Il est maintenant bien établi que les virus ont joué un rôle important dans l’évolution des eucaryotes modernes. Dans cette revue, nous commentons le rôle qu’ils ont pu jouer dans l’eucaryogenèse. Nous discutons les analyses phylogénétiques qui mettent en évidence l’origine virale de plusieurs protéines clés de la biologie moléculaire des eucaryotes et des observations récentes qui, par analogie, pourraient suggérer une origine virale du noyau cellulaire. Nous mettons en parallèle la complexité des eucaryotes avec l’unicité de leur virosphère et avançons l’hypothèse selon laquelle des mécanismes de la différenciation cellulaire auraient leur source dans ceux mis en œuvre par les virus pour transformer les cellules infectées en cellules virales.