Palaeogenomic analysis of black rat (Rattus rattus) reveals multiple European introductions associated with human economic history - Archive ouverte HAL
Article Dans Une Revue Nature Communications Année : 2022

Palaeogenomic analysis of black rat (Rattus rattus) reveals multiple European introductions associated with human economic history

He Yu (1) , Alexandra Jamieson (2) , Ardern Hulme-Beaman (3, 4) , Chris Conroy (5) , Becky Knight , Camilla Speller , Hiba Al-Jarah , Heidi Eager , Alexandra Trinks , Gamini Adikari , Henriette Baron , Beate Böhlendorf-Arslan , Wijerathne Bohingamuwa , Alison Crowther (1, 6) , Thomas Cucchi (7) , Kinie Esser , Jeffrey Fleisher , Louisa Gidney (8) , Elena Gladilina , Pavel Gol’din (9) , Steven Goodman (10) , Sheila Hamilton-Dyer , Richard Helm , Jesse Hillman , Nabil Kallala , Hanna Kivikero , Zsófia Kovács , Günther Karl Kunst , René Kyselý , Anna Linderholm , Bouthéina Maraoui-Telmini , Nemanja Marković , Arturo Morales-Muñiz , Mariana Nabais , Terry O’connor , Tarek Oueslati (11) , Eréndira Quintana Morales , Kerstin Pasda , Jude Perera , Nimal Perera , Silvia Radbauer , Joan Ramon , Eve Rannamäe , Joan Sanmartí Grego , Edward Treasure , Silvia Valenzuela-Lamas , Inge van der Jagt , Wim van Neer , Jean-Denis Vigne (7) , Thomas Walker , Stephanie Wynne-Jones , Jørn Zeiler , Keith Dobney , Nicole Boivin , Jeremy Searle , Ben Krause-Kyora , Johannes Krause , Greger Larson , David Orton
He Yu
  • Fonction : Auteur
Max Planck Institute for the Science of Human History
Alexandra Jamieson
Research Laboratory for Archaeology and the History of Art [Oxford]
Ardern Hulme-Beaman
University of Liverpool
Liverpool John Moores University
Chris Conroy
Museum of Vertebrate Zoology [Berkeley]
Becky Knight
  • Fonction : Auteur
Camilla Speller
  • Fonction : Auteur
Hiba Al-Jarah
  • Fonction : Auteur
Heidi Eager
  • Fonction : Auteur
Alexandra Trinks
  • Fonction : Auteur
Gamini Adikari
  • Fonction : Auteur
Henriette Baron
  • Fonction : Auteur
Beate Böhlendorf-Arslan
  • Fonction : Auteur
Wijerathne Bohingamuwa
Alison Crowther
  • Fonction : Auteur
Max Planck Institute for the Science of Human History
School of Social Science, University of Queensland
Thomas Cucchi
Archéozoologie, archéobotanique : sociétés, pratiques et environnements
CV
Kinie Esser
  • Fonction : Auteur
Jeffrey Fleisher
Louisa Gidney
  • Fonction : Auteur
Rent a Peasant
Elena Gladilina
  • Fonction : Auteur
Pavel Gol’din
National Academy of Sciences of Ukraine = Національна академія наук України = Académie nationale des sciences d'Ukraine
Steven Goodman
Field Museum of Natural History [Chicago, USA]
Sheila Hamilton-Dyer
  • Fonction : Auteur
Richard Helm
Jesse Hillman
  • Fonction : Auteur
Nabil Kallala
  • Fonction : Auteur
Hanna Kivikero
  • Fonction : Auteur
Zsófia Kovács
  • Fonction : Auteur
Günther Karl Kunst
  • Fonction : Auteur
René Kyselý
Anna Linderholm
Bouthéina Maraoui-Telmini
  • Fonction : Auteur
Nemanja Marković
Arturo Morales-Muñiz
  • Fonction : Auteur
Mariana Nabais
Terry O’connor
  • Fonction : Auteur
Tarek Oueslati
Histoire, Archéologie et Littérature des Mondes Anciens - UMR 8164
Eréndira Quintana Morales
Kerstin Pasda
Jude Perera
  • Fonction : Auteur
Nimal Perera
  • Fonction : Auteur
Silvia Radbauer
  • Fonction : Auteur
Joan Ramon
  • Fonction : Auteur
Eve Rannamäe
Joan Sanmartí Grego
  • Fonction : Auteur
Edward Treasure
  • Fonction : Auteur
Silvia Valenzuela-Lamas
Inge van der Jagt
  • Fonction : Auteur
Wim van Neer
Jean-Denis Vigne
Archéozoologie, archéobotanique : sociétés, pratiques et environnements
Thomas Walker
  • Fonction : Auteur
Stephanie Wynne-Jones
Jørn Zeiler
  • Fonction : Auteur
Keith Dobney
Nicole Boivin
Jeremy Searle
Ben Krause-Kyora
Johannes Krause
Greger Larson
David Orton

Résumé

The distribution of the black rat (Rattus rattus) has been heavily influenced by its association with humans. The dispersal history of this non-native commensal rodent across Europe, however, remains poorly understood, and different introductions may have occurred during the Roman and medieval periods. Here, in order to reconstruct the population history of European black rats, we first generate a de novo genome assembly of the black rat. We then sequence 67 ancient and three modern black rat mitogenomes, and 36 ancient and three modern nuclear genomes from archaeological sites spanning the 1st-17th centuries CE in Europe and North Africa. Analyses of our newly reported sequences, together with published mitochondrial DNA sequences, confirm that black rats were introduced into the Mediterranean and Europe from Southwest Asia. Genomic analyses of the ancient rats reveal a population turnover in temperate Europe between the 6th and 10th centuries CE, coincident with an archaeologically attested decline in the black rat population. The near disappearance and re-emergence of black rats in Europe may have been the result of the breakdown of the Roman Empire, the First Plague Pandemic, and/or post-Roman climatic cooling.

Domaines

Archéologie et Préhistoire Sciences de l'Homme et Société Sciences du Vivant [q-bio]
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Soumis le : jeudi 24 novembre 2022-14:13:44

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Citer

He Yu, Alexandra Jamieson, Ardern Hulme-Beaman, Chris Conroy, Becky Knight, et al.. Palaeogenomic analysis of black rat (Rattus rattus) reveals multiple European introductions associated with human economic history. Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.2399. ⟨10.1038/s41467-022-30009-z⟩. ⟨hal-03659617⟩

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