Méthodes et écueils du traitement des images issues de microscopie corrélative
Résumé
La microscopie corrélative est un ensemble de méthodes permettant d’observer le même échantillon sous différentes modalités d’imagerie, et ce sans forcément avoir de microscope multimodal. Le flux d’acquisition le plus simple consiste à imager tout d’abord un échantillon sous un premier microscope, puis à le déplacer et à retrouver la même zone pour l’imager sous un autre microscope qui apportera des informations différentes et complémentaires. En plus des éléments expérimentaux permettant de relier les acquisitions de différentes modalités, les solutions logicielles pour corréler les données d'images multi-échelles, multimodales et volumétriques sont un pilier essentiel des flux de travail de microscopies corrélatives, notamment pour une relocalisation précise. La combinaison d'images volumiques permet d'ajouter d'autres informations sur le même objet identifié dans les deux modalités, en fusionnant des intensités avec des significations différentes selon la modalité utilisée, ou en ajoutant des informations de forme précises ou des informations de voisinage accessibles uniquement à partir d'une seule des modalités utilisées. Nous nous focaliserons dans la présentation sur les aspects de traitement d’image de la microscopie corrélative, en expliquant les méthodes et les points d’attention qui permettent d’orienter le choix d’une méthode. Nous verrons ensuite plusieurs logiciels disponibles gratuitement qui implémentent ces méthodes. Je présenterais en particulier le logiciel ec-clem, qui permet d’effectuer simplement ces recalages et d’estimer les erreurs de recalage.
Origine | Fichiers produits par l'(les) auteur(s) |
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