L'absence d'une séquence d'ADN consensuelle définissant les origines de réplication chez les mammifères a conduit les chercheurs à considérer la chromatine comme un moyen de spécifier ces régions. Cependant, à ce jour, il n'y a pas de compréhension mécaniste de la façon dont cela pourrait être réalisé et maintenu étant donné que la rupture des nucléosomes se produit à chaque passage de fourche et avec la transcription. Ici, en cartographiant à l'échelle du génome le dépôt de novo des variants d'histone H3.1 et H3.3 dans les cellules humaines pendant la phase S, nous avons identifié comment leur mode de dépôt double assure un marquage stable avec H3.3 flanqué des deux côtés par H3.1. Ces frontières H3.1/H3.3 correspondent aux zones d'initiation des origines précoces. La perte du chaperon H3.3 HIRA conduit à la perturbation concomitante des frontières H3.1/H3.3 et des zones d'initiation. Nous proposons que le dépôt de H3.3 dépendant de HIRA préserve les frontières H3.1/H3.3 en les protégeant de l'invasion de H3.1 liée à la progression des fourches, contribuant ainsi à une définition chromatinienne des zones de réplication précoce.