Plusieurs critères permettent d’évaluer la pertinence d’une phylogénie : le nombre minimal d’événements pour la parcimonie, la probabilité des données pour la vraisemblance. Le calcul selon ces critères repose sur des algorithmes de parcours d'arbre similaires et pouvant être décrits de manière très générique. Spécifiquement à chaque critère, il est ensuite possible d’explorer ces parcours pour inférer l’histoire évolutive des données.