Integrative omics framework for characterization of coral reef ecosystems from the Tara Pacific expedition
Caroline Belser
(1, 2)
,
Julie Poulain
,
Karine Labadie
,
Frederick Gavory
(3)
,
Adriana Alberti
,
Julie Guy
(3)
,
Quentin Carradec
(1, 2)
,
Corinne Cruaud
(3)
,
Corinne da Silva
(3)
,
Stefan Engelen
(1)
,
Paul Mielle
(4)
,
Aude Perdereau
(3)
,
Gaelle Samson
,
Shahinaz Gas
(3)
,
Julie Batisse
,
Odette Beluche
(3)
,
Laurie Bertrand
(1, 2)
,
Chloé Bohers
,
Isabelle Bordelais
,
Elodie Brun
(3)
,
Maria Dubois
,
Corinne Dumont
,
El Hajji Zineb
,
Barbara Estrada
,
Evelyne Ettedgui
,
Patricia Fernandez
,
Sonia Garidi
,
Thomas Guérin
,
Kevin Gorrichon
,
Chadia Hamon
,
Lucille Kientzel
,
Sandrine Lebled
,
Chloé Legrain
,
Patricia Lenoble
,
Marine Lepretre
,
Claudine Louesse
,
Ghislaine Magdelenat
,
Eric Mahieu
,
Nathalie Martins
,
Claire Milani
,
Céline Orvain
,
Sophie Oztas
,
Emilie Payen
,
Emmanuelle Petit
,
Guillaume Rio
,
Dominique Robert
,
Muriel Ronsin
,
Benoit Vacherie
,
Christian Voolstra
,
Pierre Galand
(5)
,
J. Michel Flores
,
Benjamin Hume
,
Gabriela Perna
,
Maren Ziegler
,
Hans-Joachim Ruscheweyh
,
Emilie Boissin
(6, 7)
,
Sarah Romac
,
Guillaume Bourdin
,
Guillaume Iwankow
,
Clémentine Moulin
,
David Paz García
,
Sylvain Agostini
,
Bernard Banaigs
,
Emmanuel Boss
,
Chris Bowler
(2, 8)
,
Colomban de Vargas
,
Éric Douville
(9, 10)
,
Didier Forcioli
,
Paola Furla
,
Eric Gilson
,
Fabien Lombard
(11)
,
Stéphane Pesant
,
Stéphanie Reynaud
,
Shinichi Sunagawa
,
Olivier Thomas
,
Romain Troublé
,
Rebecca Vega Thurber
,
Didier Zoccola
,
Claude Scarpelli
,
E’ Krame Jacoby
,
Pedro Oliveira
,
Jean-Marc Aury
,
Denis Allemand
,
Serge Planes
(6, 7)
,
Patrick Wincker
1
UMR 8030 -
Génomique métabolique
2 GOSEE - Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans
3 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
4 CNRGH - Centre National de Recherche en Génomique Humaine
5 LECOB - Laboratoire d'Ecogéochimie des environnements benthiques
6 CRIOBE - Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement
7 LabEX CORAIL - Laboratoire d'Excellence CORAIL
8 IBENS - Institut de biologie de l'ENS Paris
9 LSCE - Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette]
10 GEOTRAC - Géochrononologie Traceurs Archéométrie
11 LOV - Laboratoire d'océanographie de Villefranche
2 GOSEE - Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans
3 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
4 CNRGH - Centre National de Recherche en Génomique Humaine
5 LECOB - Laboratoire d'Ecogéochimie des environnements benthiques
6 CRIOBE - Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement
7 LabEX CORAIL - Laboratoire d'Excellence CORAIL
8 IBENS - Institut de biologie de l'ENS Paris
9 LSCE - Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette]
10 GEOTRAC - Géochrononologie Traceurs Archéométrie
11 LOV - Laboratoire d'océanographie de Villefranche
Caroline Belser
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Julie Poulain
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Karine Labadie
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Adriana Alberti
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Quentin Carradec
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Aude Perdereau
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Gaelle Samson
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Julie Batisse
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Chloé Bohers
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Isabelle Bordelais
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Maria Dubois
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Corinne Dumont
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El Hajji Zineb
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Barbara Estrada
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Evelyne Ettedgui
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Patricia Fernandez
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Sonia Garidi
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Thomas Guérin
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Kevin Gorrichon
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Chadia Hamon
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Lucille Kientzel
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Sandrine Lebled
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Chloé Legrain
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Patricia Lenoble
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Marine Lepretre
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Claudine Louesse
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Ghislaine Magdelenat
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Eric Mahieu
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Nathalie Martins
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Claire Milani
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Céline Orvain
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Sophie Oztas
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Emilie Payen
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Emmanuelle Petit
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Guillaume Rio
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Dominique Robert
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Muriel Ronsin
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Benoit Vacherie
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Christian Voolstra
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Pierre Galand
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J. Michel Flores
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Benjamin Hume
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Gabriela Perna
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Maren Ziegler
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Hans-Joachim Ruscheweyh
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Emilie Boissin
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Sarah Romac
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Guillaume Bourdin
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Guillaume Iwankow
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Clémentine Moulin
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David Paz García
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Sylvain Agostini
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Bernard Banaigs
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Emmanuel Boss
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Chris Bowler
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Colomban de Vargas
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Éric Douville
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Didier Forcioli
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Paola Furla
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Eric Gilson
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Fabien Lombard
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Stéphane Pesant
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Stéphanie Reynaud
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Olivier Thomas
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Romain Troublé
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Rebecca Vega Thurber
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Didier Zoccola
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Claude Scarpelli
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E’ Krame Jacoby
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Pedro Oliveira
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Jean-Marc Aury
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Denis Allemand
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Patrick Wincker
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Abstract
Abstract Coral reef science is a fast-growing field propelled by the need to better understand coral health and resilience to devise strategies to slow reef loss resulting from environmental stresses. Key to coral resilience are the symbiotic interactions established within a complex holobiont, i.e . the multipartite assemblages comprising the coral host organism, endosymbiotic dinoflagellates, bacteria, archaea, fungi, and viruses. Tara Pacific is an ambitious project built upon the experience of previous Tara Oceans expeditions, and leveraging state-of-the-art sequencing technologies and analyses to dissect the biodiversity and biocomplexity of the coral holobiont screened across most archipelagos spread throughout the entire Pacific Ocean. Here we detail the Tara Pacific workflow for multi-omics data generation, from sample handling to nucleotide sequence data generation and deposition. This unique multidimensional framework also includes a large amount of concomitant metadata collected side-by-side that provide new assessments of coral reef biodiversity including micro-biodiversity and shape future investigations of coral reef dynamics and their fate in the Anthropocene.
Domains
Environmental Sciences
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