A structural variation reference for medical and population genetics
Ryan Collins
,
Harrison Brand
,
Konrad Karczewski
,
Xuefang Zhao
,
Jessica Alföldi
,
Laurent Francioli
,
Amit Khera
,
Chelsea Lowther
,
Laura Gauthier
,
Harold Wang
,
Nicholas Watts
,
Matthew Solomonson
,
Anne O’donnell-Luria
,
Alexander Baumann
,
Ruchi Munshi
,
Mark Walker
,
Christopher Whelan
,
Yongqing Huang
,
Ted Brookings
,
Ted Sharpe
,
Matthew Stone
,
Elise Valkanas
,
Jack Fu
,
Grace Tiao
,
Kristen Laricchia
,
Valentin Ruano-Rubio
,
Christine Stevens
,
Namrata Gupta
,
Caroline Cusick
,
Lauren Margolin
,
Jessica Alföldi
,
Irina Armean
,
Eric Banks
,
Louis Bergelson
,
Kristian Cibulskis
,
Ryan Collins
,
Kristen Connolly
,
Miguel Covarrubias
,
Beryl Cummings
,
Mark Daly
,
Stacey Donnelly
,
Yossi Farjoun
,
Steven Ferriera
,
Laurent Francioli
,
Stacey Gabriel
,
Laura Gauthier
,
Jeff Gentry
,
Namrata Gupta
,
Thibault Jeandet
,
Diane Kaplan
,
Konrad Karczewski
,
Kristen Laricchia
,
Christopher Llanwarne
,
Eric Minikel
,
Ruchi Munshi
,
Benjamin Neale
,
Sam Novod
,
Anne O’donnell-Luria
,
Nikelle Petrillo
,
Timothy Poterba
,
David Roazen
,
Valentin Ruano-Rubio
,
Andrea Saltzman
,
Kaitlin Samocha
,
Molly Schleicher
,
Cotton Seed
,
Matthew Solomonson
,
Jose Soto
,
Grace Tiao
,
Kathleen Tibbetts
,
Charlotte Tolonen
,
Christopher Vittal
,
Gordon Wade
,
Arcturus Wang
,
Qingbo Wang
,
James Ware
,
Nicholas Watts
,
Ben Weisburd
,
Nicola Whiffin
,
Carlos Salinas
,
Tariq Ahmad
,
Christine Albert
,
Diego Ardissino
,
Gil Atzmon
,
John Barnard
,
Laurent Beaugerie
,
Emelia Benjamin
,
Michael Boehnke
,
Lori Bonnycastle
,
Erwin Bottinger
,
Donald Bowden
,
Matthew Bown
,
John Chambers
,
Juliana Chan
,
Daniel Chasman
,
Judy Cho
,
Mina Chung
,
Bruce Cohen
,
Adolfo Correa
,
Dana Dabelea
,
Mark Daly
,
Dawood Darbar
,
Ravindranath Duggirala
,
Josée Dupuis
,
Patrick Ellinor
,
Roberto Elosua
,
Jeanette Erdmann
,
Tõnu Esko
,
Martti Färkkilä
,
Jose Florez
,
Andre Franke
,
Gad Getz
,
Benjamin Glaser
,
Stephen Glatt
,
David Goldstein
,
Clicerio Gonzalez
,
Leif Groop
,
Christopher Haiman
,
Craig Hanis
,
Matthew Harms
,
Mikko Hiltunen
,
Matti Holi
,
Christina Hultman
,
Mikko Kallela
,
Jaakko Kaprio
,
Sekar Kathiresan
,
Bong-Jo Kim
,
Young Jin Kim
,
George Kirov
,
Jaspal Kooner
,
Seppo Koskinen
,
Harlan Krumholz
,
Subra Kugathasan
,
Soo Heon Kwak
,
Markku Laakso
,
Terho Lehtimäki
,
Ruth Loos
,
Steven Lubitz
,
Ronald Ma
,
Daniel Macarthur
,
Jaume Marrugat
,
Kari Mattila
,
Steven Mccarroll
,
Mark Mccarthy
,
Dermot Mcgovern
,
Ruth Mcpherson
,
James Meigs
,
Olle Melander
,
Andres Metspalu
,
Benjamin Neale
,
Peter Nilsson
,
Michael O’donovan
,
Dost Ongur
,
Lorena Orozco
,
Michael Owen
,
Colin Palmer
,
Aarno Palotie
,
Kyong Soo Park
,
Carlos Pato
,
Ann Pulver
,
Nazneen Rahman
,
Anne Remes
,
John Rioux
,
Samuli Ripatti
,
Dan Roden
,
Danish Saleheen
,
Veikko Salomaa
,
Nilesh Samani
,
Jeremiah Scharf
,
Heribert Schunkert
,
Moore Shoemaker
,
Pamela Sklar
,
Hilkka Soininen
,
Harry Sokol
(1)
,
Tim Spector
,
Patrick Sullivan
,
Jaana Suvisaari
,
E. Shyong Tai
,
Yik Ying Teo
,
Tuomi Tiinamaija
,
Ming Tsuang
,
Dan Turner
,
Teresa Tusie-Luna
,
Erkki Vartiainen
,
Marquis Vawter
,
James Ware
,
Hugh Watkins
,
Rinse Weersma
,
Maija Wessman
,
James Wilson
,
Ramnik Xavier
,
Kent Taylor
,
Henry Lin
,
Stephen Rich
,
Wendy Post
,
Yii-Der Ida Chen
,
Jerome Rotter
,
Chad Nusbaum
,
Anthony Philippakis
,
Eric Lander
,
Stacey Gabriel
,
Benjamin Neale
,
Sekar Kathiresan
,
Mark Daly
,
Eric Banks
,
Daniel Macarthur
,
Michael Talkowski
Ryan Collins
- Fonction : Auteur
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Harrison Brand
- Fonction : Auteur
Konrad Karczewski
- Fonction : Auteur
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Xuefang Zhao
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1229335
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Jessica Alföldi
- Fonction : Auteur
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Laurent Francioli
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1229337
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Amit Khera
- Fonction : Auteur
Chelsea Lowther
- Fonction : Auteur
Laura Gauthier
- Fonction : Auteur
Harold Wang
- Fonction : Auteur
Nicholas Watts
- Fonction : Auteur
Matthew Solomonson
- Fonction : Auteur
Anne O’donnell-Luria
- Fonction : Auteur
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Alexander Baumann
- Fonction : Auteur
Ruchi Munshi
- Fonction : Auteur
Mark Walker
- Fonction : Auteur
Christopher Whelan
- Fonction : Auteur
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Yongqing Huang
- Fonction : Auteur
Ted Brookings
- Fonction : Auteur
Ted Sharpe
- Fonction : Auteur
Matthew Stone
- Fonction : Auteur
Elise Valkanas
- Fonction : Auteur
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Jack Fu
- Fonction : Auteur
Grace Tiao
- Fonction : Auteur
Kristen Laricchia
- Fonction : Auteur
Valentin Ruano-Rubio
- Fonction : Auteur
Christine Stevens
- Fonction : Auteur
Namrata Gupta
- Fonction : Auteur
Caroline Cusick
- Fonction : Auteur
Lauren Margolin
- Fonction : Auteur
Jessica Alföldi
- Fonction : Auteur
Irina Armean
- Fonction : Auteur
Eric Banks
- Fonction : Auteur
Louis Bergelson
- Fonction : Auteur
Kristian Cibulskis
- Fonction : Auteur
Ryan Collins
- Fonction : Auteur
Kristen Connolly
- Fonction : Auteur
Miguel Covarrubias
- Fonction : Auteur
Beryl Cummings
- Fonction : Auteur
Mark Daly
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Stacey Donnelly
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Yossi Farjoun
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Steven Ferriera
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Laurent Francioli
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Stacey Gabriel
- Fonction : Auteur
Laura Gauthier
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Jeff Gentry
- Fonction : Auteur
Namrata Gupta
- Fonction : Auteur
Thibault Jeandet
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Diane Kaplan
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Konrad Karczewski
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Kristen Laricchia
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Christopher Llanwarne
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Eric Minikel
- Fonction : Auteur
Ruchi Munshi
- Fonction : Auteur
Benjamin Neale
- Fonction : Auteur
Sam Novod
- Fonction : Auteur
Anne O’donnell-Luria
- Fonction : Auteur
Nikelle Petrillo
- Fonction : Auteur
Timothy Poterba
- Fonction : Auteur
David Roazen
- Fonction : Auteur
Valentin Ruano-Rubio
- Fonction : Auteur
Andrea Saltzman
- Fonction : Auteur
Kaitlin Samocha
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Molly Schleicher
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Cotton Seed
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Matthew Solomonson
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Jose Soto
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Grace Tiao
- Fonction : Auteur
Kathleen Tibbetts
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Charlotte Tolonen
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Christopher Vittal
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Gordon Wade
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Arcturus Wang
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Qingbo Wang
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James Ware
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Nicholas Watts
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Ben Weisburd
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Nicola Whiffin
- Fonction : Auteur
Carlos Salinas
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Tariq Ahmad
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Christine Albert
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Diego Ardissino
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Gil Atzmon
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John Barnard
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Laurent Beaugerie
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Emelia Benjamin
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Michael Boehnke
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Lori Bonnycastle
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Erwin Bottinger
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Donald Bowden
- Fonction : Auteur
Matthew Bown
- Fonction : Auteur
John Chambers
- Fonction : Auteur
Juliana Chan
- Fonction : Auteur
Daniel Chasman
- Fonction : Auteur
Judy Cho
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Mina Chung
- Fonction : Auteur
Bruce Cohen
- Fonction : Auteur
Adolfo Correa
- Fonction : Auteur
Dana Dabelea
- Fonction : Auteur
Mark Daly
- Fonction : Auteur
Dawood Darbar
- Fonction : Auteur
Ravindranath Duggirala
- Fonction : Auteur
Josée Dupuis
- Fonction : Auteur
Patrick Ellinor
- Fonction : Auteur
Roberto Elosua
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Jeanette Erdmann
- Fonction : Auteur
Tõnu Esko
- Fonction : Auteur
Martti Färkkilä
- Fonction : Auteur
Jose Florez
- Fonction : Auteur
Andre Franke
- Fonction : Auteur
Gad Getz
- Fonction : Auteur
Benjamin Glaser
- Fonction : Auteur
Stephen Glatt
- Fonction : Auteur
David Goldstein
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Clicerio Gonzalez
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Leif Groop
- Fonction : Auteur
Christopher Haiman
- Fonction : Auteur
Craig Hanis
- Fonction : Auteur
Matthew Harms
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Mikko Hiltunen
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Matti Holi
- Fonction : Auteur
Christina Hultman
- Fonction : Auteur
Mikko Kallela
- Fonction : Auteur
Jaakko Kaprio
- Fonction : Auteur
Sekar Kathiresan
- Fonction : Auteur
Bong-Jo Kim
- Fonction : Auteur
Young Jin Kim
- Fonction : Auteur
George Kirov
- Fonction : Auteur
Jaspal Kooner
- Fonction : Auteur
Seppo Koskinen
- Fonction : Auteur
Harlan Krumholz
- Fonction : Auteur
Subra Kugathasan
- Fonction : Auteur
Soo Heon Kwak
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Markku Laakso
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Terho Lehtimäki
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Ruth Loos
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Steven Lubitz
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Ronald Ma
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Daniel Macarthur
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Jaume Marrugat
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Kari Mattila
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Steven Mccarroll
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Mark Mccarthy
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Dermot Mcgovern
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Ruth Mcpherson
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James Meigs
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Olle Melander
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Andres Metspalu
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Benjamin Neale
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Peter Nilsson
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Michael O’donovan
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Dost Ongur
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Michael Owen
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Colin Palmer
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Aarno Palotie
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Kyong Soo Park
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Carlos Pato
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Ann Pulver
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Nazneen Rahman
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Anne Remes
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John Rioux
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Samuli Ripatti
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Dan Roden
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Veikko Salomaa
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Nilesh Samani
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Jeremiah Scharf
- Fonction : Auteur
Heribert Schunkert
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Moore Shoemaker
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Pamela Sklar
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Hilkka Soininen
- Fonction : Auteur
Harry Sokol
- Fonction : Auteur
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Tim Spector
- Fonction : Auteur
Patrick Sullivan
- Fonction : Auteur
Jaana Suvisaari
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Tuomi Tiinamaija
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Ming Tsuang
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Hugh Watkins
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Rinse Weersma
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Maija Wessman
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James Wilson
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Ramnik Xavier
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Kent Taylor
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Henry Lin
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Chad Nusbaum
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Anthony Philippakis
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Sekar Kathiresan
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Mark Daly
- Fonction : Auteur
Eric Banks
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Michael Talkowski
- Fonction : Auteur
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Résumé
Abstract Structural variants (SVs) rearrange large segments of DNA 1 and can have profound consequences in evolution and human disease 2,3 . As national biobanks, disease-association studies, and clinical genetic testing have grown increasingly reliant on genome sequencing, population references such as the Genome Aggregation Database (gnomAD) 4 have become integral in the interpretation of single-nucleotide variants (SNVs) 5 . However, there are no reference maps of SVs from high-coverage genome sequencing comparable to those for SNVs. Here we present a reference of sequence-resolved SVs constructed from 14,891 genomes across diverse global populations (54% non-European) in gnomAD. We discovered a rich and complex landscape of 433,371 SVs, from which we estimate that SVs are responsible for 25–29% of all rare protein-truncating events per genome. We found strong correlations between natural selection against damaging SNVs and rare SVs that disrupt or duplicate protein-coding sequence, which suggests that genes that are highly intolerant to loss-of-function are also sensitive to increased dosage 6 . We also uncovered modest selection against noncoding SVs in cis -regulatory elements, although selection against protein-truncating SVs was stronger than all noncoding effects. Finally, we identified very large (over one megabase), rare SVs in 3.9% of samples, and estimate that 0.13% of individuals may carry an SV that meets the existing criteria for clinically important incidental findings 7 . This SV resource is freely distributed via the gnomAD browser 8 and will have broad utility in population genetics, disease-association studies, and diagnostic screening.