Open science resources from the Tara Pacific expedition across coral reef and surface ocean ecosystems
Fabien Lombard
(1, 2, 3)
,
Guillaume Bourdin
(1, 4)
,
Stéphane Pesant
(5)
,
Sylvain Agostini
(6)
,
Alberto Baudena
(1)
,
Emilie Boissin
(7)
,
Nicolas Cassar
(8, 9)
,
Megan Clampitt
(10, 11, 12)
,
Pascal Conan
(13, 14)
,
Ophélie da Silva
(1)
,
Céline Dimier
(1)
,
Éric Douville
(15)
,
Amanda Elineau
(1)
,
Jonathan Fin
(16)
,
J. Michel Flores
(17)
,
Jean-François Ghiglione
(13)
,
Benjamin C C Hume
(18)
,
Laetitia Jalabert
(1)
,
Seth G John
(19)
,
Rachel L Kelly
(19)
,
Ilan Koren
(17)
,
Yajuan Lin
(8, 9)
,
Dominique Marie
(20)
,
Ryan Mcminds
(10, 21, 22)
,
Zoé Mériguet
(1)
,
Nicolas Metzl
(16)
,
David A Paz-García
(23)
,
M.L. Pedrotti
(1)
,
Julie Poulain
(24, 2)
,
Mireille Pujo-Pay
(13)
,
Joséphine Ras
(1)
,
Gilles Reverdin
(25)
,
Sarah Romac
(2, 20)
,
Alice Rouan
(10, 11, 12)
,
Eric Röttinger
(10, 11, 12)
,
Assaf Vardi
(17)
,
Eric Gilson
(10, 11, 12)
,
Christian R Voolstra
(18)
,
Clémentine Moulin
(26)
,
Guillaume Iwankow
(7)
,
Bernard Banaigs
(7)
,
Chris Bowler
(2, 27)
,
Colomban de Vargas
(2, 20)
,
Didier Forcioli
(10, 11, 12)
,
Paola Furla
(10, 11, 12)
,
Pierre E Galand
(28, 2)
,
Stéphanie Reynaud
(12, 29)
,
Matthew B Sullivan
(30)
,
Romain Troublé
(26)
,
Rebecca Vega Thurber
(22)
,
Shinichi Sunagawa
(31)
,
Olivier P Thomas
(32)
,
Patrick Wincker
(24, 2)
,
Didier Zoccola
(12, 29)
,
Serge Planes
(7)
,
Denis Allemand
(12, 29)
,
Emmanuel Boss
(4)
,
Gaby Gorsky
(1, 2)
1
LOV -
Laboratoire d'océanographie de Villefranche
2 GOSEE - Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans
3 IUF - Institut universitaire de France
4 University of Maine
5 European Molecular Biology Laboratory [Hinxton]
6 Shimoda Marine Research Center
7 CRIOBE - Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement
8 Nicholas School of the Environment
9 LEMAR - Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR)
10 IRCAN - Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement
11 IFR MARRES - Institut Fédératif de Recherche - Ressources Marines
12 LIA ROPSE - Laboratoire International Associé Réponse des Organismes et Populations face au Stress Environnemental - Université Côte d’Azur - Centre Scientifique de Monaco
13 LOMIC - Laboratoire d'Océanographie Microbienne
14 STAMAR - OSU Stations marines
15 GEOTRAC - Géochrononologie Traceurs Archéométrie
16 LOCEAN-CYBIOM - Cycles biogéochimiques marins : processus et perturbations
17 Weizmann Institute of Science [Rehovot, Israël]
18 Universität Konstanz
19 Department of Earth Sciences [USC Los Angeles]
20 SBR - Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station
21 MSI - Maison de la Modélisation, de la Simulation et des Interactions [Sophia-Antipolis]
22 OSU - Oregon State University
23 CONACYT-CIBNOR - Centro de Investigaciones Biologicas del Noroeste [Mexico]
24 UMR 8030 - Génomique métabolique
25 LOCEAN-PROTEO - Processus et interactions de fine échelle océanique
26 Tara Ocean Foundation
27 IBENS - Institut de biologie de l'ENS Paris
28 LECOB - Laboratoire d'Ecogéochimie des environnements benthiques
29 CSM - Centre Scientifique de Monaco
30 OSU - The Ohio State University [Columbus]
31 Institute of Microbiology and Swiss Institute of Bioinformatics
32 Martin Ryan Institute
2 GOSEE - Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans
3 IUF - Institut universitaire de France
4 University of Maine
5 European Molecular Biology Laboratory [Hinxton]
6 Shimoda Marine Research Center
7 CRIOBE - Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement
8 Nicholas School of the Environment
9 LEMAR - Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR)
10 IRCAN - Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement
11 IFR MARRES - Institut Fédératif de Recherche - Ressources Marines
12 LIA ROPSE - Laboratoire International Associé Réponse des Organismes et Populations face au Stress Environnemental - Université Côte d’Azur - Centre Scientifique de Monaco
13 LOMIC - Laboratoire d'Océanographie Microbienne
14 STAMAR - OSU Stations marines
15 GEOTRAC - Géochrononologie Traceurs Archéométrie
16 LOCEAN-CYBIOM - Cycles biogéochimiques marins : processus et perturbations
17 Weizmann Institute of Science [Rehovot, Israël]
18 Universität Konstanz
19 Department of Earth Sciences [USC Los Angeles]
20 SBR - Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station
21 MSI - Maison de la Modélisation, de la Simulation et des Interactions [Sophia-Antipolis]
22 OSU - Oregon State University
23 CONACYT-CIBNOR - Centro de Investigaciones Biologicas del Noroeste [Mexico]
24 UMR 8030 - Génomique métabolique
25 LOCEAN-PROTEO - Processus et interactions de fine échelle océanique
26 Tara Ocean Foundation
27 IBENS - Institut de biologie de l'ENS Paris
28 LECOB - Laboratoire d'Ecogéochimie des environnements benthiques
29 CSM - Centre Scientifique de Monaco
30 OSU - The Ohio State University [Columbus]
31 Institute of Microbiology and Swiss Institute of Bioinformatics
32 Martin Ryan Institute
Fabien Lombard
- Fonction : Auteur
- PersonId : 8141
- IdHAL : fabien-lombard
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Guillaume Bourdin
- Fonction : Auteur
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Alberto Baudena
- Fonction : Auteur
- PersonId : 777410
- ORCID : 0000-0002-8890-4324
Emilie Boissin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 773657
- ORCID : 0000-0002-4110-790X
- IdRef : 131975765
Nicolas Cassar
- Fonction : Auteur
- PersonId : 780679
- ORCID : 0000-0003-0100-3783
Megan Clampitt
- Fonction : Auteur
Pascal Conan
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1300482
- IdHAL : pascal-conan
- ORCID : 0000-0002-2879-9411
Éric Douville
- Fonction : Auteur
- PersonId : 181282
- IdHAL : eric-douville
- ORCID : 0000-0002-6673-1768
- IdRef : 171629655
Jonathan Fin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1239152
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Jean-François Ghiglione
- Fonction : Auteur
- PersonId : 854555
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Benjamin C C Hume
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1270711
- ORCID : 0000-0001-7753-3903
Seth G John
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1270712
- ORCID : 0000-0002-8257-626X
Ilan Koren
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1236343
- ORCID : 0000-0001-6759-6265
Dominique Marie
- Fonction : Auteur
- PersonId : 965551
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Ryan Mcminds
- Fonction : Auteur
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Nicolas Metzl
- Fonction : Auteur
- PersonId : 184019
- IdHAL : nicolas-metzl
- ORCID : 0000-0002-1165-1074
- IdRef : 10807157X
David A Paz-García
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1270714
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M.L. Pedrotti
- Fonction : Auteur
- PersonId : 741979
- IdHAL : maria-luiza-pedrotti
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Julie Poulain
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : julie-poulain
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- IdRef : 061407232
Mireille Pujo-Pay
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : mireille-pujo-pay
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Gilles Reverdin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 6139
- IdHAL : gilles-reverdin
Sarah Romac
- Fonction : Auteur
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Eric Röttinger
- Fonction : Auteur
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Assaf Vardi
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1270716
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Christian R Voolstra
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1151208
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Chris Bowler
- Fonction : Auteur
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Colomban de Vargas
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : colomban-de-vargas
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- IdRef : 144372401
Didier Forcioli
- Fonction : Auteur
Pierre E Galand
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : pierre-galand
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- IdRef : 175353360
Shinichi Sunagawa
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1166109
- ORCID : 0000-0003-3065-0314
Olivier P Thomas
- Fonction : Auteur
- PersonId : 755890
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Patrick Wincker
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757160
- IdHAL : patrick-wincker
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Serge Planes
- Fonction : Auteur
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- IdRef : 070226385
Emmanuel Boss
- Fonction : Auteur
- PersonId : 774380
- ORCID : 0000-0002-8334-9595
- IdRef : 195135229
Résumé
the Tara Pacific expedition (2016-2018) sampled coral ecosystems around 32 islands in the Pacific Ocean and the ocean surface waters at 249 locations, resulting in the collection of nearly 58 000 samples. The expedition was designed to systematically study warm-water coral reefs and included the collection of corals, fish, plankton, and seawater samples for advanced biogeochemical, molecular, and imaging analysis. Here we provide a complete description of the sampling methodology, and we explain how to explore and access the different datasets generated by the expedition. Environmental context data were obtained from taxonomic registries, gazetteers, almanacs, climatologies, operational biogeochemical models, and satellite observations. The quality of the different environmental measures has been validated not only by various quality control steps, but also through a global analysis allowing the comparison with known environmental large-scale structures. Such publicly released datasets open the perspective to address a wide range of scientific questions.
| Origine | Fichiers produits par l'(les) auteur(s) |
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