|
Comité de lecture |
Oui
|
Audience |
Internationale
|
Domaine(s) |
|
DOI | 10.1093/nar/gkad430 |
Origine :
Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte
Licence : Paternité - Pas d'utilisation commerciale - CC BY 4.0
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