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Article Dans Une Revue Genome Medicine Année : 2023

Aggregation tests identify new gene associations with breast cancer in populations with diverse ancestry

Stefanie H. Mueller , Alvina G. Lai , Maria Valkovskaya , Kyriaki Michailidou , Manjeet K. Bolla , Qin Wang , Joe Dennis , Michael J. Lush , Zomoroda Abu-Ful , Thomas U. Ahearn , Irene L. Andrulis , Hoda Anton-Culver , Natalia Nikolaevna Antonenkova , Volker R. Arndt , Kristan J. Aronson , Annelie Augustinsson , Thaïs Baert , Laura E. Freeman , Matthias Wilhelm Beckmann , Sabine Behrens , Javier J. Benitez , Marina A. Bermisheva , Carl Blomqvist , Natalia Valerijevna Bogdanova , Stig Egil Bojesen , Bernardo Bonanni , Hermann Brenner , Sara Yvonne Brucker , Saundra S. Buys , Jose Esteban Castelao , Tsun Leung Chan , Jenny C. Chang-Claude , Stephen J. Chanock , Ji-Yeob Choi , Wendy K. Chung , Kristine Kleivi Sahlberg , Anne Lise Børresen-Dale , Lars O. Ottestad , Rolf Kåresen , Ellen Schlichting , Marit Muri Holmen , Toril Sauer , Vilde Drageset Haakensen , Olav Engebråten , Björn Naume , Alexander Fosså , Cecile E. Kiserud , Kristin Valborg Reinertsen , Åslaug Helland , Margit L.H. Riis , Jürgen Geisler , Grethe Irene Grenaker Alnaes , Sarah V. Colonna , Sten Cornelissen , Fergus J. Couch , Kamila Czene , Mary B. Daly , Peter Devilee , Thilo Dörk , Laure Dossus (1) , Miriam Victoria Dwek , Diana M. Eccles , Arif Bülent Ekici , A. Heather Eliassen , Christoph Engel , D. Gareth R. Evans , Peter Andreas Fasching , Olivia Fletcher , Henrik Lavlund Flyger , Manuela Gago-Dominguez , Yutang Gao , Montserrat García-Closas , José Ángel García-Sáenz , Jeanine M. Genkinger , Aleksandra Gentry-Maharaj , Felix Grassmann , Pascal Guénel (2) , Melanie Gündert , Lothar Haeberle , Eric T. Hahnen , Christopher A. Haiman , Niclas N. Håkansson , Per Hall , Elaine F. Harkness , Patricia A. Harrington , Jaana M. Hartikainen , Mikael Hartman , Alexander Hein , Weang Kee Ho , Maartje Joanneke Hooning , Reiner Hoppe , John Llewelyn Hopper , Richard S. Houlston , Anthony Howell , David J. Hunter , Dezheng Huo , Deborah Marsh , Rodney Scott , Robert Baxter , Desmond Yip , Jane E. Carpenter , Alison J. Davis , Nirmala Pathmanathan , Peter Thomas Simpson , Dinny Graham , Mythily Sachchithananthan , Hidemi Ito , Motoki Iwasaki , Anna Jakubowska , Wolfgang J. Janni , Esther M. John , Michael E. Jones , Audrey Y. Jung , Rudolf J. Kaaks , Daehee Kang , Elza K. Khusnutdinova , Sung-Won Kim , Cari Meinhold Kitahara , Stella Koutros , Peter P. Kraft , Vessela N. Kristensen , Katerina B. Kubelka-Sabit , Allison W. Kurian , Ava Kwong , James V. Lacey , Diether Lambrechts , Loïc Le Marchand , Jingmei Li , Martha S. Linet , Wing Yee Lo , Jirong Long , Artitaya Lophatananon , Arto Msci Mannermaa , Mehdi Manoochehri , Sara J. Margolin , Keitaro Matsuo , Dimitris A. Mavroudis , Usha Menon , Kenneth R. Muir , Rachel A. Murphy , Heli Nevanlinna , William G. Newman , Dieter Niederacher , Katie M. O’brien , Nadia Obi , Kenneth Offit , Olufunmilayo I. Olopade , Andrew F. Olshan , Håkan Olsson , Sue K. Park , Alpa V. Patel , Achal P. Patel , Charles M. Perou , Julian Peto , Paul D.P. Pharoah , Dijana A. Plaseska-Karanfilska , Nadège Presneau , Brigitte K. Rack , Paolo Radice , Dhanya Ramachandran , Muhammad Usman Rashid , Gad Rennert , Atocha Romero , Kathryn Jean Ruddy , Matthias Ruebner , Emmanouil Saloustros , Dale P. Sandler , Elinor J. Sawyer , Marjanka K. Schmidt , Rita K. Schmutzler , Michael Oliver Schneider , Christopher G. Scott , Mitul N. Shah , Priyanka Sharma , Chenyang Shen , Xiaoou Shu , Jacques Simard , Harald M. Surowy , Rulla M. Tamimi , William J. Tapper , Jack A. Taylor , Soo Hwang Teo , Lauren R. Teras , Amanda Ewart Toland , Rob A.E.M. Tollenaar , Diana Torres , Gabriela Torres-Mejía , Melissa A. Troester , Thérèse Truong (2) , Celine M. Vachon , Joseph Vijai , Clarice Ring Weinberg , Camilla Wendt , Robert Winqvist , Alicja Wolk , Alan H.B. Wu , Taiki Yamaji , Xiaohong Rose Yang , Jyhcherng Yu , Wei Zheng , Argyrios Ziogas , Elad Ziv , Alison M. Dunning , Douglas F. Easton , Harry Hemingway , Ute Hamann , Karoline B. Kuchenbaecker
Stefanie H. Mueller
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Alvina G. Lai
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Karoline B. Kuchenbaecker

Résumé

Background: Low-frequency variants play an important role in breast cancer (BC) susceptibility. Gene-based methods can increase power by combining multiple variants in the same gene and help identify target genes. Methods: We evaluated the potential of gene-based aggregation in the Breast Cancer Association Consortium cohorts including 83,471 cases and 59,199 controls. Low-frequency variants were aggregated for individual genes’ coding and regulatory regions. Association results in European ancestry samples were compared to single-marker association results in the same cohort. Gene-based associations were also combined in meta-analysis across individuals with European, Asian, African, and Latin American and Hispanic ancestry. Results: In European ancestry samples, 14 genes were significantly associated (q < 0.05) with BC. Of those, two genes, FMNL3 (P = 6.11 × 10−6) and AC058822.1 (P = 1.47 × 10−4), represent new associations. High FMNL3 expression has previously been linked to poor prognosis in several other cancers. Meta-analysis of samples with diverse ancestry discovered further associations including established candidate genes ESR1 and CBLB. Furthermore, literature review and database query found further support for a biologically plausible link with cancer for genes CBLB, FMNL3, FGFR2, LSP1, MAP3K1, and SRGAP2C. Conclusions: Using extended gene-based aggregation tests including coding and regulatory variation, we report identification of plausible target genes for previously identified single-marker associations with BC as well as the discovery of novel genes implicated in BC development. Including multi ancestral cohorts in this study enabled the identification of otherwise missed disease associations as ESR1 (P = 1.31 × 10−5), demonstrating the importance of diversifying study cohorts.
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Stefanie H. Mueller, Alvina G. Lai, Maria Valkovskaya, Kyriaki Michailidou, Manjeet K. Bolla, et al.. Aggregation tests identify new gene associations with breast cancer in populations with diverse ancestry. Genome Medicine, 2023, 15 (1), ⟨10.1186/s13073-022-01152-5⟩. ⟨hal-04069286⟩
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