La stratégie actuelle de surveillance de la contamination des eaux superficielles par les pesticides est majoritairement basée sur la méthode d’échantillonnage ponctuel. Un échantillon ponctuel est un échantillon d’eau prélevé en un point et à un temps donné. Ainsi, la représentativité d’un prélèvement dépend directement des conditions lors de sa réalisation. La fréquence des prélèvements a donc un rôle primordial, puisqu’elle permettra d’identifier les résultats aberrants et la concentration moyenne annuelle sera alors un paramètre pertinent. Sur les petits cours d’eau, les concentrations en polluants sont susceptibles de varier rapidement en fonction des rejets sur quelques heures et/ou sur quelques kms. Ils ne sont donc pas suivis par les réseaux de surveillance. Le suivi sur le long terme de la contamination du milieu par les pesticides sur ces petits cours d’eau reste pourtant une action indispensable à mener, car ils permettent d’anticiper les pics de contamination. Travailler à l’échelle du petit bassin versant permet également d’avoir une meilleure connaissance des usages sur le bassin, d’avoir une réactivité plus rapide dans le système sol – nappe - rivière et d’aider à la calibration des modèles (Queyrel et al., 2016). L’objectif de ce travail a été dans un premier temps de réaliser un bilan de transfert sur le long terme en considérant les usages phytosanitaires depuis les années 70 et les flux d’exportation à l’exutoire sur une période de 12 ans. La comparaison des substances interdites avec celles toujours homologuées et celles nouvellement (re)mises sur le marché nous renseigne sur la capacité de stockage du bassin versant et la variabilité inter et infra annuelle.