Genome structures resolve the early diversification of teleost fishes
Elise Parey
(1, 2)
,
Alexandra Louis
(3, 1)
,
Jérôme Montfort
(2)
,
Olivier Bouchez
(4)
,
Céline Roques
(4)
,
Carole Iampietro
(4, 5)
,
Jerome Lluch
(4)
,
Adrien Castinel
(4)
,
Cécile Donnadieu
(4)
,
Thomas Desvignes
(6)
,
Christabel Floi Bucao
(7, 8)
,
Elodie Jouanno
(2)
,
Ming Wen
(2, 9)
,
Sahar Mejri
(10)
,
Ron Dirks
(11)
,
Hans Jansen
(11)
,
Christiaan Henkel
(12, 13)
,
Wei-Jen Chen
(14)
,
Margot Zahm
(15)
,
Cédric Cabau
(15, 16)
,
Christophe Klopp
(17, 15)
,
Andrew Thompson
(18)
,
Marc Robinson-Rechavi
(7)
,
Ingo Braasch
(18)
,
Guillaume Lecointre
(19)
,
Julien Bobe
(2)
,
John Postlethwait
(6)
,
Camille Berthelot
(1, 20)
,
Hugues Roest Crollius
(1)
,
Yann Guiguen
(2)
1
IBENS -
Institut de biologie de l'ENS Paris
2 LPGP - Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons = Fish Physiology and Genomics Institute
3 DYOGEN - DYnamique et Organisation des GENomes - Equipe de l'IBENS
4 GeT-PlaGe - Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique
5 INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement
6 University of Oregon [Eugene]
7 UNIL - Université de Lausanne = University of Lausanne
8 SIB - Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne]
9 HNU - Hunan Normal University
10 Florida Atlantic University [Boca Raton]
11 Future Genomics Technologies
12 NMBU - Norwegian University of Life Sciences
13 Universiteit Leiden = Leiden University
14 Institute of Oceanography [Taipei]
15 GenPhySE - Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage
16 SIGENAE - Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage
17 Plateforme Bio-Informatique - Génotoul
18 Michigan State University [East Lansing]
19 ISYEB - Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité
20 Génomique fonctionnelle comparative - Comparative functional genomics
2 LPGP - Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons = Fish Physiology and Genomics Institute
3 DYOGEN - DYnamique et Organisation des GENomes - Equipe de l'IBENS
4 GeT-PlaGe - Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique
5 INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement
6 University of Oregon [Eugene]
7 UNIL - Université de Lausanne = University of Lausanne
8 SIB - Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne]
9 HNU - Hunan Normal University
10 Florida Atlantic University [Boca Raton]
11 Future Genomics Technologies
12 NMBU - Norwegian University of Life Sciences
13 Universiteit Leiden = Leiden University
14 Institute of Oceanography [Taipei]
15 GenPhySE - Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage
16 SIGENAE - Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage
17 Plateforme Bio-Informatique - Génotoul
18 Michigan State University [East Lansing]
19 ISYEB - Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité
20 Génomique fonctionnelle comparative - Comparative functional genomics
Elise Parey
- Fonction : Auteur
- PersonId : 744708
- IdHAL : elise-parey
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Alexandra Louis
- Fonction : Auteur
- PersonId : 748563
- IdHAL : alexandra-louis
- ORCID : 0000-0001-7032-5650
- IdRef : 067130488
Jérôme Montfort
- Fonction : Auteur
- PersonId : 739749
- IdHAL : jerome-montfort
Olivier Bouchez
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1151095
- IdHAL : obouchez
- ORCID : 0000-0002-7255-0058
Carole Iampietro
- Fonction : Auteur
- PersonId : 751860
- IdHAL : carole-iampietro
- ORCID : 0000-0002-8148-4785
- IdRef : 07510816X
Adrien Castinel
- Fonction : Auteur
- PersonId : 754699
- IdHAL : adrien-castinel
- ORCID : 0000-0001-7000-3408
Cécile Donnadieu
- Fonction : Auteur
- PersonId : 804071
- IdHAL : cdonnadieu
- ORCID : 0000-0002-5164-3095
Thomas Desvignes
- Fonction : Auteur
- PersonId : 808673
- ORCID : 0000-0001-5126-8785
Christabel Floi Bucao
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1160032
- ORCID : 0000-0001-6705-0940
Elodie Jouanno
- Fonction : Auteur
- PersonId : 740791
- IdHAL : elodiejouanno
- IdRef : 253131642
Ming Wen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1160033
- ORCID : 0000-0001-6625-4634
Sahar Mejri
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1160034
- ORCID : 0000-0002-3346-5934
Ron Dirks
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1160035
- ORCID : 0000-0003-4698-6170
Hans Jansen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1160036
- ORCID : 0000-0002-8563-4146
Christiaan Henkel
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1160037
- ORCID : 0000-0001-9838-8215
Wei-Jen Chen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 765443
- ORCID : 0000-0003-4751-7632
- IdRef : 164909494
Margot Zahm
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802414
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Cédric Cabau
- Fonction : Auteur
- PersonId : 736396
- IdHAL : cedric-cabau
- ORCID : 0000-0001-8560-4003
- IdRef : 236613405
Christophe Klopp
- Fonction : Auteur
- PersonId : 735911
- IdHAL : 0000-0001-7126-5477
- ORCID : 0000-0001-7126-5477
Andrew Thompson
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1160038
- ORCID : 0000-0002-1198-6130
Marc Robinson-Rechavi
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1160039
- ORCID : 0000-0002-3437-3329
Ingo Braasch
- Fonction : Auteur
- PersonId : 801195
- ORCID : 0000-0003-4766-611X
Guillaume Lecointre
- Fonction : Auteur
- PersonId : 737422
- IdHAL : guillaume-lecointre
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Julien Bobe
- Fonction : Auteur
- PersonId : 739882
- IdHAL : julien-bobe
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- IdRef : 111700884
John Postlethwait
- Fonction : Auteur
- PersonId : 791493
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Camille Berthelot
- Fonction : Auteur
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Hugues Roest Crollius
- Fonction : Auteur
- PersonId : 175223
- IdHAL : hugues-roest-crollius
- ORCID : 0000-0002-8209-173X
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Yann Guiguen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 739883
- IdHAL : yann-guiguen
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- IdRef : 094996423
Résumé
Accurate species phylogenies are a prerequisite for evolutionary research. Teleosts are by far the largest and the most diversified group of extant vertebrates, but relationships among the three oldest lineages of extant teleosts remain unresolved. Based on seven high-quality new genome assemblies in Elopomorpha (tarpons, eels), we revisited the topology of the deepest branches of the teleost phylogeny using independent gene sequence and chromosomal rearrangement phylogenomic approaches. These analyses converged to a single scenario that unambiguously places the Elopomorpha and Osteoglossomorpha (bony-tongues) in a monophyletic group sister to all other teleosts, i.e., the Clupeocephala lineage. This finding resolves over 50 years of controversy on the evolutionary relationships of these lineages and highlights the power of combining different levels of genome-wide information to solve complex phylogenies. One-Sentence Summary Whole-genome analyses place Elopomorpha (tarpons, eels) and Osteoglossomorpha (bony-tongues) as sister groups at the deepest branching of crown teleosts.
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)
Licence : CC BY NC - Paternité - Pas d'utilisation commerciale
Licence : CC BY NC - Paternité - Pas d'utilisation commerciale