Alors que les approches transdisciplinaires sont de plus en plus mises en avant pour étudier les socio-écosystèmes (SES) et aborder les relations complexes entre les humains et les non-humains, cet article explore l’intérêt des jeux sérieux dans ce type de recherche, dans la mesure où ils permettent des interactions structurées et originales entre acteurs académiques et non-académiques autour de questions relatives à la gestion des écosystèmes et des ressources naturelles. A partir d’une étude comparative de six jeux sérieux, nous analysons dans quelle mesure ce type de jeux peut aider à formuler de nouvelles questions de recherche sur les SES, en analysant leur capacité à remplir trois fonctions-clés : permettre aux chercheurs d'identifier (i) des lacunes de connaissances sur les SES, (ii) des "anomalies", ou décalages entre les attentes théoriques et les observations réalisées, et (iii) des interactions socio-écologiques aujourd’hui négligées, qui pourraient modifier les représentations qu’ont les chercheurs des systèmes qu’ils étudient. Notre étude comparative montre que ces outils peuvent être utiles pour identifier des lacunes dans les connaissances scientifiques ainsi que des interactions largement négligées dans les représentations actuelles des SES, ce qui suggère que les jeux sérieux ont un potentiel intéressant pour faire émerger des questions de recherche innovantes sur les SES.