Exome sequencing identifies rare damaging variants in ATP8B4 and ABCA1 as risk factors for Alzheimer's disease - Archive ouverte HAL
Article Dans Une Revue Nature Genetics Année : 2022

Exome sequencing identifies rare damaging variants in ATP8B4 and ABCA1 as risk factors for Alzheimer's disease

Henne Holstege (1, 2) , Marc Hulsman (1, 2) , Camille Charbonnier (3) , Benjamin Grenier-Boley (4) , Olivier Quenez (3, 5) , Detelina Grozeva (6, 7) , Jeroen G. J. van Rooij (8) , Rebecca Sims (7) , Shahzad Ahmad (8, 9) , Najaf Amin (8) , Penny J. Norsworthy , Oriol Dols-Icardo , Holger Hummerich , Amit Kawalia (10) , Philippe Amouyel (4) , Gary W. Beecham , Claudine Berr (11) , Joshua C. Bis (12) , Anne Boland (13) , Paola Bossù (14) , Femke Bouwman , Jose Bras , Dominique Campion , J. Nicholas Cochran , Antonio Daniele , Jean-Francois Dartigues (15) , Stephanie Debette (15) , Jean-Francois Deleuze , Nicola Denning , Anita L. Destefano , Lindsay A. Farrer , Maria Victoria Fernandez , Nick C. Fox , Daniela Galimberti , Emmanuelle Genin (16) , Johan J. P. Gille , Yann Le Guen , Rita Guerreiro , Jonathan L. Haines , Clive Holmes , M. Arfan Ikram , M. Kamran Ikram , Iris E. Jansen , Robert Kraaij , Marc Lathrop , Afina W. Lemstra , Alberto Lleo , Lauren Luckcuck , Marcel M. A. M. Mannens , Rachel Marshall , Eden R. Martin , Carlo Masullo , Richard Mayeux , Patrizia Mecocci , Alun Meggy , Merel O. Mol , Kevin Morgan , Richard M. Myers , Benedetta Nacmias , Adam C. Naj , Valerio Napolioni , Florence Pasquier , Pau Pastor , Margaret A. Pericak-Vance , Rachel Raybould , Richard Redon , Marcel J. T. Reinders , Anne-Claire Richard , Steffi G. Riedel-Heller , Fernando Rivadeneira , Stephane Rousseau , Natalie S. Ryan , Salha Saad , Pascual Sanchez-Juan , Gerard D. Schellenberg , Philip Scheltens , Jonathan M. Schott , Davide Seripa , Sudha Seshadri , Daoud Sie , Erik A. Sistermans , Sandro Sorbi , Resie van Spaendonk , Gianfranco Spalletta , Niccolo’ Tesi , Betty Tijms , Andre G. Uitterlinden , Sven J. van der Lee , Pieter Jelle Visser , Michael Wagner , David Wallon , Li-San Wang , Aline Zarea , Jordi Clarimon , John C. van Swieten , Michael D. Greicius , Jennifer S. Yokoyama , Carlos Cruchaga , John Hardy , Alfredo Ramirez , Simon Mead , Wiesje M. van der Flier , Cornelia M. van Duijn , Julie Williams , Gael Nicolas , Celine Bellenguez , Jean-Charles Lambert
Henne Holstege
  • Fonction : Auteur
Amsterdam University Medical Centers
Vrije Universiteit Amsterdam [Amsterdam]
Marc Hulsman
  • Fonction : Auteur
Amsterdam University Medical Centers
Vrije Universiteit Amsterdam [Amsterdam]
Camille Charbonnier
  • Fonction : Auteur
Génomique et Médecine Personnalisée du Cancer et des Maladies Neuropsychiatriques
Benjamin Grenier-Boley
  • Fonction : Auteur
Centre Hospitalier Régional Universitaire [CHU Lille]
Olivier Quenez
  • Fonction : Auteur
Génomique et Médecine Personnalisée du Cancer et des Maladies Neuropsychiatriques
CHU Rouen
Detelina Grozeva
  • Fonction : Auteur
University of Cambridge [UK]
Cardiff University
Jeroen G. J. van Rooij
  • Fonction : Auteur
Erasmus University Medical Center [Rotterdam]
Rebecca Sims
  • Fonction : Auteur
Cardiff University
Shahzad Ahmad
  • Fonction : Auteur
Erasmus University Medical Center [Rotterdam]
Universiteit Leiden = Leiden University
Najaf Amin
  • Fonction : Auteur
Erasmus University Medical Center [Rotterdam]
Penny J. Norsworthy
  • Fonction : Auteur
Oriol Dols-Icardo
  • Fonction : Auteur
Holger Hummerich
  • Fonction : Auteur
Amit Kawalia
  • Fonction : Auteur
Cologne Center for Genomics [Cologne]
Philippe Amouyel
  • Fonction : Auteur
Centre Hospitalier Régional Universitaire [CHU Lille]
Gary W. Beecham
  • Fonction : Auteur
Claudine Berr
  • Fonction : Auteur
Institut des Neurosciences de Montpellier
Joshua C. Bis
  • Fonction : Auteur
University of Washington [Seattle]
Anne Boland
  • Fonction : Auteur
Centre National de Recherche en Génomique Humaine
Paola Bossù
  • Fonction : Auteur
Santa Lucia Foundation
Femke Bouwman
  • Fonction : Auteur
Jose Bras
  • Fonction : Auteur
Dominique Campion
  • Fonction : Auteur
J. Nicholas Cochran
  • Fonction : Auteur
Antonio Daniele
  • Fonction : Auteur
Jean-Francois Dartigues
  • Fonction : Auteur
Bordeaux population health
Stephanie Debette
  • Fonction : Auteur
Bordeaux population health
Jean-Francois Deleuze
  • Fonction : Auteur
Nicola Denning
  • Fonction : Auteur
Anita L. Destefano
  • Fonction : Auteur
Lindsay A. Farrer
  • Fonction : Auteur
Maria Victoria Fernandez
  • Fonction : Auteur
Nick C. Fox
  • Fonction : Auteur
Daniela Galimberti
  • Fonction : Auteur
Emmanuelle Genin
Génétique, génomique fonctionnelle et biotechnologies (UMR 1078)
Johan J. P. Gille
  • Fonction : Auteur
Yann Le Guen
  • Fonction : Auteur
Rita Guerreiro
  • Fonction : Auteur
Jonathan L. Haines
  • Fonction : Auteur
Clive Holmes
  • Fonction : Auteur
M. Arfan Ikram
  • Fonction : Auteur
M. Kamran Ikram
  • Fonction : Auteur
Iris E. Jansen
  • Fonction : Auteur
Robert Kraaij
  • Fonction : Auteur
Marc Lathrop
  • Fonction : Auteur
Afina W. Lemstra
  • Fonction : Auteur
Alberto Lleo
  • Fonction : Auteur
Lauren Luckcuck
  • Fonction : Auteur
Marcel M. A. M. Mannens
  • Fonction : Auteur
Rachel Marshall
  • Fonction : Auteur
Eden R. Martin
  • Fonction : Auteur
Carlo Masullo
  • Fonction : Auteur
Richard Mayeux
  • Fonction : Auteur
Patrizia Mecocci
  • Fonction : Auteur
Alun Meggy
  • Fonction : Auteur
Merel O. Mol
  • Fonction : Auteur
Kevin Morgan
  • Fonction : Auteur
Richard M. Myers
  • Fonction : Auteur
Benedetta Nacmias
  • Fonction : Auteur
Adam C. Naj
  • Fonction : Auteur
Valerio Napolioni
  • Fonction : Auteur
Florence Pasquier
  • Fonction : Auteur
Pau Pastor
  • Fonction : Auteur
Margaret A. Pericak-Vance
  • Fonction : Auteur
Rachel Raybould
  • Fonction : Auteur
Richard Redon
  • Fonction : Auteur
Marcel J. T. Reinders
  • Fonction : Auteur
Anne-Claire Richard
  • Fonction : Auteur
Steffi G. Riedel-Heller
  • Fonction : Auteur
Fernando Rivadeneira
  • Fonction : Auteur
Stephane Rousseau
  • Fonction : Auteur
Natalie S. Ryan
  • Fonction : Auteur
Salha Saad
  • Fonction : Auteur
Pascual Sanchez-Juan
  • Fonction : Auteur
Gerard D. Schellenberg
  • Fonction : Auteur
Philip Scheltens
  • Fonction : Auteur
Jonathan M. Schott
  • Fonction : Auteur
Davide Seripa
  • Fonction : Auteur
Sudha Seshadri
  • Fonction : Auteur
Daoud Sie
  • Fonction : Auteur
Erik A. Sistermans
  • Fonction : Auteur
Sandro Sorbi
  • Fonction : Auteur
Resie van Spaendonk
  • Fonction : Auteur
Gianfranco Spalletta
  • Fonction : Auteur
Niccolo’ Tesi
  • Fonction : Auteur
Betty Tijms
  • Fonction : Auteur
Andre G. Uitterlinden
  • Fonction : Auteur
Sven J. van der Lee
  • Fonction : Auteur
Pieter Jelle Visser
  • Fonction : Auteur
Michael Wagner
  • Fonction : Auteur
David Wallon
  • Fonction : Auteur
Li-San Wang
  • Fonction : Auteur
Aline Zarea
  • Fonction : Auteur
Jordi Clarimon
  • Fonction : Auteur
John C. van Swieten
  • Fonction : Auteur
Michael D. Greicius
  • Fonction : Auteur
Jennifer S. Yokoyama
  • Fonction : Auteur
Carlos Cruchaga
  • Fonction : Auteur
John Hardy
  • Fonction : Auteur
Alfredo Ramirez
  • Fonction : Auteur
Simon Mead
  • Fonction : Auteur
Wiesje M. van der Flier
  • Fonction : Auteur
Cornelia M. van Duijn
  • Fonction : Auteur
Julie Williams
  • Fonction : Auteur
Gael Nicolas
  • Fonction : Auteur
Celine Bellenguez
Jean-Charles Lambert
  • Fonction : Auteur

Résumé

Alzheimer's disease (AD), the leading cause of dementia, has an estimated heritability of approximately 70%(1). The genetic component of AD has been mainly assessed using genome-wide association studies, which do not capture the risk contributed by rare variants(2). Here, we compared the gene-based burden of rare damaging variants in exome sequencing data from 32,558 individuals-16,036 AD cases and 16,522 controls. Next to variants in TREM2, SORL1 and ABCA7, we observed a significant association of rare, predicted damaging variants in ATP8B4 and ABCA1 with AD risk, and a suggestive signal in ADAM10. Additionally, the rare-variant burden in RIN3, CLU, ZCWPW1 and ACE highlighted these genes as potential drivers of respective AD-genome-wide association study loci. Variants associated with the strongest effect on AD risk, in particular loss-of-function variants, are enriched in early-onset AD cases. Our results provide additional evidence for a major role for amyloid-β precursor protein processing, amyloid-β aggregation, lipid metabolism and microglial function in AD.

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Soumis le : jeudi 15 décembre 2022-12:01:05

Dernière modification le : jeudi 7 novembre 2024-16:14:03

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Citer

Henne Holstege, Marc Hulsman, Camille Charbonnier, Benjamin Grenier-Boley, Olivier Quenez, et al.. Exome sequencing identifies rare damaging variants in ATP8B4 and ABCA1 as risk factors for Alzheimer's disease. Nature Genetics, 2022, 54, pp.1786-1794. ⟨10.1038/s41588-022-01208-7⟩. ⟨hal-03900692⟩

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