Les opérations de dragage apparaissent comme des pratiques indispensables à la navigation et aux activités portuaires. L'estuaire de la Seine est économiquement important pour la France, en raison de la présence de deux ports maritimes : le Grand Port Maritime du Havre (GPMH) et le Grand Port Maritime de Rouen (GPMR). L’accès du GPMR est assuré par un entretien régulier et le dragage permanent du chenal de navigation entre le Pont de Normandie et la mer ouverte. Les dépôts de dragage constituent l'un des problèmes les plus importants dans la gestion de la zone côtière et représente une perturbation importante sur l'environnement. La plupart des études concernant ces impacts ont porté sur la structure, la résistance et la résilience des communautés d'invertébrés benthiques. C’est pourquoi nous proposons de développer une vue d’ensemble, intégrée, de l’écosystème, par la mise en œuvre d’outils de modélisation. Les modèles de réseau trophique décrivent les interactions entre les différents compartiments biologiques et sont basés sur la quantification des flux entre l’ensemble des êtres vivants de l’écosystème. Ils permettent de caractériser la structure et le fonctionnement des écosystèmes à travers le calcul d‘indices de l’analyse des réseaux écologiques. Nous présentons ici une méthodologie pour analyser la structure et le fonctionnement de l’écosystème du site Machu avant et après les dépôts expérimentaux (méthode BACI). Les principaux résultats ont mis en évidence une augmentation de la biomasse des poissons après les dépôts tandis que la biomasse des invertébrés est demeurée relativement stable au cours du temps. L’activité totale du système et l’omnivorie ont augmenté tandis que le recyclage a diminué après dépôts. Enfin, la communauté benthique des sables fins à moyens dunaires du banc de Seine, naturellement soumise à des perturbations physiques naturelles et régulières, montre une haute résilience après une courte période de dépôt (un an).