Les fouilles menées depuis 1999 par la Mission archéologique française dans le secteur du Qasr al-Bint ont révélé des niveaux d'habitat antérieurs à la construction de l'ensemble cultuel. Comme dans les niveaux déjà identifiés dans les divers sondages pratiqués le long de la colonnade vers l'est, le matériel associé à ces installations renvoie aux 3e-1er siècles avant l'ère chrétienne. A ces dates, la rive du wadi Musa était donc déjà occupée par un habitat bien bâti, complexe et relativement dense.