Article Dans Une Revue Nature Communications Année : 2018

GWAS and colocalization analyses implicate carotid intima-media thickness and carotid plaque loci in cardiovascular outcomes

Nora Franceschini , Claudia Giambartolomei , Paul de Vries , Chris Finan , Joshua Bis , Rachael Huntley , Ruth Lovering , Salman Tajuddin , Thomas Winkler , Misa Graff , Maryam Kavousi , Caroline Dale , Albert Smith , Edith Hofer , Elisabeth van Leeuwen , Ilja Nolte , Lingyi Lu , Markus Scholz , Muralidharan Sargurupremraj , Niina Pitkänen , Oscar Franzén , Peter Joshi , Raymond Noordam , Riccardo Marioni , Shih-Jen Hwang , Solomon Musani , Ulf Schminke , Walter Palmas , Aaron Isaacs , Adolfo Correa , Alan Zonderman , Albert Hofman , Alexander Teumer , Amanda Cox , André Uitterlinden , Andrew Wong , Andries Smit , Anne Newman , Annie Britton , Arno Ruusalepp , Bengt Sennblad , Bo Hedblad , Bogdan Pasaniuc , Brenda Penninx , Carl Langefeld , Christina Wassel , Christophe Tzourio , Cristiano Fava , Damiano Baldassarre , Daniel O’leary , Daniel Teupser , Diana Kuh , Elena Tremoli , Elmo Mannarino , Enzo Grossi , Eric Boerwinkle , Eric Schadt , Erik Ingelsson , Fabrizio Veglia , Fernando Rivadeneira , Frank Beutner , Ganesh Chauhan , Gerardo Heiss , Harold Snieder , Harry Campbell , Henry Völzke , Hugh Markus , Ian Deary , J. Wouter Jukema , Jacqueline de Graaf , Jacqueline Price , Janne Pott , Jemma Hopewell , Jingjing Liang , Joachim Thiery , Jorgen Engmann , Karl Gertow , Kenneth Rice , Kent Taylor , Klodian Dhana , Lambertus Kiemeney , Lars Lind , Laura Raffield , Lenore Launer , Lesca Holdt , Marcus Dörr , Martin Dichgans , Matthew Traylor , Matthias Sitzer , Meena Kumari , Mika Kivimaki , Mike Nalls , Olle Melander , Olli Raitakari , Oscar Franco , Oscar Rueda-Ochoa , Panos Roussos , Peter Whincup , Philippe Amouyel (1) , Philippe Giral , Pramod Anugu , Quenna Wong , Rainer Malik , Rainer Rauramaa , Ralph Burkhardt , Rebecca Hardy , Reinhold Schmidt , Renée de Mutsert , Richard Morris , Rona Strawbridge , S. Goya Wannamethee , Sara Hägg , Sonia Shah , Stela Mclachlan , Stella Trompet , Sudha Seshadri , Sudhir Kurl , Susan Heckbert , Susan Ring , Tamara Harris , Terho Lehtimäki , Tessel Galesloot , Tina Shah , Ulf de Faire , Vincent Plagnol , Wayne Rosamond , Wendy Post , Xiaofeng Zhu , Xiaoling Zhang , Xiuqing Guo , Yasaman Saba , Yukinori Okada , Aniket Mishra , Loes Rutten-Jacobs , Anne-Katrin Giese , Sander van der Laan , Solveig Gretarsdottir , Christopher Anderson , Michael Chong , Hieab Adams , Tetsuro Ago , Peter Almgren , Philippe Amouyel , Hakan Ay , Traci Bartz , Oscar Benavente , Steve Bevan , Giorgio Boncoraglio , Robert Brown , Adam Butterworth , Caty Carrera , Cara Carty , Daniel Chasman , Wei-Min Chen , John Cole , Ioana Cotlarciuc , Carlos Cruchaga , John Danesh , Paul de Bakker , Anita Destefano , Marcel den Hoed , Qing Duan , Stefan Engelter , Guido Falcone , Rebecca Gottesman , Raji Grewal , Stefan Gustafsson , Jeffrey Haessler , Tamara Harris , Ahamad Hassan , Aki Havulinna , Elizabeth Holliday , George Howard , Fang-Chi Hsu , Hyacinth Hyacinth , M. Arfan Ikram , Marguerite Irvin , Xueqiu Jian , Jordi Jiménez-Conde , Julie Johnson , J. Wouter Jukema , Masahiro Kanai , Keith Keene , Brett Kissela , Dawn Kleindorfer , Charles Kooperberg , Michiaki Kubo , Leslie Lange , Carl Langefeld , Claudia Langenberg , Jin-Moo Lee , Robin Lemmens , Didier Leys , Cathryn Lewis , Wei-Yu Lin , Arne Lindgren , Erik Lorentzen , Patrik Magnusson , Jane Maguire , Ani Manichaikul , Patrick Mcardle , James Meschia , Thomas Mosley , Toshiharu Ninomiya , Martin O’donnell , Sara Pulit , Kristiina Rannikmäe , Alexander Reiner , Kathryn Rexrode , Stephen Rich , Paul Ridker , Natalia Rost , Peter Rothwell , Tatjana Rundek , Ralph Sacco , Saori Sakaue , Michele Sale , Veikko Salomaa , Bishwa Sapkota , Reinhold Schmidt , Carsten Schmidt , Ulf Schminke , Pankaj Sharma , Agnieszka Slowik , Cathie Sudlow , Christian Tanislav , Turgut Tatlisumak , Vincent Thijs , Gudmar Thorleifsson , Unnur Thorsteinsdottir , Steffen Tiedt , Stella Trompet , Matthew Walters , Nicholas Wareham , Sylvia Wassertheil-Smoller , Kerri Wiggins , Qiong Yang , Salim Yusuf , Tomi Pastinen , Arno Ruusalepp , Eric Schadt , Simon Koplev , Veronica Codoni , Mete Civelek , Nick Smith , David Trégouët , Ingrid Christophersen , Carolina Roselli , Steven Lubitz , Patrick Ellinor , E. 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Résumé

Abstract Carotid artery intima media thickness (cIMT) and carotid plaque are measures of subclinical atherosclerosis associated with ischemic stroke and coronary heart disease (CHD). Here, we undertake meta-analyses of genome-wide association studies (GWAS) in 71,128 individuals for cIMT, and 48,434 individuals for carotid plaque traits. We identify eight novel susceptibility loci for cIMT, one independent association at the previously-identified PINX1 locus, and one novel locus for carotid plaque. Colocalization analysis with nearby vascular expression quantitative loci (cis-eQTLs) derived from arterial wall and metabolic tissues obtained from patients with CHD identifies candidate genes at two potentially additional loci, ADAMTS9 and LOXL4 . LD score regression reveals significant genetic correlations between cIMT and plaque traits, and both cIMT and plaque with CHD, any stroke subtype and ischemic stroke. Our study provides insights into genes and tissue-specific regulatory mechanisms linking atherosclerosis both to its functional genomic origins and its clinical consequences in humans.

Dates et versions

hal-04178654 , version 1 (08-08-2023)

Identifiants

Citer

Nora Franceschini, Claudia Giambartolomei, Paul de Vries, Chris Finan, Joshua Bis, et al.. GWAS and colocalization analyses implicate carotid intima-media thickness and carotid plaque loci in cardiovascular outcomes. Nature Communications, 2018, 9 (1), pp.5141. ⟨10.1038/s41467-018-07340-5⟩. ⟨hal-04178654⟩
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