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Article Dans Une Revue Science Année : 2021

A year of genomic surveillance reveals how the SARS-CoV-2 pandemic unfolded in Africa

Eduan Wilkinson (1, 2) , Marta Giovanetti (3, 4) , Houriiyah Tegally (1) , James E. San (1) , Richard Lessells (1) , Diego Cuadros (5) , Darren P. Martin (6) , David A. Rasmussen (7) , Abdel-Rahman Zekri , Abdoul Sangare , Abdoul-Salam Ouedraogo , Abdul Sesay , Abechi Priscilla , Adedotun-Sulaiman Kemi , Adewunmi Olubusuyi , Adeyemi Oluwapelumi , Adnène Hammami , Adrienne Amuri , Ahmad Sayed , Ahmed Ouma , Aida Elargoubi , Nnennaya Ajayi , Ajogbasile Victoria , Akano Kazeem , Akpede George , Alexander Trotter , Ali Yahaya , Alpha K. Keita (8) , Amadou Diallo (9) , Amadou Kone , Amal Souissi , Amel Chtourou , Ana Gutierrez , Andrew Page , Anika Vinze , Arash Iranzadeh , Arnold Lambisia , Arshad Ismail , Audu Rosemary , Augustina Sylverken , Ayoade Femi , Azeddine Ibrahimi , Baba Marycelin , Bamidele Oderinde , Bankole Bolajoko , Beatrice Dhaala , Belinda Herring , Berthe-Marie Njanpop-Lafourcade , Bronwyn Kleinhans , Bronwyn Mcinnis , Bryan Tegomoh , Cara Brook (10, 11) , Catherine Pratt , Cathrine Scheepers , Chantal Akoua-Koffi , Charles Agoti , Christophe Peyrefitte (9) , Claudia Daubenberger , Collins Morang’a , D. James Nokes , Daniel Amoako , Daniel Bugembe , Danny Park , David Baker , Deelan Doolabh , Deogratius Ssemwanga , Derek Tshiabuila , Diarra Bassirou (9) , Dominic Amuzu , Dominique Goedhals , Donwilliams Omuoyo , Dorcas Maruapula , Ebenezer Foster-Nyarko , Eddy Lusamaki , Edgar Simulundu , Edidah Ong’era , Edith Ngabana , Edwin Shumba , Elmostafa El Fahime , Emmanuel Lokilo , Enatha Mukantwari , Eromon Philomena , Essia Belarbi , Etienne Simon-Loriere (12) , Etilé Anoh , Fabian Leendertz , Faida Ajili , Fakayode Enoch , Fares Wasfi , Fatma Abdelmoula , Fausta Mosha , Faustinos Takawira , Fawzi Derrar , Feriel Bouzid , Folarin Onikepe , Fowotade Adeola , Francisca Muyembe , Frank Tanser , Fred Dratibi , Gabriel Mbunsu , Gaetan Thilliez , Gemma Kay , George Githinji , Gert van Zyl , Gordon Awandare , Grit Schubert , Gugu Maphalala , Hafaliana Ranaivoson (11) , Hajar Lemriss , Happi Anise , Haruka Abe , Hela Karray , Hellen Nansumba , Hesham Elgahzaly , Hlanai Gumbo , Ibtihel Smeti , Ikhlas Ayed , Ikponmwosa Odia , Ilhem Boutiba Ben Boubaker , Imed Gaaloul , Inbal Gazy , Innocent Mudau , Isaac Ssewanyana , Iyaloo Konstantinus , Jean Lekana-Douk , Jean-Claude Makangara , Jean-Jacques Tamfum , Jean-Michel Héraud (9, 11) , Jeffrey Shaffer , Jennifer Giandhari , Jingjing Li , Jiro Yasuda , Joana Mends , Jocelyn Kiconco , John Morobe , John Gyapong , Johnson Okolie , John Kayiwa , Johnathan Edwards , Jones Gyamfi , Jouali Farah , Joweria Nakaseegu , Joyce Ngoi , Joyce Namulondo , Julia Andeko , Julius Lutwama , Justin O’grady , Katherine Siddle , Kayode Adeyemi , Kefentse Tumedi , Khadija Said , Kim Hae-Young , Kwabena Duedu , Lahcen Belyamani , Lamia Fki-Berrajah , Lavanya Singh , Leonardo de O. Martins , Lynn Tyers , Magalutcheemee Ramuth , Maha Mastouri , Mahjoub Aouni , Mahmoud El Hefnawi , Maitshwarelo Matsheka , Malebogo Kebabonye , Mamadou Diop (9) , Manel Turki , Marietou Paye , Martin Nyaga , Mathabo Mareka , Matoke-Muhia Damaris , Maureen Mburu , Maximillian Mpina , Mba Nwando , Michael Owusu , Michael Wiley , Mirabeau Youtchou , Mitoha Ayekaba , Mohamed Abouelhoda , Mohamed Seadawy , Mohamed Khalifa , Mooko Sekhele , Mouna Ouadghiri , Moussa M. Diagne (9) , Mulenga Mwenda , Mushal Allam , My Phan , Nabil Abid , Nadia Touil , Nadine Rujeni , Najla Kharrat , Nalia Ismael , Ndongo Dia (9) , Nedio Mabunda , Nei-Yuan Hsiao , Nelson Silochi , Ngoy Nsenga , Nicksy Gumede , Nicola Mulder , Nnaemeka Ndodo , Norosoa H Razanajatovo (11) , Nosamiefan Iguosadolo , Oguzie Judith , Ojide Kingsley , Okogbenin Sylvanus , Okokhere Peter , Oladiji Femi , Olawoye Idowu , Olumade Testimony , Omoruyi Chukwuma , Onwe Ogah , Chika Onwuamah , Oshomah Cyril , Ousmane Faye (9) , Oyewale Tomori , Pascale Ondoa , Patrice Combe (13) , Patrick Semanda , Paul Oluniyi , Paulo Arnaldo , Peter Quashie , Philippe Dussart (11) , Phillip Bester , Placide Mbala , Reuben Ayivor-Djanie , Richard Njouom (14) , Richard Phillips , Richmond Gorman , Robert Kingsley , Rosina Carr , Saâd El Kabbaj , Saba Gargouri , Saber Masmoudi , Safietou Sankhe (9) , Salako Lawal , Samar Kassim , Sameh Trabelsi , Samar Metha , Sami Kammoun , Sanaâ Lemriss , Sara Agwa , Sébastien Calvignac-Spencer , Stephen Schaffner , Seydou Doumbia , Sheila Mandanda , Sherihane Aryeetey , Shymaa Ahmed , Siham Elhamoumi , Soafy Andriamandimby (11) , Sobajo Tope , Sonia Lekana-Douki , Sophie Prosolek , Soumeya Ouangraoua , Steve Mundeke , Steven Rudder , Sumir Panji , Sureshnee Pillay , Susan Engelbrecht , Susan Nabadda , Sylvie Behillil (15, 16) , Sylvie Budiaki , Sylvie van der Werf (15, 16) , Tapfumanei Mashe , Tarik Aanniz , Thabo Mohale , Thanh Le-Viet , Tobias Schindler , Ugochukwu Anyaneji , Ugwu Chinedu , Upasana Ramphal , Uwanibe Jessica , Uwem George , Vagner Fonseca , Vincent Enouf (15, 16) , Vivianne Gorova , Wael Roshdy , William Ampofo , Wolfgang Preiser , Wonderful Choga , Yaw Bediako , Yeshnee Naidoo , Yvan Butera , Zaydah de Laurent , Amadou A. Sall (9) , Ahmed Rebai (17) , Anne von Gottberg (18, 19) , Bourema Kouriba (20) , Carolyn Williamson (6, 21) , Daniel Bridges , Ihekweazu Chikwe , Jinal Bhiman , Madisa Mine , Matthew Cotten , Sikhulile Moyo , Simani Gaseitsiwe , Ngonda Saasa , Pardis Sabeti , Pontiano Kaleebu , Yenew Tebeje , Sofonias Tessema , Christian Happi , John Nkengasong , Tulio de Oliveira (1, 2, 21, 22)
Abdel-Rahman Zekri
Abdoul Sangare
  • Fonction : Auteur
Abdoul-Salam Ouedraogo
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Abdul Sesay
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Abechi Priscilla
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Adedotun-Sulaiman Kemi
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Adewunmi Olubusuyi
Adeyemi Oluwapelumi
Adnène Hammami
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Adrienne Amuri
Ahmad Sayed
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Ahmed Ouma
Aida Elargoubi
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Nnennaya Ajayi
Ajogbasile Victoria
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Akano Kazeem
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Akpede George
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Alexander Trotter
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Ali Yahaya
Amadou Diallo
Amadou Kone
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Amal Souissi
Amel Chtourou
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Ana Gutierrez
Andrew Page
Anika Vinze
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Arash Iranzadeh
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Arnold Lambisia
Arshad Ismail
Audu Rosemary
Augustina Sylverken
Ayoade Femi
Azeddine Ibrahimi
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Baba Marycelin
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Bamidele Oderinde
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Bankole Bolajoko
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Beatrice Dhaala
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Belinda Herring
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Bronwyn Kleinhans
Bronwyn Mcinnis
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Bryan Tegomoh
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Catherine Pratt
Cathrine Scheepers
Chantal Akoua-Koffi
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Charles Agoti
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Claudia Daubenberger
Collins Morang’a
D. James Nokes
Daniel Amoako
Daniel Bugembe
Danny Park
David Baker
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Deelan Doolabh
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Deogratius Ssemwanga
Derek Tshiabuila
Diarra Bassirou
Dominic Amuzu
Dominique Goedhals
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Donwilliams Omuoyo
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Dorcas Maruapula
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Ebenezer Foster-Nyarko
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Eddy Lusamaki
Edgar Simulundu
Edidah Ong’era
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Edith Ngabana
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Edwin Shumba
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Elmostafa El Fahime
Emmanuel Lokilo
Enatha Mukantwari
Eromon Philomena
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Essia Belarbi
Etilé Anoh
Fabian Leendertz
Faida Ajili
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Fakayode Enoch
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Fares Wasfi
Fatma Abdelmoula
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Fausta Mosha
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Faustinos Takawira
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Fawzi Derrar
Feriel Bouzid
Folarin Onikepe
Fowotade Adeola
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Francisca Muyembe
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Frank Tanser
Fred Dratibi
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Gabriel Mbunsu
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Gaetan Thilliez
Gemma Kay
George Githinji
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Gert van Zyl
Gordon Awandare
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Grit Schubert
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Gugu Maphalala
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Hafaliana Ranaivoson
Hajar Lemriss
Happi Anise
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Haruka Abe
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Hela Karray
Hellen Nansumba
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Hesham Elgahzaly
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Hlanai Gumbo
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Ibtihel Smeti
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Ikhlas Ayed
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Ikponmwosa Odia
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Ilhem Boutiba Ben Boubaker
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Imed Gaaloul
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Inbal Gazy
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Innocent Mudau
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Isaac Ssewanyana
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Iyaloo Konstantinus
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Jean Lekana-Douk
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Jean-Claude Makangara
Jean-Jacques Tamfum
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Jeffrey Shaffer
Jennifer Giandhari
Jingjing Li
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Jiro Yasuda
Joana Mends
Jocelyn Kiconco
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John Morobe
John Gyapong
Johnson Okolie
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John Kayiwa
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Johnathan Edwards
Jones Gyamfi
Jouali Farah
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Joweria Nakaseegu
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Joyce Ngoi
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Joyce Namulondo
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Julia Andeko
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Julius Lutwama
Justin O’grady
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Katherine Siddle
Kayode Adeyemi
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Kefentse Tumedi
Khadija Said
Kim Hae-Young
Kwabena Duedu
Lahcen Belyamani
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Lamia Fki-Berrajah
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Lavanya Singh
Leonardo de O. Martins
Lynn Tyers
Magalutcheemee Ramuth
Maha Mastouri
Mahjoub Aouni
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Mahmoud El Hefnawi
Maitshwarelo Matsheka
Malebogo Kebabonye
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Manel Turki
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Marietou Paye
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Martin Nyaga
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Mathabo Mareka
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Matoke-Muhia Damaris
Maureen Mburu
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Maximillian Mpina
Mba Nwando
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Michael Owusu
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Michael Wiley
Mirabeau Youtchou
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Mitoha Ayekaba
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Mohamed Abouelhoda
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Mohamed Seadawy
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Mohamed Khalifa
Mooko Sekhele
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Mouna Ouadghiri
Mulenga Mwenda
Mushal Allam
My Phan
Nabil Abid
Nadia Touil
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Nadine Rujeni
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Najla Kharrat
Nalia Ismael
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Nedio Mabunda
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Nei-Yuan Hsiao
Nelson Silochi
Ngoy Nsenga
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Nicksy Gumede
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Nicola Mulder
Nnaemeka Ndodo
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Nosamiefan Iguosadolo
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Oguzie Judith
Ojide Kingsley
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Okogbenin Sylvanus
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Okokhere Peter
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Oladiji Femi
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Olawoye Idowu
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Omoruyi Chukwuma
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Onwe Ogah
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Chika Onwuamah
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Ousmane Faye
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Patrick Semanda
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Placide Mbala
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Sanaâ Lemriss
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Steve Mundeke
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Thanh Le-Viet
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Ugochukwu Anyaneji
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Yeshnee Naidoo
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Zaydah de Laurent
Daniel Bridges
Ihekweazu Chikwe
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Jinal Bhiman
Madisa Mine
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Matthew Cotten
Sikhulile Moyo
Simani Gaseitsiwe
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Ngonda Saasa
Pardis Sabeti
Pontiano Kaleebu
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Yenew Tebeje
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Sofonias Tessema
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Christian Happi
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John Nkengasong
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Résumé

SARS-CoV-2 across Africa The impact of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pandemic has been hard to track in African countries, largely because of patchy data. Wilkinson et al . curated viral genomes collected in 2021 from several countries across the continent. Outbreaks during 2020 in each African country were initiated by imported cases, mostly from Europe. As the pandemic developed, case numbers in African countries were likely many times higher than reported, and subsequent waves of the pandemic appear to have been more severe. Consequently, high-transmission variants have emerged that have spread within the continent, and African countries must be included in global control efforts. —CA
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Origine : Publication financée par une institution

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hal-03772376 , version 1 (08-09-2022)

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Paternité

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Citer

Eduan Wilkinson, Marta Giovanetti, Houriiyah Tegally, James E. San, Richard Lessells, et al.. A year of genomic surveillance reveals how the SARS-CoV-2 pandemic unfolded in Africa. Science, 2021, 374 (6566), pp.423-431. ⟨10.1126/science.abj4336⟩. ⟨hal-03772376⟩
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