Le chaos croissant de la génomique des populations des bacilles de la tuberculose à l'ère des big data
Résumé
Le séquençage toujours plus important de souches de Mycobacterium
tuberculosis (plus de 100000 génomes sont actuellement disponibles)
devrait en théorie nous permettre une meilleure connaissance des
diverses lignées existantes de cette bactérie, qui à l'heure du
séquençage haut débit se définissent dorénavant en termes de mutations
génomiques. Cependant, les propositions de lignées se suivent (Coll,
puis Napier et Freschi, au cours des cinq dernières années), mais ne se
ressemblent pas. Plus exactement, ces définitions proposées sont
incompatibles entre elles quand on regarde dans les détails, et
certaines deviennent inutilisables car trop complexes. Enfin, de
nombreuses définitions de lignées proposées s'avèrent après coup
erronées, quand on les applique à de nouveaux génomes séquencés. Le but
de cette communication est de faire état de ce désordre dans la
nomenclature, et d'appeler à un travail en profondeur permettant
d'obtenir enfin une norme solide pour l'établissement des lignées chez
M.tuberculosis.